Estructura de macromoléculas
Uso de Jmol para la visualización de modelos moleculares


SESIONES DE FORMACIÓN DEL PROFESORADO
Fecha: 5 y 8 de octubre de 2007
Lugar:  Departament de Didàctica de les Ciencies Experimentals i Socials. Universitat de València.
Impartido por: Belén Garrido Garrido (  )
 

 
Visor Java de código abierto para estructuras químicas en tres dimensiones.
http://www.jmol.org
      •  Multiplataforma y  Compatible con todos los navegadores, siempre que admitan el conector Java 
      • JmolApplet es una miniaplicación o applet que puede integrarse en páginas web. 

 
Objetivos: Aprender el manejo de Jmol para poder estudiar en detalle las estructuras de macromoleculas a partir de arcivos de coordenadas moleculares obtenidas de las bases de datos o que forman parte de páginas web.
Equipo necesario:
  • Ordenador PC-Windows o Macintosh
  • Navegador de internet: una versión reciente (Internet Explorer 5.5 o superior, Mozilla, Firefox, Opera 9)
  • Para poder ver y manipular estructuras tridimensionales dentro del navegador es necesario que Java esté instalado y activado. Para instalar o actualizar Java, visita la web de Sun
 
Sesión 1:  Guía de uso de Jmol

Esta guía ha sido adaptada a Jmol por Ángel Herráez a partir de la guía de Chime contenida en la página de Belén Garrido "Proteínas en 3D". La guía está incluida en BioROM y en la web Biomodel. Visita todos sus apartados para aprender a utilizar este programa. 
 

Sesión 2:  Investigando macromoléculas

A partir de lo que has aprendido en la Sesión 1. puedes conocer más a fondo algunas característica estructurales de algunas macromoléculas. Intenta resolver los ejercicios que se te proponen en el guión de prácticas Word utilizando los modelos moleculares que encontrarás en: con Jmol
 

Sesión 3:  Visita recursos educativos de la Web

Biomodel. Modelos moleculares interactivos, estudio de los ácidos nucleicos, esquemas animados, citogenética, páginas de «El proyecto biológico» para bioquímica, biología molecular y biología humana.

BioROM 2007. Ayudas al aprendizaje de  bioquímica, biotecnología y biología molecular
 

NOTA:
 

Debido a las características de este taller no se contempla la interesante posibilidad de elaborar recursos web propios basados en Jmol. 

Para quien tenga interés en este tema le aconsejo este libro que se acaba de publicar:
"Cómo utilizar Jmol para estudiar y presentar estructuras moleculares"
(© Angel Herráez, 2007. ISBN 978-1-84753-710-2)

 
Algunas direcciones donde obtener archivos de coordenadas moleculares
  • World Index of Molecular Visualization Resources (sección “Molecules: Sources of PDB Files”) http://molvisindex.org/

 
Volver a página principal