La primera distribución de secciones o comisiones del Instituto Médico Valenciano fue la siguiente:

● Medicina y Cirugía teóricas
● Medicina y Cirugía prácticas
● Medicina legal, Higiene pública y Policía sanitaria
● Farmacia teórico-experimental
● Ciencias auxiliares.

En 1841 se redujo a tres:

● Medicina y Cirugía
● Farmacia y Ciencias auxiliares
● Medicina legal, Higiene pública y Policía sanitaria




En 1855 fueron las siguientes:

● Medicina y Cirugía
● Estadística y Enfermedades reinantes
● Vacunación
● Redacción
● Fomento y Socorros mutuos

En 1866 volvieron a cambiar quedando de la siguiente forma:

● Medicina y Cirugía
● Estadística y Enfermedades reinantes
● Vacunación
● Redacción
● Fomento y Socorros mutuos
● Especialidades
● Ciencias auxiliares

La última modificación de la primera etapa de la vida del Instituto se realizó en 1883:

● Medicina y sus especialidades
● Cirugía y sus especialidades
● Ciencias auxiliares y Farmacia
● Higiene pública
● Redacción
● Vacunación
● Historia y Filosofía médicas en (1885) que se encargó también a partir de 1887 de Estudios biológicos, Ginecología y Pediatría