Los colonos ingleses de la isla de Roanoke decidieron que la civilización era preferible a la naturaleza salvaje, y en junio de 1586 fueron recogidos por sir Francis Drake, que regresaba a Inglaterra tras haber saqueado las Antillas y Florida. Así, el primer intento colonizador inglés terminó en fracaso. Los colonos se llevaron consigo tabaco, y sir Walter Raleigh logró popularizar su consumo en Inglaterra. Pedro Sarmiento de Gamboa también fue capturado por los piratas ingleses en su viaje de regreso a España desde el estrecho de Magallanes.

En Inglaterra estaban experimentando un gran auge las representaciones teatrales. La primera compañía teatral se había instalado en Londres hacía una década y desde entonces su número se había multiplicado. El autor de más éxito a la sazón era John Lyly, pero había muchos más, como el anónimo autor de Arden de Feversham, una pieza especialmente innovadora, o el de La tragedia española, inspirada en Séneca, que fue estrenada ese año como obra anónima, pero cuyo autor resultó ser Thomas Kyd, un joven dramaturgo de veintiocho años, considerado como el creador del melodrama. Dos años atrás, George Peele había estrenado El juicio de Paris. Ahora tenía treinta años.

En Florencia consiguió cierta fama un profesor de matemáticas de Pisa llamado Galileo Galilei. Tenía veintidós años y desde niño había mostrado gran interés por las matemáticas y las ciencias naturales. (Su padre no consiguió, pese a todo su empeño, que estudiara medicina.) Una vez, mientras estaba en la catedral de Pisa, se fijó en cómo inclinaban una lámpara para encenderla y cómo, al dejarla libre, se puso a oscilar. Galileo observó que, a medida que las oscilaciones se hacían más cortas, la velocidad de la lámpara disminuía también, de tal suerte que el tiempo de cada oscilación permanecía aproximadamente constante. A falta de un cronómetro, el joven usó como reloj los latidos de su corazón. Había descubierto la llamada ley del péndulo. Ahora se le conocía por un trabajo sobre balanzas y unos resultados sobre estática. No obstante, el interés suscitado por su trabajo no le permitió conseguir un puesto de profesor en la universidad de Bolonia.

Un tribunal de cuarenta y seis jueces condenó a muerte a María Estuardo y a todos los que participaron en la conjuración contra la reina Isabel I de Inglaterra. Los conspiradores fueron ejecutados en septiembre, excepto María, ya que Isabel I no estaba convencida de que ejecutarla fuera lo más conveniente. Durante el juicio, María Estuardo había negado la autenticidad de las pruebas presentadas contra ella y, con gran dignidad y energía, protestó alegando que no era súbdita de Isabel I y que no estaba sometida a las leyes inglesas.

Isabel I tenía un carácter muy difícil y temperamental. Sus más próximos tenían buenos motivos para temer sus cambios de humor, pero en cuestiones de Estado la reina era extremadamente cauta y calculadora. La cuestión no era si María Estuardo debía morir, sino si convenía ejecutarla. La ejecución comportaba obvias ventajas y, esencialmente, dos inconvenientes: una posible pérdida de popularidad de la reina y la guerra abierta con España. Respecto a lo primero, Isabel I pidió al Parlamento que estudiara si podía encontrarse una solución compatible con su seguridad que no implicara la muerte de María Estuardo, y el Parlamento contestó, tal y como la reina esperaba oír, que no la había. Así, Isabel I pudo ordenar la ejecución de María y, al mismo tiempo, lamentar el haberse visto obligada a tomar tal decisión. Esta "actuación" le permitió incluso mantener buenas relaciones con el hijo de María, el rey Jacobo VI de Escocia.

Por otra parte, Isabel I envió una expedición naval bajo el mando de Thomas Cavendish que tomó el mismo rumbo que había tomado sir Francis Drake unos años antes: atravesó el estrecho de Magallanes y saqueó las colonias españolas de la costa occidental de Sudamérica.

María Estuardo fue ejecutada en su prisión en febrero de 1587, tras casi veinte años de cautiverio. Cuando, tras haberla decapitado, el verdugo se dispuso a levantar su cabeza cogiéndola por el pelo, la cabeza quedó en el suelo y sólo levantó una peluca. La coquetería acompañó a María hasta la muerte.

