La Universidad de París se había convertido en el centro cultural más importante de la Europa medieval. Durante las últimas décadas se había difundido en ella el averroísmo, es decir, la interpretación de la filosofía de Aristóteles realizada por Averroes. Esta doctrina discrepaba en varios puntos esenciales con la escolástica ortodoxa, por lo que en 1240 la Universidad condenó varias de sus tesis. Entre ellas estaba la teoría de que la materia es eterna (en contradicción con la creación bíblica) y, sobre todo, la doctrina de la doble verdad, según la cual la fe y la razón no concuerdan. Precisamente, la filosofía escolástica estaba desarrollando un programa completamente opuesto, que pretendía mostrar la absoluta coherencia entre razón y fe.

Por esta época vivió un matemático alemán del que apenas se sabe nada. Firmó sus obras como Jordanus Nemorarius, y entre los tratados que se le atribuyen figura una Aritmética en la que por primera vez se usan letras para representar números arbitrarios.

La literatura francesa estaba creando nuevas formas. Por una parte se había consolidado una poesía popular burguesa, en la que destaca una serie de poemas conocida como el Roman de Renart, (Canción del zorro), cuyos protagonistas son animales que simbolizan caracteres humanos. El zorro representa al astuto burgués que logra burlar con su ingenio y falta de escrúpulos a los animales más poderosos, que representan a la nobleza y el clero.

Un clérigo francés llamado Guillaume de Lorris compuso el Roman de la Rose, una alegoría didáctica de 4.058 versos sobre un capullo de rosa que crece en un jardín, que representa a una joven doncella a la que se le muestran las ayudas con las que cuenta y los obstáculos que la amenazan.

El poema anómino Aucassin y Nicolette narra la historia de dos jóvenes que se enamoran, se ven obligados a separarse y finalmente se reencuentran, y está lleno de escenas de suspense y de escapadas por los pelos al estilo de las novelas románticas.

Mientras tanto, el rey Fernando III de Castilla y León inició su tercera campaña contra Al-Ándalus, no menos exitosa que las anteriores.

En 1241, el Papa Gregorio IX convocó un concilio con la intención de condenar a Federico II, pero la flota pisana (gibelina) capturó a la genovesa (güelfa), que transportaba a Roma a un numeroso grupo de cardenales, con lo que el concilio no pudo celebrarse. El Papa murió poco después y los ejércitos imperiales tomaron los Estados Pontificios. Los cardenales eligieron Papa a un cisterciense llamado Goffredo Castiglioni, que adoptó el nombre de Celestino IV, si bien su pontificado duró sólo un par de semanas, tras las cuales la Santa Sede quedó vacante.

El conde Ricardo de Cornualles logró un acuerdo con el sultán de Egipto al-Sálih que confirmaba el dominio de los cruzados sobre los lugares santos. Amaury de Montfort fue liberado de su cautiverio, pero murió de regreso a Francia.

El rey Luis IX tenía ya veintiséis años. Ya había asumido personalmente el gobierno de Francia, si bien su madre, Blanca de Castilla, tenía todavía una gran autoridad. Luis IX reprimió sin dificultad una rebelión de nobles en Poitiers y en Auvernia, condados que encomendó a su hermano Alfonso. (Auvernia formaba parte del ducado de Aquitania, que pertenecía al rey Enrique III de Inglaterra, de modo que ahora Alfonso era vasallo de Enrique III y éste a su vez, como duque, era vasallo de Luis IX. Así pues, este nombramiento hacía prácticamente nula la autoridad del rey inglés sobre la parte occidental de su ducado.) Desde ese momento el país quedó definitivamente pacificado y no se volvió a cuestionar la autoridad real.

Luis IX tomó numerosas medidas para reforzar la unidad de Francia, como imponer en todo el estado las monedas acuñadas por él y limitar el poder de los señores feudales prohibiendo las guerras locales y la tenencia privada de armas. Abolió el combate como forma de resolución de los pleitos. La antigua corte feudal pasó a dedicar algunas de sus sesiones a asuntos judiciales y de contabilidad. Por otra parte, Luis IX destacó por su carácter piadoso. Se cuenta que besaba los pies a los leprosos y que invitaba a comer a su palacio a mendigos que olían tan mal que los guardias llegaron a quejarse (y eso que ellos tampoco debían de oler a rosas).

