L'origen de les col.leccions que formen el Museu està lligat al de la pròpia Universitat, perque la necesitat de tindre material amb fins didàctics va fer que es crearen les primeres col.leccions naturalistes. Durant el segle XIX, un grup de científics van fer posible la creació del Gabinet o Museu d'Història Natural, i que va reunir aquestes col.leccions en un museu. No tenim informació respecte al tamany del fons disponibles en el Museu, però per referencies d'articles de premsa i treballs científics podem sospitar que era considerable.
Es sap que contenia importants col.leccions botàniques, zoològiques i d'anatomia comparada, ademés de les col.leccions de paleontologia i geologia.
L'Incendi
Durant la nit del 12 de Maig de 1932, un incendi va assolir un ala de la Facultat de Ciencies, afectant de ple al Museu de Historia Natural que va despareixen en pocs minuts. Sòlament es van salvar materials de les coleccions de botànica i de la de aus, gracies al valor d'alguns profesors i ciutadans.
Podriem pensar que els materials de geologia , però fotografies de l'epoca mostren la destrucció i el caos que es va produir durant l'incendi, que van fer imposible recuperar res. Ademés, els treballs de desescombrament es van fer sense tenir en compte la possible recuperació de cap material.
Inmediatament després de l'incendi es va demanar la ajuda tant d'altres institucions com de particulars, per a reconstruir el Museu de Historia Natura. Aixi, Museus con el de Paris, Londres, Ginebra o Madrid, i grups con l'Asociació Universal Esperantista mandaren materials. Tot i aixó, el Museu mai es va reconstruir, sinó que es van crear seccions adscrites a les càtedres de Biologia i Geologia, desenvolupant una activitat científica fins als nostres dies.
Un Nou Museu
Quan la Facultad de Ciencies Biológiques es va traslladar al campus de Burjassot, en 1978, el personal del Departament va traslladar també els fons de la col.lecció geològica, que estava destinada principalment a la docència i va formar el Museu de Geologia. Donat que les necesitats de conservació, restauració i inventari no eren covertes adecuadament, es va dotar al Departament amb una plaça de técnic mitjà per preparar el material i organitzar la seua exposició.
Finalment, en Febrer de 1996 La Conselleria de Cultura, Educació i Ciència va reconeixer el Museu de Geologia com Museu de Geologia de la Universitat Valenciana, moment en el que la nostra institució va iniciar la seua tasca.