Dado que era de dominio público que María Estuardo había abdicado en favor del rey Felipe II de España, éste consideró que su honor exigía declarar finalmente la guerra a Inglaterra. La disparidad intelectual entre Felipe II e Isabel I había permitido a ésta demorar el enfrentamiento veinte años. Si se hubiera producido al comienzo de su reinado, la victoria Española habría sido casi segura, pues los católicos ingleses lo habrían tenido fácil para derrocar a la reina; pero ahora Isabel I era adorada por sus súbditos y su seguridad estaba poco menos que garantizada. Además, en estos años los piratas ingleses habían aprendido a enfrentarse a los barcos españoles. Inglaterra disponía de buenos barcos, ligeros, modernos, diseñados específicamente para combatir a los pesados galeones españoles, así como de excelentes marineros. Nada de esto pareció importar mucho a Felipe II, que ordenó a Álvaro de Bazán, el marqués de Santa Cruz, que reuniera y organizara una poderosa armada.

Miguel de Cervantes tuvo un modesto a la vez que desagradable papel en los preparativos: fue enviado a Andalucía como comisario real de abastos, encargado de requisar cereales y aceite para financiar la armada. En los últimos años había escrito algunas obras de teatro que se habían representado en Madrid.

Un error más de Felipe II fue haber declarado la guerra a Inglaterra cuando todavía no estaba preparado para el combate. Inglaterra sí lo estaba y no dudó en atacar primero. Sir Francis Drake recibió el mando de una escuadra de treinta navíos con la que atacó exitosamente el puerto de Cádiz, donde destruyó varios buques recién llegados de América, después de hacerse con su valioso cargamento.

Inglaterra envió una nueva expedición de colonos a la isla de Roanoke. Estaba compuesta por unos cien hombres y entre veinticinco mujeres y niños, bajo el mando de John White. El 8 de agosto nació una niña, nieta de White, que recibió el nombre de Virginia Dare, la primera inglesa nacida en América.

Mientras tanto, John Davis seguía buscando el paso del Noroeste y exploró la bahía de Cumberland, al norte de la bahía de Frobisher.

En Londres se estrenó la tragedia Tamerán el Grande, la primera obra de un joven de veintitrés años llamado Christopher Marlowe. Acababa de graduarse en Cambridge y se había hecho actor, pero al poco tiempo había dejado la escena para dedicarse a escribir. En esta pieza utilizó por primera vez de forma sistemática el endecasílabo blanco (sin rima).

En los Países Bajos, Robert Dudley, el conde de Leicester, no pudo evitar que Alejandro Farnesio tomara Sluis y Güeldres. Finalmente regresó a Inglaterra. Los neerlandeses nombraron entonces gobernador y capitán general a Mauricio de Nassau. Su hermana Ana se casó con su primo Guillermo Luis, hijo del conde Juan I de Nassau.

En Francia, el duque Enrique I de Guisa obtuvo la victoria de Auneau, tras la cual trató de derrocar al rey Enrique III de Francia. No obstante, su intentó fracasó y Enrique III le prohibió entrar en París.

Los polacos eligieron finalmente como rey a Segismundo III Vasa, hijo del rey Juan III de Suecia y de Catalina Jagellón, hermana del rey Segismundo II Augusto, el último rey polaco de la dinastía Jagellón. Como en el caso de sus dos predecesores, la propuesta había partido del canciller Jan Zamoyski. Debido a la deserción del que ahora era Enrique III de Francia, Segismundo III tuvo que jurar que no regresaría a Suecia sin el consentimiento de la dieta polaca. El nuevo rey confirmó la libertad de culto decretada por su antecesor, Esteban I, pero éste había favorecido la Contrarreforma y el catolicismo siguió avanzando en el país.

El año anterior, los rusos habían construido un fuerte en Tiumén, en Siberia, y ahora construían otro en Tobolsk.

Ese año murió Francisco de Médicis, el gran duque de Toscana. Como no dejó descendencia, el ducado pasó a su hermano Fernando I, que tuvo que renunciar para ello a su rango de cardenal. Mientras Francisco se había reconocido vasallo de España, Fernando I buscó el entendimiento con Francia.

También murió el sha Muhammad Judabanda, que fue sucedido por su sobrino de dieciséis años Abbas I. Desde el primer momento se esforzó por consolidar su poder, para lo cual tuvo que vencer la oposición de los gobernadores de provincias y la de los grandes nobles, a los que acalló con unas cuantas ejecuciones. Abbas I organizó un ejército de esclavos convertidos al islam a los que dirigía personalmente.

Los turcos fracasaron en un intento de conquistar Marruecos.

Torquato Tasso terminó El rey Turismundo, un poema de estilo aparatoso y recargado.

En 1588 estaba lista en Lisboa la que fue bautizada como Armada invencible, con la que el rey Felipe II de España pensaba restaurar el catolicismo en Inglaterra. Constaba de 130 barcos de distintos tipos: galeras, galeones, fragatas, naves de carga, etc. En ellos se hacinaban unos ocho mil marineros, diecinueve mil soldados y dos mil quinientos cañones. Hasta el Papa Sixto V había contribuido a financiarla.