Ese año murieron el rey Juan III de Bulgaria, que fue sucedido por su hijo Colomán I, y el rey Valdemar II de Dinamarca, que fue sucedido por su hijo Erik Plovpenning.

También murió el conde Roger Bernardo II de Foix, un vasallo del conde Raimundo VII de Tolosa que había obtenido por matrimonio un territorio en Cataluña, el vizcondado de Castellbó. Fue sucedido por su hijo Roger I.

Los mongoles derrotaron al rey Bela IV de Hungría en la batalla de Muhi, devastaron el país, cruzaron el Danubio y llegaron hasta el Adriático. Unas semanas después se presentaron en Polonia, donde derrotaron a Enrique el Piadoso, que murió en la batalla de Legnica. Conrado de Mazovia volvió a ser reconocido como duque de Polonia. Todo parecía apuntar a que Batú Kan anexionaría Europa a la Horda de Oro, pero entonces murió el gran kan Ogoday, y Batú Kan se retiró con sus hordas para participar en la elección del sucesor. Los mongoles no volvieron a Europa nunca más, aunque Rusia quedó bajo el gobierno de Sarai, la capital que Batú Kan fundó en la desembocadura del Volga. La frontera occidental del Imperio Mongol quedó fijada en el río Dniéper.

El rey húngaro Bela IV, que había tenido que salir del país huyendo de los mongoles, regresó e inició la reconstrucción de Hungría. Levantó numerosos castillos y fortalezas.

El príncipe de Nóvgorod Alejandro Nevski, cabeza de la pequeña parte de Rusia libre del yugo mongol, se encontró con una nueva amenaza que le llegaba de Occidente: los caballeros portaespadas marchaban sobre su estado dispuestos a conquistarlo con la excusa de combatir el cristianismo ortodoxo ruso (una herejía como otra cualquiera). Sin embargo, el príncipe ruso obtuvo una rotunda victoria sobre la superficie helada del lago Peipus en 1242. Durante la batalla se resquebrajó el hielo y una parte de los portaespadas murió ahogada o congelada. No obstante, los caballeros portaespadas siguieron atacando periódicamente a Pskov durante varios siglos.

Ese año murió Yagatay, el hijo de Gengis Kan que gobernaba la Transoxiana. Tras su muerte, sus dominios mantuvieron el nombre de kanato de Yagatay, y también fue éste el nombre dinástico de sus sucesores.

Enrique, el que había sido heredero del emperador Federico II, se suicidó en su cautiverio en el sur de Italia.

El conde Ricardo de Cornualles se casó con Sancha, hija del conde Ramón Berenguer V de Provenza.

El emperador Juan III de Nicea trató de usar a Teodoro Ángelo para que persuadiera a su hijo, el emperador Juan III de Tesalónica, de que renunciara al título imperial y se conformara con el de déspota. Teodoro volvió a Tesalónica, donde, a pesar de su ceguera, gobernó en nombre de su hijo.

Los benimerines sufrieron los ataques del rey de Túnez, Abú Zakariyya, que tomó la fortaleza de Tremecén, cerca de la frontera del reino almohade.

El conde Raimundo VII de Tolosa entabló una alianza con Jaime I de Aragón y Enrique III de Inglaterra para sustraerse al dominio francés. Se produjo una revuelta y el propio Enrique III invadió el condado de Poitiers (que había sido suyo hasta que fue ocupado por Luis VIII), pero el rey Luis IX derrotó a los aliados en Taillebourg y en Saintes. El conde Roger I de Foix decidió cambiar de bando y firmó un acuerdo de paz con Luis IX. Poco despuñes Enrique III aceptó una tregua por la que renunciaba a Poitiers y a Auvernia y, finalmente, el conde Raimundo VII se vio obligado a firmar el tratado de Lorris, que supuso el fin de la independencia de su condado.

