COMISIÓN RECTORA
La Comisión Rectora está integrada por el Conseller que asuma las competencias de Agricultura, Pesca y Alimentación de la Generalitat Valenciana o persona en quien delegue, el Conseller que asuma las competencias de Ciencia y Tecnología o persona en quien delegue, el Presidente del CSIC o persona en quien delegue, el Rector de la Universitat de Valencia o persona en quien delegue, el Director del Centro y la Vicedirectora del Centro.
Corresponden a la Comisión Rectora la superior dirección de la actuación del Centro, informar y elevar a los órganos competentes de las instituciones participantes en el Convenio las propuestas que requieran su aprobación y aprobar el proyecto de presupuesto ordinario del centro, y elevarlo a los órganos competentes de las instituciones cotitulares del CIDE.
JUNTA DE CENTRO
La Junta del CIDE asesora e informa al Director de todos los asuntos que afecten al funcionamiento del centro. Está integrada por el Director, que actúa como presidente de la Junta; la Gerente, sin derecho a voto y que ejerce de Secretaria; la Vicedirectora; los tres Jefes de Departamento y dos representantes del personal.
CLAUSTRO CIENTÍFICO
El Claustro Científico es el foro de deliberación de los asuntos científicos del CIDE, está presidido por el Director y constituido por el personal funcionario investigador perteneciente a cuerpos o escalas del CSIC, de la Universitat de València y de la Generalitat Valenciana, en las que se exija para su ingreso el grado de doctor, y desempeñen puestos de trabajo en el CIDE. Asimismo son miembros del Claustro Científico el personal contratado con título de doctor que desempeñe su tarea investigadora en el CIDE.
DIRECCIÓN
La dirección del CIDE la ostenta, en funciones y desde Enero del año 2006, el Dr. Patricio García-Fayos. De la misma depende una Vicedirección, la Gerencia, los Departamentos y los Servicios de Apoyo a la Investigación.
GERENCIA
La gerencia del CIDE la ostenta, desde Enero del año 2012, Doña Irene Recaj Lambán, que realiza las funciones administrativas y de gestión inherentes a su cargo y de la que dependen la Administración, Secretaría, Mantenimiento y Servicios Generales.