El primer contratiempo se produjo en 9 de febrero, cuando murió Álvaro de Bazán, el Marqués de Santa Cruz, que había organizado la armada y debía dirigirla. La segunda desgracia fue que Felipe II, con su habitual acierto, decidió sustituirlo por Alonso de Guzmán, el duque de Medinasidonia, que trató de renunciar confesando que se mareaba en los barcos y que no sabía a qué lado caía el estribor, pero Felipe II consideró que saber algo de navegación no era importante para dirigir una gran flota de barcos de guerra, y rechazó su renuncia.

El año anterior, el Papa Sixto V había autorizado una edición del texto griego de la Biblia de los Setenta, y ahora hacía otro tanto con la versión latina.

El jesuita Piotr Skarga fue nombrado predicador de la corte del rey Segismundo III de Polonia, desde donde continuó su lucha contra la Reforma.

En abril murió el rey Federico II de Dinamarca, que fue sucedido por su hijo de once años Cristián IV. Tycho Brahe perdió entonces la subvención de la Corona, y tuvo que convertir su observatorio de Uraniborg en una especie de universidad. Ese año publicó De mundi aetherei recentioribus phaenomenis, donde extrae conclusiones sobre sus observaciones de un cometa llevadas a cabo diez años atrás. Sus cálculos demostraban que el cometa no estaba más cerca de la Tierra que la Luna. De hecho, tenía que estar como mínimo más lejos que Venus. Esto era una prueba más en contra de la teoría aristotélica según la cual todas las variaciones celestes correspondían a fenómenos sublunares, ya que el mundo más allá de la Luna obedecía a leyes inmutables.

En Lisboa murió el escritor fray Luis de Granada.

También murió el pintor Paolo Veronés.

En Rusia, Borís Godunov tomó oficialmente el título de regente de su cuñado, el zar Fiódor I, que tenía ya treinta y un años.

Juan Torres de Vera había sido rehabilitado como gobernador del Río de la Plata, y ahora fundaba la ciudad de Vera de las Siete Corrientes.

El 9 de mayo empezó a zarpar de Lisboa la Armada invencible. En ella se había enrolado el poeta Lope de Vega, que acababa de ser desterrado de la Corte tras haber discutido el año anterior con su antes amada Elena Osorio. Tras la ruptura, había escrito unos libelos difamatorios contra ella y su familia, que terminaron en un proceso y en la orden de destierro. Poco después, había secuestrado a Isabel de Urbina y se había casado con ella por poderes. En su obra poética alude a ella con el nombre de Belisa.

El duque Enrique I de Guisa entró en París entre aclamaciones, a pesar de la prohibición real. Cuando Enrique III llamó a sus tropas, el pueblo se rebeló en la jornada de las Barricadas (12 de mayo), y el rey tuvo que huir a Chartres.

La armada invencible se encontró con varias tormentas que impidieron su avance provocando algunos destrozos, por lo que a mediados de junio se encontraba todavía en las costas de Galicia.

En julio, tras una inspección del obispo, Luis de Góngora fue acusado de asistir poco al coro, hablar durante el oficio, murmurar de vidas ajenas, ir a los toros, tratar con comediantes y escribir coplas livianas. Góngora se defendió con gracia, alegando que en el coro no podía hablar porque estaba entre un sordo y uno que no dejaba de cantar; que, no siendo viejo, no podía vivir sino como mozo "y en cuanto a lo de las corridas de toros, fui por saber si iban a ellas personas de más años y órdenes que yo, y que tendrían más obligación de temer y de entender las prohibiciones de Su Santidad." (El Papa había prohibido al clero la asistencia a las corridas de toros.)

Realizadas las reparaciones pertinentes y reagrupadas las naves, la Armada invencible zarpó el 22 de julio en dirección al canal de la Mancha. Allí debían encontrarse con Alejandro Farnesio, que aportaría otros veintiséis mil hombres que desembarcarían en Inglaterra.

Los ingleses, por su parte, habían reunido también una flota en Plymouth, bajo el mando de lord Charles Howard, el barón de Effingam. Sir Francis Drake fue nombrado vicealmirante y dirigía una de las divisiones de la armada inglesa. También estaban allí Robert Dudley, sir Walter Raleigh, sir Martin Frobisher, sir John Hawkins y muchos otros expertos navegantes.

El 31 de julio la Armada invencible llegaba al canal de la Mancha. La flota inglesa estaba encerrada en el puerto, por lo que los oficiales del duque de Medinasidonia le recomendaron atacarla, ya que la victoria era segura. Sin embargo, el duque se negó, aduciendo que sus órdenes eran reunirse primero con Alejandro Farnesio. Cuando los ingleses detectaron la presencia de la flota española, salieron del puerto rápidamente en su persecución, y antes de que los españoles pudieran virar y presentar combate, ya habían perdido más de treinta naves.

