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Los
modelos de estructuras moleculares o modelos moleculares son muy útiles
para el estudio de todos aquellos aspectos de la química y biología
que tienen que ver con la forma tridimensional de las moléculas.
La informática juega un papel muy importante en el campo del modelado
y visualización espacial de modelos moleculares ya que facilita
la elaboración y el uso de los mismos.
El
plug-in Chemscape Chime ha sido ampliamente utilizado durante varios años
para visualizar modelos moleculares en páginas web.
| Hace
años elaboré dos recursos basados en Chime dirigidos al aprendizaje
del aspecto tridimensional de las moléculas. Se puede acceder a
ellas haciendo click sobre las imágenes. |
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Ahora
estoy trabajando con Jmol.
En
la actualidad este visor es el que conjuga la mejor relación sencillez
de uso/cantidad de recursos y está desplazando a Chime.
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Jmol
es un visor Java de código abierto para estructuras químicas
en tres dimensiones (http://www.jmol.org/).
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Este
visor es gratuito y utiliza el mismo lenguaje y órdenes que
Chime pero con la ventaja de que se trata de un Applet de Java por lo que
es multiplataforma y compatible con cualquier navegador de páginas
web.
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También
tiene la ventaja de que, como está escrito en lenguaje Java, a diferencia
de otros visores, no se necesita instalar nada en el ordenador por lo que
no hay riesgos de seguridad; los archivos necesarios se descargan en el
ordenador de forma automática al tiempo que se descarga y se muestra
la página web. Lo único necesario es que la máquina
virtual de Java esté instalada en el ordenador; actualmente la mayor
parte de los ordenadores tienen instalado y actualizado Java.
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Cuando
se abre una página web implementada con Jmol, se visualizan directamente
en la pantalla estructuras moleculares tridimensionales a partir de ficheros
de coordenadas moleculares (archivos con formatos pdb, mol y muchos otros
correspondientes a programas de visualización molecular) embebidos
en dichas páginas. Estos modelos no son simples imágenes
estáticas sino que son “moléculas activas” ya que permiten
interactividad. Mediante el teclado y el ratón el usuario puede
realizar sobre los modelos moleculares que aparecen en la pantalla del
ordenador distintas operaciones como giros, desplazamientos y cambios
de tamaño. También se puede cambiar el tipo de representación
molecular (alambre, varillas, bolas y varillas, esferas de espacio
relleno, entre otras), resaltar la estructura secundaria de una proteína
o el esqueleto (backbone) de un ácido nucleico, medir distancias
y ángulos, y otros tipos de operaciones.
Para
profundizar en el uso y posibilidades de Jmol se puede consultar el libro
de Ángel Herráez "Cómo
utilizar Jmol para estudiar y presentar estructuras moleculares"
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GUÍA JMOL: MANIPULACIÓN DE MODELOS MOLECULARES