Más de un millar de cátaros se negaron a aceptar las consecuencias de estos acuerdos y se refugiaron en la fortaleza de Montségur, construida sobre la cresta rocosa de una montaña. En 1243 fue asediada por los ejércitos de Luis IX.

emperador Federico II logró que fuera elegido Papa un gibelino genovés llamado Sinibaldo Fieschi, que adoptó el nombre de Inocencio IV. El Espíritu Santo le influyó inmediatamente, pues el nuevo Papa abandonó las tesis imperiales en cuanto ciñó la tiara. El enfrentamiento entre el Imperio y el Papado se recrudeció. Inocencio IV se instaló en Génova, donde se sentía más seguro que en Roma. Mientras tanto, los representantes del emperador Federico II en Tiro fueron expulsados de la ciudad, igual que once años antes lo habían sido de Acre.

Ese año murió Conrado de Mazovia, y Polonia quedó bajo el gobierno del duque Boleslao V, que se casó con Cunegunda, hija del rey Bela IV de Hungría.

También murió el rey Esteban III de Servia, que fue sucedido por su hermano Estaban IV Uros.

Igualmente, el conde Poncio I de Urgel murió y fue sucedido por su hijo Armengol IX, que murió a los pocos días y fue sucedido por su hermano Álvaro II, que residía en Castilla.

Los mongoles invadieron el sultanato de Rum. El sultán Kayjusraw II conservó su autoridad, pero Rum se convirtió desde entonces en un protectorado mongol.

El rey de Murcia, al-Dawla, ante el arrollador avance sobre Valencia de Jaime I de Aragón, rindió homenaje a Fernando III de Castilla. En 1244 el rey Jaime I de Aragón se entrevistó con Alfonso, el hijo del rey Fernando III de Castilla y León, con quien firmó el tratado de Almizra, que establecía los territorios que le correspondía conquistar a cada reino: Aragón podría extenderse hasta las fronteras del reino de Murcia, pero no más allá. Ambas partes se comprometían a devolver cualquier territorio que conquistaran fuera de los límites fijados por este tratado. Además, se pactó el matrimonio entre Alfonso y Violante, la hija del rey aragonés. El infante Pedro de Portugal cambió Mallorca por varios territorios conquistados al norte del reino de Valencia. Por esta época se terminó la primera parte del Libre dels feyts del rey En Jacme (Libro de los hechos del rey don Jaime), una obra autobiográfica del rey aragonés (no escrita directamente por él, sino a través de varios secretarios) que tiene un gran valor histórico, pues recoge con gran precisión detalle los acontecimientos más significativos de la vida del monarca, especialmente la conquista de Mallorca y Valencia. La obra tiene además valor literario, a la altura de la tradición épica de la época.

Tras casi un año de asedio, la fortaleza de Montségur fue tomada, y allí se encontró a unos doscientos cátaros supervivientes, entre hombres y mujeres, que se negaron a abjurar de sus creencias y fueron condenados a la hoguera dos días después. A partir de ese momento los inquisidores persiguieron sistemáticamente a los cátaros, que ya no contaban con el conde de Tolosa o con cualquier otra clase de apoyo.

Mientras tanto, los benimerines, dirigidos por Abú Yahyá, se lanzaron sobre el norte de Marruecos.

El emperador Juan III de Nicea se casó con Constanza, una hija bastarda del emperador Federico II.

Ese año murió el déspota Juan III de Tesalónica, que fue sucedido por su hermano Demetrio Ángelo.

También murió la condesa Juana de Flandes, y fue sucedida por su hermana Margarita.

El sultán ayubí al-Sálih había reforzado considerablemente su ejército con tropas de diversas procedencias. Por una parte había organizado un ejército de esclavos griegos, cumanos, eslavos y, sobre todo, turcos, que eran comprados por funcionarios especializados en ello y que eran sometidos a un meticuloso adiestramiento. Se les conoce como mamelucos, que en árabe significa "esclavos". Los mamelucos tenían un gran sentido de la jerarquía y la disciplina. El sultán formó con ellos su guardia personal y los instaló en una fortaleza en la isla de Rawda, en el Nilo, frente a El Cairo.

Por otra parte, al-Sálih había incorporado a su servicio a bandas de jwarizmíes huidas de los mongoles, con las que destruyó en Gaza el ejército del reino latíno de Jerusalén y volvió a conquistar la ciudad santa. La reacción en Occidente no se hizo esperar:

En 1245 el Papa Inocencio IV convocó un concilio en Lyon entre cuyas resoluciones figuraban las siguientes:

• La predicación de la séptima cruzada, para recuperar Jerusalén.
• La excomunión del emperador Federico II, al que se le desposeyó también de la corona imperial.
• La deposición del rey Sancho II de Portugal, en favor de su hermano Alfonso III.