En los primeros días de agosto se produjeron nuevos enfrentamientos. Las bajas españolas fueron relativamente escasas: 167 muertos, unos 400 heridos y otros tantos prisioneros. Medinasidonia se refugia en Calais y manda avisar a Farnesio. Durante la noche, sir Francis Drake, buen conocedor de las corrientes marinas de la zona, toma algunos de los barcos de su flota que habían resultado dañados, los incendia, y los lanza contra las naves españolas. El duque, espantado, manda levar anclas y salir del puerto, pero entonces se encuentra con una tempestad que lanza unas naves contra otras. Al amanecer los españoles combaten fieramente durante doce horeas. Al atardecer, otra tormenta dispersa lo que quedaba de la Armada invencible, cuyo nombre ya empezaba a resultar un tanto incómodo.

El duque de Medinasidonia decide entonces regresar a España, pero, para evitar un nuevo encuentro con la flota inglesa, lo hace dando un rodeo por Escocia. Durante el viaje de vuelta, los españoles se encontraron con varias tormentas más, junto con muchas otras dificultades que mermaron considerablemente la flota. Los restos maltrechos y dispersos de la expedición fueron llegando a España a partir de septiembre y a lo largo de varios meses. Sólo llegaron a puerto sesenta y tres naves. Algunos marineros contaban historias muy "verosímiles" sobre unos caníbales que habían devorado a parte de la tripulación en las costas de Irlanda. Entre los supervivientes estuvo Lope de Vega, que se instaló en Valencia con su esposa.

La tradición ha puesto en boca de Felipe II la famosa frase: "Yo mandé mis naves a luchar contra los hombres, no contra los elementos", aunque parece ser que el rey nunca dijo tal cosa. (Idear una frase que ha pasado a la historia hubiera sido un rasgo de ingenio por su parte.) Lo que dijo en realidad fue algo más propio de su carácter, a saber, que construiría otra flota más potente, costara lo que costara. Otra de sus brillantes ideas fue que no sólo no apartó del agua al duque de Medinasidonia, sino que le confió el supremo mando naval en el litoral andaluz.

Por estas mismas fechas regresaba a Plymouth la expedición de Thomas Cavendish, que, después de haber saqueado la costa occidental de América, había atravesado el Pacífico hasta las Filipinas, luego había pasado a Java y finalmente había doblado el cabo de Buena Esperanza para poner rumbo a Inglaterra.

Robert Dudley, el conde de Leicester, murió poco después de la derrota de la Armada invencible. Era uno de los favoritos de Isabel I, y otros dos, Walter Raleigh y Robert Devereux, el duque de Essex, rivalizaban cada vez más abiertamente por el favor de la reina, y se convirtieron en el centro de los cotilleos de la corte.

El inglés fue impuesto como lengua oficial en el principado de Gales, pero, al mismo tiempo, William Morgan publicaba la primera traducción de la Biblia al galés, que dio lugar a un renacimiento religioso y lingüístico.

El dramaturgo inglés Christopher Marlowe terminó su tragedia más importante: La trágica historia del doctor Fausto. Su amigo Thomas Kyd publicó Solimán y Perseda.

El Greco pintó en Toledo otra de sus obras más famosas: El entierro del conde Orgaz, en el que retrata a famosos caballeros toledanos.

El rey Enrique III de Francia nombró al duque Enrique I de Guisa lugarteniente general del reino y lo convocó a Blois para los estados generales. El duque acudió confiado en compañía de su hermano, el cardenal Luis de Lorena. Allí, el 23 de diciembre, Enrique I fue asesinado por orden del rey, su hermano fue encarcelado y murió en prisión al día siguiente. París quedó en manos de la Santa Liga, dirigida por Carlos de Lorena, el duque de Mayenne, otro de los hermanos de Enrique I de Guisa, que se negó a reconocer la autoridad de Enrique III. Pocos días después, ya en 1589, murió Catalina de Médicis, la reina madre.

En Lovaina murió el teólogo Michel de Bay. Aunque había abjurado de su doctrina condenada por Roma, lo cierto es que tenía muchos seguidores (bayanistas) que la defendían, frente a los cuales se alzaban, naturalmente, las voces de los jesuitas, defensores de la ortodoxia tridentina.

El rey Jacobo VI de Escocia se casó con Ana, la hermana del rey Cristián IV de Dinamarca. Jacobo VI tenía entonces veintitrés años, y su esposa quince.

