Los desmosomas mantienen la unión intercelular y la producción de anticuerpos contra las moléculas de adhesión presentes en los desmosomas producen la acantolisis que caracteriza a los pénfigos. La función básica de los desmosomas es unir el citoesqueleto de queratina de una célula a la de la célula adyacente. Para ello es necesario la existencia de proteínas que intermedien en esta unión ya que las queratinas no atraviesan la membrana celular. En los desmosomas existen varias proteínas que pueden ser agrupadas en 3 grupos funcionales: los filamentos de queratina, las plaquinas y las desmogleinas  Los filamentos de queratina se unen a las plaquinas que están justo debajo de la membrana plasmatica y se unen a las proteínas de transmembrana, las desmogleinas. Estas desmogleinas se unen a las desmogleinas/plaquinas/queratinas de la célula adyacente uniendo las dos células.  Si bien hay diversas formas clínicas de penfigo, inmunológicamente solo hay 3: penfigo foliaceo, penfigo vulgar y penfigo paraneoplásico. En las tres formas los anticuerpos están dirigidos contra las desmogleinas. Las distintas fomas se determinan por el tipo de desmogleina que está afectada y si existen otras proteínas afectas.

Formas de penfigo Antigeno Penfigo foliaceo Desmogleina 1 Penfigo vulgar Desmogleina 3 y desmogleina 1 Penfigo paraneoplasico Desmogleina 3, desmogleina 1 y plaquinas La situación más sencilla es la del penfigo foliáceo en la que las ampollas se producen al nivel de la capa granular de la epidermis. En estos pacientes existen anticuerpos dirigidos contra la desmogleina 1, que se expresa en los niveles más altos de la epidermis. La desmogleina 1 está presente en la cavidad oral, pero estos pacientes nunca desarrollan lesiones orales ya que también existe la expresión la desmogleina 3 y esta desmogleina es capaz de mantener las células unidas incluso si se afecta la desmogleina 1.  En el penfigo vulgar los anticuerpos alteran la función de la desmogleina 3 y causan acantolisis de la cavidad oral donde esta molécula parece que es la más importante para mantener la integridad de la unión de transmembrana. A medida que el pénfigo vulgar evoluciona muchos pacientes muestran lesiones cutáneas, relacionándose con la producción de anticuerpos contra la desmogleina 1. El desarrollo de anticuerpos anti desmogleina 1 es un ejemplo de lo que se ha llamado "expansión de epitopos" este es un fenómeno que se observa en las enfermedades autoinmunes: en el inicio de la enfermedad los pacientes desarrollan anticuerpos contra una proteína, a medida que la enfermedad evoluciona fabrican más anticuerpos contra moléculas que son similares en estructura o incluso diferentes en su estructura, pero que están físicamente cercanas en la organela o el tejido. En el pénfigo paraneoplásico se producen anticuerpos contra un espectro más amplio de proteínas ya que se afectan las plaquinas que son proteínas plasmáticas condensadas a lo largo de la superficie interna de la membrana plasmatica y que unen las queratinas a las desmogleinas. Las lesiones orales son un hallazgo constante del penfigo paraneoplásico y en prácticamente todos los casos existen anticuerpos antidesmogleina 3. En 2/3 casos existen anticuerpos antidesmogleina 1 que pueden contribuir a la aparición de ampollas en la piel, que se dan en varios, pero no en todos los casos. La presencia de anticuerpos contra las plaquinas, son los que realmente distinguen esta forma de penfigo pueden representar una forma de expansión de epitopos, donde las plaquinas son estructuralmente diferentes a las desmogleinas, pero están físicamente unidas a ellas y están afectas en el proceso autoinmune que parece ser dirigido de forma lenta por el tumor asociado

 Anhaltt GJ.Making sense of antigens and antibodies in pemphigus.JAAD, 1999 40:763-6