Federico II no se vio muy afectado por el concilio de Lyon. Admitió que el Papa podía excomulgarlo, pero no privarle de una autoridad que no provenía de él. La lucha entre el emperador y el Papa continuó. Inocencio IV no regresó a Italia, sino que se quedó en Lyon bajo el amparo de Luis IX.

En cuanto a Sancho II, la decisión del concilio se debió a las quejas ante el Papa de la nobleza portuguesa. El rey recabó ayuda castellana, y entró en guerra con su hermano, el cual prometió en el pacto de París respetar los derechos de la Iglesia. Alfonso III repudió ese año a su esposa Matilde.

Ese año se trasladó a la Universidad de París un dominico alemán llamado Alberto, cuya fama como filósofo y teólogo le dio el sobrenombre de Alberto Magno. Había nacido en Colonia, y llegaba a París después de haber enseñado en numerosas ciudades europeas. Tenía ya algo más de cincuenta años, y afluyeron tantos alumnos a sus clases que pronto tuvo que darlas al aire libre, en la plaza que pasó a ser conocida como Maubert (abreviatura de Magister Albertus). Alberto Magno se interesó por los trabajos de los filósofos, teólogos, médicos y matemáticos musulmanes y judíos, cuyas obras traducidas estaban llegando a Occidente cada vez con más abundancia, así como por las obras de Aristóteles. Sus estudios le convirtieron en el hombre más culto de su época. Sostenía que es preciso delimitar con nitidez los campos de la fe y de la razón, y defendió los derechos de ésta dentro de sus límites. Pero lo más innovador fue que se interesó también por los estudios experimentales, que le llevaron a diversos descubrimientos en el campo de la química. Es el primer hombre a quien se le atribuye el descubrimiento de un elemento químico: el arsénico.

Apenas llegó a París, Alberto Magno trabó contacto con otro dominico recién llegado, un obeso y callado estudiante de veintiún años cuyos camaradas llamaban "el buey mudo de Sicilia". Se llamaba Tomás de Aquino. Sus padres eran condes italianos, y habían enviado a Tomás a la abadía benedictina de Montecasino, donde esperaban que terminara convirtiéndose en abad. Sin embargo, después de haber estudiado artes y teología en Nápoles, el joven se sintió atraído por la orden de los dominicos. Al manifestar su intención de ingresar en ella su familia se opuso, y sus hermanos llegaron a tenerlo retenido durante más de un año. Finalmente, al ver que no podían doblegar su voluntad, lo dejaron libre, y fue entonces cuando, tras tomar los hábitos, marchó a París.

El rey de Aragón, Jaime I el Conquistador, terminó la conquista del reino de Valencia, hasta los límites pactados con Castilla.

El conde Pedro II de Saboya cedió a su hermano Tomás II el condado de Piamonte, en el norte de Italia, que se separó así del condado de Saboya.

En Provenza murió el conde Ramón Berenguer V. Su corte había acogido a numerosos poetas y trovadores. Tuvo cuatro hijas: Margarita estaba casada con Luis IX de Francia, Leonor con Enrique III de Inglaterra, Sancha con su hermano, el conde Ricardo de Bretaña y el condado pasó a la única hija soltera: Beatriz I, que al año siguiente, en 1246, se casó con Carlos, hermano de Luis IX de Francia, que ese mismo año recibió los condados de Anjou y Maine (arrebatados a Juan sin Tierra por Felipe Augusto). Con él arranca la segunda casa de Anjou (la primera había sido la de los Plantagenet, que ahora era la casa real inglesa). Así pues, la segunda casa de Anjou era una rama de la famila de los Capetos.

Felipe Augusto y Luis VIII habían acumulado la titularidad de los territorios conquistados a Inglaterra, y ahora Luis IX los estaba distribuyendo entre sus hermanos, que se volvieron así muy influyentes. Hasta entonces los Capetos habían tenido que enfrentarse a nobles poderosos, pero contaban con la ventaja de que sus adversarios no pertenecían a la familia real y ello dificultaba que pudieran aspirar al trono. En cambio, ahora había en Francia varios nobles con los medios necesarios para aspirar eventualmente al trono de hecho y de derecho (la muerte oportuna de un heredero podía legitimar totalmente que otro aspirante fuera proclamado rey). Esta política recibió el nombre de apanage (infantazgo, aunque en francés deriva de "pan") pues teóricamente consistía en dar un sustento a los miembros de la familia. La política era buena mientras la familia real estuviera cohesionada, pues todo el poder quedaba en la familia, pero si dejaba de estarlo...