En abril, Enrique III de Francia se alió con Enrique III de Navarra, al que designó como heredero, y ambos se dispusieron a asediar París.

Tras la derrota de la Armada Invencible, los ingleses pasaron a la ofensiva: Antonio, el prior de Crato y pretendiente de la corona portuguesa, atacó Lisboa con barcos ingleses, pero fue rechazado. En mayo, Francis Drake, al frente de ciento veinte barcos, bombardeó La Coruña, aunque también sin éxito. En la defensa de la ciudad se distinguieron varias mujeres, especialmente Mayor Fernández de la Cámara y Pita, más conocida como María Pita, a la que Felipe II concedió como agradecimiento el grado y el sueldo de alférez del ejército, sueldo que cobró hasta su muerte.

Christopher Marlowe terminó La famosa tragedia del rico judío de Malta, la primera tragedia histórica del teatro inglés. Al mismo tiempo, Thomas Kyd terminaba su Fratricidio castigado, del que sólo se conserva una versión en alemán, y está basado en la leyenda danesa de Hamlet, recogida ya en el siglo XIII por Saxo Grammaticus.

Alonso de Ercilla, que llevaba una década trabajando como censor de libros para el consejo de Castilla, publicó la tercera y última parte de La araucana.

El 1 de agosto, un monje de la Santa Liga llamado Jacques Clement asestó una puñalada mortal al rey Enrique III de Francia. Con él se extinguía la casa de Valois, pero no la dinastía capeta: Enrique III de Navarra reclamó la corona francesa, de acuerdo con las disposiciones del difunto rey, que lo convertían en Enrique IV de Francia, pero, aunque el 4 de agosto prometió instruirse en la religión católica, la mayoría de los católicos realistas lo abandonó. La Santa Liga, con el apoyo del rey Felipe II de España, proclamó rey a su tío, el anciano cardenal Carlos de Borbón, ahora Carlos X de Francia. Sin embargo, Carlos X había sido capturado un poco antes por Enrique IV, que se replegó hacia el canal de la Mancha para recibir ayuda de Inglaterra. Fue atacado por el duque de Mayenne, pero lo derrotó en Argues y luego trató de dirigirse de nuevo hacia París, pero tuvo que retirarse a Normandía. La Santa Liga contaba, naturalmente, con el apoyo del duque Carlos II de Lorena, y también con la del duque Carlos Manuel I de Saboya, que intervino en Provenza.

El año anterior, Galileo Galilei había destacado en unas lecciones sobre las dimensiones y la localización del Infierno de Dante en la Academia de Florencia. Ello debió de influir en la decisión de concederle una cátedra en la universidad de Pisa. Por esta época escribió un tratado titulado De motu. Se trata de una serie de ensayos sobre el movimiento que contienen serios errores, herencia del aristotelismo. Parece ser que el propio Galileo nunca acabó de estar satisfecho con este trabajo, y por eso nunca llegó a publicarlo. No obstante, en él hay algunas ideas valiosas, como la de que las teorías sobre la caída de los cuerpos podían estudiarse a través de planos inclinados. Esta idea ya había sido expuesta por Simon de Brujas unos años atrás, aunque parece que Galileo no estaba al tanto.

El jesuita Matteo Ricci había editado un mapamundi titulado Gran mapa de diez mil países, el primer mapa que mostraba con exactitud la posición de China en el mundo. Por estas fechas empezó a enseñar matemáticas (europeas) a alumnos chinos. Para integrarse, había adoptado el nombre de Li Matou.

Dos jesuitas españoles llamados Antonio de Monserrat y Pedro Páez partieron de Goa, en la India, con la intención de llegar al reino cristiano de Abisinia. Sin embargo, fueron capturados por los árabes y vendidos como esclavos a los turcos.

En 1590, sir John Hawkins y Martin Frobisher dirigieron un nuevo ataque inglés contra Portugal.

El poeta Edmund Spenser abandonó Irlanda y regresó a Londres, donde publicó los tres primeros cantos del poema La reina de las hadas, dedicado a la reina Isabel I, que fue acogido con entusiasmo.

Isabel I liberó al navegante español Pedro Sarmiento de Gamboa, pero fue capturado de nuevo en Francia por un grupo de hugonotes, que pidieron por él un elevado rescate.

Los hugonotes habían interceptado un mensaje cifrado con instrucciones del rey Felipe II de España. El rey Enrique IV de Francia encargó la tarea de descifrarlo al matemático François Viète, que no tardó en interpretar algunos fragmentos. Finalmente, el 15 de marzo envió a Enrique IV el mensaje completamente descifrado. Esta información proporcionó cierta ventaja a Enrique IV, que derrotó nuevamente al duque de Mayenne, esta vez en Evry, tras lo cual se dispuso a asediar París. Cuando Felipe II descubrió que los hugonotes estaban al tanto de sus planes militares, enseguida comprendió lo sucedido con su habitual sagacidad: en una carta al Papa se lamentaba de que los franceses estaban usando magia negra contra él.

