Los Programas Científicos (SP) son grandes líneas de investigación que abarcan uno o más grupos de investigación (RG) relacionados temáticamente. Desde un punto de vista organizativo, los SP son comparables a los departamentos de otros institutos del CSIC.

Inicialmente, los RG en el I²SysBio se organizan temáticamente en cinco SP. Se considera que los SP son dinámicos y deben evolucionar necesariamente para incorporar nuevas investigaciones y desarrollos en biología integrativa de sistemas, abiertas a nuevas perspectivas. Por lo tanto, los PE se reagruparán, modificarán, ampliarán o suprimirán a fin de mantener la calidad y una posición competitiva siguiendo las sugerencias del Comité Científico externo del I²SysBio.