El rey Fernando III de Castilla y León conquistó Jaén, tras lo cual Muhammad I de Granada le rindió vasallaje. Los únicos reinos moros independientes en Al-Ándalus eran ahora Sevilla y un pequeño reino en Niebla. Después de recibir una importante ayuda económica de la Iglesia, los ejércitos castellanos ocuparon la campiña sevillana y sitiaron la capital. Poco después murió Berenguela, la madre de Fernando III, que se había encargado del gobierno del reino mientras su hijo estaba "de reconquista".

El rey Erik Plovpenning de Dinamarca tuvo que enfrentarse a su hermano, el duque Abel, en una guerra civil que llevó al rey a crear un impuesto sobre el número de arados. Hasta los clérigos tuvieron que pagar impuestos.

Mientras tanto fue elegido por fin el sucesor de Ogoday Kan, que, gracias a las intrigas de su viuda, resultó ser su tercer hijo, Guyuk. El nuevo gran kan empezó a cobrar impuestos a todos sus súbditos. Encargó la recaudación a un musulmán llamado Abd al-Rahmán. Sólo el clero estaba exento de todo tributo. Los mongoles se lanzaron nuevamente contra Mesopotamia.

Ese año murió Yaroslav, el gran príncipe de Vladímir, y Alejandro Nevski fue reconocido como su sucesor. Aunque su principado, Nóvgorod, no estaba sometido al Imperio Mongol, Alejandro siguió una política prudente, reconoció la soberanía de la Horda de Oro, aceptó pagar tributos y realizó varios viajes de sumisión a la corte de Batú Kan.

También murieron el rey Colomán I de Bulgaria, que fue sucedido por su hermano de once años Miguel I Asen, mientras su madre ejercía la regencia; el príncipe Godofredo II de Morea, que fue sucedido por su hermano Guillermo II; y el sultán de Rum Kayjusraw II. Sus sucesores no ejercieron ya ninguna autoridad. El poder lo detentaba el parwana, el representante mongol.

También murió Walter, el tercer senescal de Escocia, nieto y tocayo del primer senescal nombrado por el rey David I casi un siglo y cuarto antes. El título de senescal (stewart o steuart) se había convertido en nombre familiar, por lo que la familia de los senescales escoceses es conocida como la familia de los Estuardo. Walter fue sucedido por su hijo Alejandro.

El emperador Juan III de Nicea invadió Tesalónica y entabló negociaciones con el Papa Inocencio IV para recuperar  Constantinopla. El déspota Demetrio murió y su padre, Teodoro Ángelo, se refugió en Épiro, donde gobernaba su sobrino, el déspota Miguel II.

Conrado, el hijo del emperador Federico II cumplió los dieciocho años y se casó con Isabel, hija del duque de Baviera, Otón el Ilustre. Federico II de Babenberg se reconcilió con el emperador y pudo recobrar Austria, con la promesa adicional de que el ducado se convertiría en un reino hereditario, pero el duque murió sin descendencia poco después, en una expedición contra los húngaros, y con él se extinguió la familia Babenberg. El emperador asignó el ducado a Hermann de Baden. Al reconciliarse con el emperador, Federico II había roto los acuerdos establecidos en su día con el rey Venceslao I de Bohemia, entre los cuales se encontraba la cesión de ciertos territorios austriacos. Por ello, Venceslao I invadió Austria y pretendió convertir en duque a su hijo Ladislao, pero éste fue asesinado en 1247, y una revuelta de la nobleza lo obligó a compartir la corona con su segundo hijo, Premysl Otakar.

Un grupo de nobles alemanes se rebeló contra el emperador Federico II y eligió rey de romanos al conde Guillermo II de Holanda.

Ese año murió la condesa Ermesinda II de Luxemburgo, y fue sucedida por su hijo Enrique V, que inició la tercera casa de Luxemburgo.