La derrota de la Armada invencible había debilitado la posición de Alejandro Farnesio en los Países Bajos. Mauricio de Nassau había conquistado Breda y, por si no tuviera ya bastantes problemas, el rey Felipe II ordenó a Farnesio que marchara en auxilio de París. La ciudad estaba a punto de rendirse por falta de víveres cuando llegaron los españoles. Farnesio obligó a Enrique IV a retirarse y después lo derrotó en Ligny. Sin embargo, a continuación tuvo que volver precipitadamente a los Países Bajos porque Mauricio de Nassau había puesto sitio a la ciudad de Nimega.

El rival de Enrique IV, el rey Carlos X de Francia, murió a la edad de sesenta y siete años. Los católicos de la Santa Liga propusieron como sucesor a otro de sus sobrinos, Carlos de Borbón, de veintiocho años, que acababa de ser nombrado arzobispo de Ruan.

Miguel de Cervantes continuaba en su cargo de comisario real de abastos, un trabajo muy desagradecido. En dos ocasiones tuvo que embargar trigo propiedad de eclesiásticos, y por dos veces fue excomulgado. Solicitó un cargo en América, pero recibió una seca negativa de Felipe II: Busque por acá en qué se le haga merced.

Navegantes portugueses llegaron por primera vez a una isla cercana a las costas de China a la que llamaron Ilha Formosa (isla Hermosa), pero la isla estaba bajo dominio chino desde hacía tres siglos y los recién llegados no consiguieron asentarse en ella.

En Japón, Toyotomi Hideyosi derrotó al último de los señores rebeldes que no acataban su autoridad.

El sha de Persia, Abbas I, tras sufrir una serie de derrotas ante los turcos, tuvo que firmar el tratado de Constantinopla, por el que renunciaba a una extensa región que se incorporó al Imperio Otomano.

El Papa Sixto V promulgó la bula Aeternus ille, por la que fijaba una nueva edición de la Vulgata como la única versión latina autorizada de la Biblia. El Papa murió poco después, y el 15 de septiembre fue elegido como sucesor el cardenal Giovan Battista Castagna, de sesenta y nueve años, que adoptó el nombre de Urbano VII, pero el Espíritu Santo no estuvo muy inspirado con la elección, ya que Urbano VII murió el 27 de septiembre, antes incluso de que tuviera lugar la ceremonia de su coronación. Fue sucedido por Niccolò Sfondrati, de cincuenta y seis años, que adoptó el nombre de Gregorio XIV. 

Otros fallecidos ese año fueron:

• El duque Carlos de Estiria, Carintia y Carniola, un primo del rey Felipe II de España. Dejó dieciséis hijos (algo habitual entre los Austrias: el emperador Maximiliano II tuvo otros tantos y su padre, Fernando I, tuvo quince). Sus títulos pasaron a su hijo Fernando. El emperador Rodolfo II nombró regente de Austria a su hermano, el archiduque Ernesto, que ya era gobernador de Hungría desde hacía doce años.
• El duque de Osuna, que fue sucedido por su hijo Juan Téllez-Girón.
  
• El escritor alemán Johann Fischart.
• El dramaturgo francés Robert Garnier.
• El cirujano Ambroise Paré.
  

En España seguía pendiente el proceso contra Antonio Pérez, el antiguo secretario de Felipe II. Llevaba preso once años, en parte por la proverbial indecisión del rey, en parte porque escondía comprometedores documentos de estado. Finalmente, Felipe II ordenó que se le torturara para que los devolviera. Sin embargo, Pérez hizo una única declaración: cuanto había hecho en el pasado respondía a órdenes directas del rey. Los jueces, temiendo que el rey pudiera ser lo suficientemente estúpido como para que eso fuera verdad (y, en parte, lo era), le permitieron regresar a su domicilio para evitar que su testimonio pudiera salpicar al monarca. Pérez consideró que era mejor marcharse un poco más lejos, y huyó a Aragón disfrazado de mujer. Allí se presentó ante el Justicia Mayor, Juan de Lanuza, y pidió asilo político.

Se inició entonces un forcejeo legal entre las autoridades castellanas y aragonesas. Para entender la situación debemos recordar que en la época no existía realmente ningún país llamado "España", sino que éste era tan sólo el nombre del conjunto de reinos independientes de la península Ibérica, que conservaban sus propias leyes y no tenían más conexión que la soberanía del rey Felipe II. Así, Castilla reclamaba la extradición de Pérez y los aragoneses veían en el incidente una excusa para reafirmar su independencia de Castilla.

