IGNACIO MARIN LAB

Análisis de agrupameinto iterativo de datos de interacción proteíca

Exploración del citoesqueleto de actina de Saccharomyces cerevisiae

4. Considerando todos los datos disponibles

Se empleará para este ejemplo un conjunto de 34 proteínas de Saccharomyces cerevisiae caracterizadas por Drees et al. (2001) que incluye 26 proteínas que participan en ensamblaje y endocitosis mediada por actina, junto con ocho proteínas involucradas en otros procesos relacionados.

Los resultados mostrados en dicho estudio han sido actualizados mediante una búsqueda en la base de datos DIP para generar el siguiente gráfico de interacciones proteína-proteína (generado con PIVOT).

Tras procesar los datos primarios de interacción con UVCLUSTER, el conjunto de proteínas puede dividirse en doce clústers (para el detalle sobre la elección de la partición, consultar Arnau et al. (2004)).

Validación biológica de los clústers a través del SGD Gene Ontology Term Finder

Clúster	Proteínas	Clasificación GO con la menor probabilidad de que el clúster se deba al azar	p[clúster]
1	SLA1 RSV167 YSC84 SLA2 ABP1 YOR284w YGR268c	Organización y biogénesis del citoesqueleto de actina	3.01·10^-11
2	YPL246c LAS17 YHR133c	Sin ontología significativa	——
3	ACF2	El programa precisa al menos dos proteínas en un clúster	——
4	YJR083c	El programa precisa al menos dos proteínas en un clúster	——
5	RVS161 YBR108w	Sin ontología significativa	——
6	CDC42 CLA4 GIC2	Transducción de la señal la proteína Rho	1.51·10^-8
7	CAP1 CAP2 YPR171w	Organización y biogénesis del citoesqueleto de actina	2.08·10^-6
8	SWE1 HSL7 APP1	Transición G2/M del ciclo mitótico	6.15·10^-5
9	CRN1 SVL3	Crecimiento o mantenimiento de la célula	0.09242
10	BNI1 PFY1 BNR1	Respuesta a estrés osmótico	5.06·10^-7
11	TRM5 ACT1 SRV2 AIP1 COF1	Despolimerización del filamento de actina	7.55·10^-7
12	YNL086w	El programa precisa al menos dos proteínas en un clúster	——

El incluir todos los datos disponibles de S.cerevisiae al utilizar UVCLUSTER permite investigar si hay otras proteínas que pudieran estar involucradas de forma significativa en el ensamblaje y la función de la actina.

Para ello, debe calcularse la distancia primaria media de cada proteína de la base de datos de DIP (4721 en el momento del trabajo) hacia las 26 proteínas involucradas en el ensamblaje y la función de la actina según Drees et al. (2001) (incluye los clústers 1-5, 7 y 11-12). Dicha distancia puede obtenerse proporcionando al UVCLUSTER la lista completa de proteínas, situando aquéllas que nos interesan al principio de la misma. El fichero de salida S1 incluye la tabla de distancias primarias, que puede ser exportada a una hoja de cálculo. Sólo las primeras columnas, correspondientes a las proteínas de interés, son significativas.

19 de las 26 proteínas se encontraban entre las 40 con menor distancia media al considerar todo el conjunto de datos (variando de 1.31 a 2.23). La proteína peor conectada (TMR5) estaba en posición 199 (2.65).

El árbol UPGMA se obtuvo empleando todos los datos de interacción de DIP, con AC=100 y N=10000, escogiendo la lista original de proteínas más otras 38 potencialmente involucradas en el ensamblaje y la función de la actina (de acuerdo con el procedimiento detallado; distancia media menor de 2.27).

Las proteínas nuevas están marcadas en negrita.

(a): Proteínas que se localizan en el citoesqueleto de actina según Huh et al. (2003).

(b): Proteínas incluídas ontológicamente en el proceso "citoesqueleto de actina y biogénesis" según la base de datos SGD.

Como puede comprobarse, las nuevas proteínas se distribuyen en los clústers previamente determinados, con sólo cinco de las antiguas apareciendo en una posición muy diferente.