Aplicació de mètodes d'inferència filogenètica molecular a dades de seqüències des de la ultrasecuenciació fins a la determinació de nous genomes.
Espectroscòpia d'absorbància UV-visible, dicroïsme circular i fluorescència.
Separador Cel·lular equipat amb 6 làsers, cabina de Bioseguretat i extracció d'aerosols. Permet, en primer lloc, el mesurament ràpid de paràmetres morfològics i funcionals d'un gran nombre de cèl·lules individuals suspeses al mig líquid. Per a això, les cèl·lules es marquen inicialment amb anticossos conjugats amb fluorocroms, o sondes fluorescents que s'uneixen a proteïnes situades en la superfície o dins de la cèl·lula. La llum dispersada i la fluorescència emesa pels marcadors en passar les cèl·lules, una a una pels diferents làsers, permet mesurar simultàniament característiques estructurals i diversos paràmetres en cadascuna d'aquestes cèl·lules.
A més, després de l'anàlisi, és possible separar i recollir subpoblacions d'interés de la mostra per a posteriors estudis.
Equip que determina i quantifica la fluorescència de sondes fluorescents unides a diferents parts tant de cèl·lules eucariotes com procariotes, orgànuls, proteïnes. La fluorescència emesa és recollida en diferents filtres delimitats a una longitud d'ona determinada. La quantificació de la fluorescència està associada amb el paràmetre cel·lular que s'està mesurant, generant resultats quantitatius com la intensitat de fluorescència, percentatge de poblacions cel·lulars, compteig del nombre de cèl·lules/ML.
Equip que determina i quantifica la fluorescència de sondes fluorescents unides a diferents parts tant de cèl·lules eucariotes com procariotes, orgànuls, proteïnes. La fluorescència emesa és recollida en diferents filtres delimitats a una longitud d'ona determinada. La quantificació de la fluorescència està associada amb el paràmetre cel·lular que s'està mesurant, generant resultats quantitatius com la intensitat de fluorescència, percentatge de poblacions cel·lulars, compteig del nombre de cèl·lules/ML.
Citòmetre analitzador amb 5 làsers que permet el mesurament ràpid de paràmetres morfològics i funcionals d'un gran nombre de cèl·lules individuals suspeses al mig líquid. Per a això, les cèl·lules es marquen inicialment amb anticossos conjugats amb fluorocroms o sondes fluorescents que s'uneixen a proteïnes situades en la superfície o dins de la cèl·lula. La llum dispersada i la fluorescència emesa pels marcadors en passar les cèl·lules, una a una pels diferents làsers, permet mesurar simultàniament característiques estructurals i diversos paràmetres en cadascuna d'aquestes cèl·lules.
Citòmetre analitzador amb 3 làsers que permet el mesurament ràpid de paràmetres morfològics i funcionals d'un gran nombre de cèl·lules individuals suspeses al mig líquid. Per a això, les cèl·lules es marquen inicialment amb anticossos conjugats amb fluorocroms o sondes fluorescents que s'uneixen a proteïnes situades en la superfície o dins de la cèl·lula. La llum dispersada i la fluorescència emesa pels marcadors en passar les cèl·lules, una a una pels diferents làsers, permet mesurar simultàniament característiques estructurals i diversos paràmetres en cadascuna d'aquestes cèl·lules.
Equip que determina i quantifica la fluorescència de sondes fluorescents unides a diferents parts tant de cèl·lules eucariotes com procariotes, orgànuls, proteïnes. La fluorescència emesa és recollida en diferents filtres delimitats a una longitud d'ona determinada. La quantificació de la fluorescència està associada amb el paràmetre cel·lular que s'està mesurant, generant resultats quantitatius com la intensitat de fluorescència, percentatge de poblacions cel·lulars, compteig del nombre de cèl·lules/ML.
L'equip posseeix un sistema de separació cel·lular permetent la separació física d'una determinada població amb diferents nivells de puresa. Permet la separació en condicions d'esterilitat.
Clúster d'ordinadors per a càlcul científic i emmagatzematge de dades.