Felipe II hubiera podido ordenar un proceso contra Pérez en Aragón, pero se había hecho demasiado popular allí para que una condena hubiera sido posible o, siquiera, recomendable. En su lugar decidió recurrir a una argucia legal. En realidad, los reinos españoles sí que tenían una institución común además de la figura del rey: la Santa Inquisición. En 1591 Antonio Pérez fue reclamado por el Santo Tribunal bajo una absurda acusación de herejía. Juan de Lanuza estuvo a punto de ceder ante la presión del rey, pero en mayo el pueblo se amotinó y liberó a Pérez de la cárcel.

François Viète publicó su Isagoge in artem analyticum, el primer tratado de álgebra lineal.

Alejandro Farnesio regresó a Francia y derrotó nuevamente al rey Enrique IV, esta vez en Ruán, circunstancia que aprovechó Mauricio de Sajonia para conquistar Nimega y otras ciudades. Además obtuvo una victoria ante los españoles en Hulst. Del lado de Enrique IV luchó Robert Devereux, el conde de Essex y favorito de la reina Isabel I.

El poeta Edmund Spenser, viendo frustradas sus esperanzas de medrar en la corte, regresó a Irlanda, donde publicó el Cuento de la tía Hubbard, una resentida y violenta sátira contra la corte isabelina y sus inmoralidades. John Lyly publicó el drama Endimión.

John White, el fundador de la nueva colonia de Virginia, había regresado a Inglaterra para hacerse con suministros, pero la guerra contra España había demorado su regreso. El 15 de agosto estaba de regreso en la isla de Roanoke, pero la colonia había desaparecido. Nunca se encontró a ninguno de los colonos. No puede decirse a ciencia cierta qué fue de ellos, pero lo más probable es que tuvieran un encuentro poco cordial con los indios.

Francis Drake volvió a ocupar la ciudad de Nombre de Dios, en Panamá.

El emperador Rodolfo II inició una guerra con el fin de apoderarse de Transilvania, donde los ejércitos imperiales sembraron el terror.

El justicia mayor de Aragón, Juan de Lanuza, había hecho apresar nuevamente a Antonio Pérez, y cuando nuevamente estaba a punto de entregarlo a la Santa Inquisición, le sobrevino la muerte. Le sucedió en el cargo su hijo y tocayo Juan de Lanuza, que no había cumplido aún los treinta años. (Era frecuente que los cargos públicos se transmitieran de padres a hijos. El cargo de justicia mayor de Aragón lo disfrutaba la familia Lanuza desde la época del rey Fernando I de Antequera, hacía ya siglo y medio.) Estaba dispuesto que Antonio Pérez fuera entregado el 24 de septiembre, pero en Zaragoza se extendió la idea de que la entrega de Pérez significaba el fin de los fueros aragoneses. Un nuevo motín liberó de nuevo al prisionero.

El rey Felipe II perdió la paciencia y envió un ejército a Aragón. Al conocer la noticia, los juristas aragoneses declararon que la entrada en el reino de un ejército extranjero era contrafuero, es decir, ilegal, y aconsejaron reunir un ejército para hacer frente a la invasión castellana. El 31 de octubre el propio Juan de Lanuza denunció el contrafuero y el 8 de noviembre se puso a la cabeza del ejército aragonés. El ejército castellano contaba con unos 14.000 hombres, mientras que el aragonés apenas sumaba los 2.000. Ante estas cifras, Juan de Lanuza no tardó en abandonar a los fueristas y volvió a Zaragoza, donde publicó un manifiesto en el que pedía al pueblo que no ofreciera resistencia. El 10 de octubre Antonio Pérez escapó a Francia y el 12 de octubre el ejército castellano entraba en Zaragoza.

Antes de cumplir un año de pontificado, murió el Papa Gregorio XIV, y el 29 de octubre fue sucedido por el cardenal Giovanni Antonio Facchinetti, de setenta y dos años, que adoptó el nombre de Inocencio IX.

Ese año murieron también los poetas fray Luis de León y san Juan de la Cruz. Ninguno de los dos publicó nada de su obra poética (cualquiera se atrevía). Entre las obras del primero (estas obreziellas que se me cayeron de las manos, como él las llamó una vez) destacan Vida retirada, la Oda a Salinas o La profecía del Tajo, además de traducciones de Virgilio y Horacio. Las obras de san Juan de la Cruz consisten en tres poemas mayores: Noche oscura, Llama de amor viva y Cántico espiritual, junto con cuatro libros con extensas explicaciones teológicas en prosa sobre los mismos.