Mientras tanto en Japón se había producido una revuelta contra la dictadura militar. Los rebeldes fueron derrotados y sus bienes confiscados. A partir de ese momento, el shogun se eligió en la familia imperial, pero esto era irrelevante, pues el poder efectivo lo tenía el shikken (el regente), cargo que siguió en poder del clan Hojo.

El rey Jaime I de Aragón tenía ya tres hijos varones. El mayor era el infante Alfonso, hijo de su primera esposa, Leonor de Castilla, que tenía alrededor de veinte años, mientras que su segunda esposa, Violante de Hungría, le había dado a Pedro (de siete años) y Jaime (de cuatro). El rey decidió repartir sus estados entre ellos y así, Alfonso, que hasta entonces era el heredero de toda la Corona de Aragón, ahora pasó a ser heredero únicamente del reino de Aragón (sin incluir Cataluña, Valencia, etc.). Esto lo enemistó con su padre, y en sus aspiraciones contó con el apoyo de Pedro de Portugal.

El apoyo castellano al rey Sancho II de Portugal frente a su hermano Alfonso III no sirvió de nada al rey portugués, pero sí a Castilla, pues Fernando III logró que los territorios de Extremadura, conquistados recientemente por las órdenes militares portuguesas, se incorporaran a su reino. En 1248 Sancho II se rindió y se retiró a Toledo, donde murió poco después. Alfonso III no respetó lo acordado en el pacto de París, sino que restringió aún más los derechos del clero.

Sevilla se rindió finalmente al asedio de Fernando III de Castilla y León, quien se instaló en ella y la convirtió en capital del reino, ya que desde allí pudo terminar la conquista. Pocos meses después, los únicos reductos moros en la península Ibérica eran los reinos de Granada y Murcia, vasallos de Castilla, y el reino de Niebla.

Jaime I fue más minucioso en el reparto de tierras. En Mallorca la población musulmana fue mayoritariamente expulsada y la isla se repobló con catalanes: la nobleza y el obispo de Barcelona se quedaron la mitad de la isla, y la otra mitad se repartió entre el infante primogénito, la orden del Temple, funcionarios reales y hombres de ciudades y villas reales. En Valencia la mayoría de las ciudades fueron tomadas por capitulación, por lo que en ellas permaneció una gran masa de moriscos. Las tierras fueron distribuidas tanto entre los nobles como entre gente común de la Corona de Aragón, y no se formaron latifundios. Los colonos eran tanto catalanes como aragoneses, lo que produjo una situación lingüística un tanto caótica: en algunas zonas de Valencia la población hablaba el catalán (una lengua afín al provenzal y al francés) y en otras el aragonés (una lengua más afín al castellano).

Fue Alfonso III quien se encargó, a lo largo del año siguiente, de terminar la conquista y repoblación del Algarve (la región meridional de Portugal), donde permaneció una numerosa población de musulmanes y judíos, aunque los territorios fueron concedidos a colonos procedentes mayoritariamente de la región de Oporto.

Manfredo, el hijo bastardo de Federico II al que éste había nombrado príncipe de Tarento, se casó con Beatriz, hija del conde Amadeo IV de Saboya. Ese año murió Cunegunda, la esposa del rey Venceslao I de Bohemia y prima del emperador. En Florencia los güelfos fueron expulsados por los gibelinos, dirigidos por Farinata degli Uberti.

También murieron el duque Enrique II de Brabante, que fue sucedido por su hijo Enrique III, y el conde Otón III de Borgoña, que fue sucedido por su hija Adelaida.

Un franciscano sexagenario llamado Juan del Pian Carpino escribió la Historia de los mongoles, en la que narra la expedición que había llevado a cabo dos años antes al territorio mongol, por encargo del  Papa Inocencio IV. En principio su misión era la de convertir a los mongoles al cristianismo, pero, examinada la situación, no consideró prudente intentarlo y regresó a Lyon. En su libro recoge observaciones geográficas, económicas, militares y políticas, y plasma su admiración por aquel pueblo. Es la descripción más antigua de Asia Central.

El gran kan Guyuk murió tras tan sólo dos años de reinado. Nuevamente se inició el largo proceso de reunir a todos los jefes mongoles para elegir a un sucesor.