El PHN, con un presupuesto de cuatro billones de pesetas, es uno de los proyectos más caros de cuantos ha emprendido el Gobierno. Sin embargo se fundamenta en concepciones obsoletas basadas en la subvención a fondo perdido (y con dinero público) del consumo del agua. Las nuevas directivas europeas obligan a la reversión de los costes de las obras, lo cual hará que el precio que deba pagarse por el agua del trasvase sea absolutamente imposible de amortizar por la actividad agraria, que es el sector al que se apela en la demanda del trasvase.

Una de las críticas más serias que se está evidenciando desde diferentes instituciones europeas y que expuso la comunidad científica hace mucho tiempo es el hecho de que no se han tenido en cuenta otras soluciones, como es el caso de la desalación, cuya tecnología hace que se trate de una solución cada vez más barata, mientras que los precios de las obras de infraestructura siempre son mayores de los que se presupuestaron inicialmente. Tal y como denuncia la Dirección de Economía de la Unión Europea, el gobierno ha inflado excesivamente los supuestos beneficios del PHN, al tiempo que ha infravalorado los costes. 

Existen informes realizados por instituciones públicas o privadas, como el CIRCE, WWF/ADENA, la Fundación Nueva Cultura del Agua, que cuestionan muy seriamente la viabilidad económica del trasvase del Ebro. En palabras de Pedro Arrojo, profesor de Economía de la Universidad de Zaragoza, y Premio Goldman de Medio Ambiente, en lo que se refiere a las cuestiones económicas, el PHN es un ejemplo de prevaricación técnica.