El claustre és un espai quadrat que posava en comunicació directa l'església amb la resta de dependències del convent, tant en planta com en altura. Encara s'hi conserva una sala gran il·luminada per finestrons amb llunetes, a la banda del camí de l'Almàssera. També trobem dues escales que condueixen al pis superior del claustre, on encara hi ha unes quantes cel·les dels frares.

       Les dimensions del claustre són reduïdes, amb materials humils com la rajola i l'algeps, al gust franciscà de l'època. Les arcades dels passadissos també tenen esgrafiats molt bells, perfectament conservats davall els emblanquinats posteriors. Al bell centre hi havia un jardí, avui cobert per uralites. El conjunt, si es restaurés, recuperaria un dels espais arquitectònics d'Alfara més emblemàtics que el pas del temps ha degradat.