También murió el duque Cristián I de Sajonia, que fue sucedido por su hijo Cristián II.

En Rusia murió Demetrio Ivanovich, el hermano de ocho años del zar Fiódor I. No está claro si murió accidentalmente o si fue asesinado por orden del regente, Borís Godunov.

Juan de Lanuza se negó a firmar una declaración de que la entrada del ejército real no había sido contrafuero, así que fue decapitado el 20 de noviembre por orden de Felipe II, que consideró innecesario un juicio previo.

El 30 de diciembre murió el Papa Inocencio IX, que, ya en 1592, fue sucedido por el cardenal Ippolito Aldobrandini, de cincuenta y cinco años, que adoptó el nombre de Clemente VIII. Se ocupó de la edición de la Vulgata.

Las cortes de Tarazona aprobaron una modificación de los fueros aragoneses presentada por Martín Bautista de Lanuza, un pariente del ajusticiado Juan de Lanuza, que había permanecido en todo momento leal al rey Felipe II. Obviamente, la reforma reforzaba la autoridad real.

Ese año murieron:

• La princesa de Éboli, que seguía en prisión como cómplice de las conjuras de Antonio Pérez.
• Alejandro Farnesio, el duque de Parma. Había derrotado al rey Enrique IV de Francia en Aumale, lo que le permitió abastecer París. Poco después fue herido en Caudebec, rodeada por el ejército hugonote. Logró regresar a París y de allí pasó a los Países Bajos, donde murió. El ducado de Parma pasó a su hijo Ranucio I.
  
• El rey Juan III de Suecia. Fue sucedido por su hijo, el rey Segismundo III de Polonia. Esta vez los polacos tuvieron cuidado de que su rey no saliera corriendo abandonando Polonia, así que el viaje de Segismundo III a Suecia para su coronación se retrasó un tiempo. Ese mismo año se casó con Ana de Austria, hija del fallecido duque Carlos de Estiria.
• El escritor francés Michel de Montaigne.
• Vincenzo Galilei, el padre de Galileo Galilei. Como Galileo era el mayor de sus hijos, tuvo que contribuir al sostén de la familia. Afortunadamente consiguió una plaza de profesor de matemáticas en la universidad de Padua donde pasó a cobrar el triple que de lo que ganaba en Pisa.
  
• El navegante español Pedro Sarmiento de Gamboa. Zarpó rumbo a México al mando de una flota que desapareció en el océano.
  
• El navegante inglés Thomas Cavendish, que había organizado una segunda expedición contra las colonias españolas en el Pacífico, pero esta vez fracasó en el intento y murió durante el viaje de regreso. El explorador John Davis, que también había tomado parte en la empresa, pudo regresar sano y salvo.
  
• Robert Greene, un escritor inglés de treinta y cuatro años. Unos años atrás había publicado unas novelas: Mamillia y Meanphon, aunque sus obras principales se publicaron en los dos últimos años de su vida. Entre ellas destacan la comedia Frier Bacon and frier Bongay, la tragedia Orlando furioso, el relato histórico The scottish historie of James IV, A notable discovery of cosenage, donde describe brutalmente los bajos fondos de Londres, y A goat's worth of wit, bought with a million of repetance, probablemente con una base autobiográfica. Había llevado una existencia precaria y azarosa en la capital inglesa.
  

Poco antes de morir, Robert Greene aludía en una acusación de plagio a un tal William Shakespeare, del que no se sabe gran cosa con anterioridad a esta fecha. Tenía veintiocho años y debía de llevar ya dos o tres en Londres, donde, a juzgar por las palabras de Greene, había alcanzado cierto renombre en los ambientes teatrales. Aunque la datación de sus obras es problemática, por esta época parece que ya había escrito Enrique VI, La comedia de las equivocaciones, La fierecilla domada, Los dos hidalgos de Verona, Ricardo III, El rey Juan, Tito Andrónico y Trabajos de Amor perdidos.

Thomas Kyd estrenó Jerónimo, mientras John Lyly publicaba el drama Midas. Un joven de veintidós años llamado Thomas Heywood compuso la comedia Los cuatro aprendices de Londres.

Sir Walter Raleigh, hasta entonces uno de los favoritos de la reina Isabel I de Inglaterra, dejó de serlo en cuanto ésta se enteró de que había dejado embarazada a una de sus damas de compañía. Raleigh pasó una temporada en las mazmorras de la torre de Londres.

En Vietnam, la dinastía Le logró recuperar el poder frente a los Mac, después de más de sesenta años. No obstante, el reino de los Nguyen, que en principio apoyaba a los Le, permaneció independiente.