Es tracta d'un analitzador de gasos O2-CO₂ amb Flux d'aire i commutador per a dos animals. Conté: una plataforma programari per a metabolisme, extensió “metabolisme respiratori” del programari Metabolism, Treadmill d'una sola línia per a ratolí amb xoc, Corredor per a Calorimetria per al treadmill, Cubeta per a rata/ratolí, Dos tapes Calorimetria per a rata de menjar i beguda, Menjadora/Abeuradora per a Calorimetria, Botella de 100mL per a sistema d'Oxylet, Sòl de reixeta per a rates, Sòl de reixeta per a ratolins. Aquest equip s'haja supervisat pel tècnic especialista Javier Cuenca.
Equip que determina quantitativament les concentracions d'una, diverses o moltes substàncies en una mostra biològica (sèrum, plasma, teixit o orina), alimentària o ambiental. Això s'aconsegueix gràcies a una separació cromatogràfica dels compostos presents en la matriu a estudiar, bé per cromatografia de líquids o cromatografia de gasos i el seu posterior nebulització amb fragmentació per a detectar els components segons el seu pes molecular.
Centrifugues refrigerades, micropipetes, lupes, PCR Lifecycler, Bombes de buit, orbitals, campanes d'extracció i flux laminar, cubetes electroforesi, vòrtex, MiniSpin, estufa, cubetes electroforesi, Qubit 2.0, NanoDrop 1000, encenedor de gas, cambres de cria d'insectes amb fotoperíode, balança, equip de fotodocumentació, termocicladors, congeladors, neveres.
- Elucidació estructural de molècules xicotetes: elucidació de la connectivitat, configuració estereoquímica i conformació.
- Caracterització estructural de nanopartícules, i les seves interaccions amb substrats.
- Estudis de mobilitat i dinàmica molecular.
- Seguiment de processos químics: cinètiques.
- Determinació de processos d'associació i interacció molecular.
- Estudis a temperatura variable.
- Observació d'una àmplia varietat de nuclis magnètics: 19F, 195Pt, 133Cs, 11B, 31P, 6Li, 29Si, etc.
Caracterització estructural de materials en estat sòlid, i de substàncies immobilitzades sobre sòlids.
Permet analitzar materials molt diversos:
- Sòls, fustes, cel·luloses
- Materials ceràmics
- Polímers
- Polimorfs, vidres, metalls i aliatges
- Materials porosos, com a zeolites, aluminosilicats
- Nanopartícules
- Estudi de complexos organometálicos en estat sòlid.
Elucidació estructural de molècules xicotetes: elucidació de la connectivitat, configuració estereoquímica i conformació.
Caracterització estructural de nanopartícules, i les seves interaccions amb substrats.
Estudis de mobilitat i dinàmica molecular.
Seguiment de processos químics: cinètiques.
Determinació de processos d'associació i interacció molecular.
Estudis a temperatura variable.
Anàlisi de mescles, quantificació i identificació de components.
Estudis de difusió, grandària i mobilitat molecular.
Estudi de mecanismes de reaccions químiques, caracterització d'intermedis de reacció, obtenció de paràmetres cinètics i termodinàmics de les reaccions.
Estudi d'interaccions moleculars, determinació de processos d'associació i interacció molecular afinitat host-guest, reconeixement molecular enzim-substrat.
3 laboratoris, 9 despatxos, 12 llocs de treball per a investigadors predoctorals, sala de servidors (6 llocs de treball per a investigadors i 4 despatxos).
Equip d'anàlisi d'alt contingut a través de la captura automàtica d'imatges per a l'estudi de cultius cel·lulars vius o fixats, en plaques o portes. Disposa de quatre objectius de llarga distància: 4x, 10x, 20x i 40x. A més, disposa d'incubador amb control de temperatura i dispensador automàtic de reactius.
Equipament de biologia molecular: 2 termocicladors. 1 termociclador amb gradient. Analitzador d'imatge per a gels d'agarosa. Sistema QIAxcel per a anàlisi d'àcids nucleics. Cabina de flux laminar per a cultius bacterians i treball amb fags. 2 comptadors de colònies.
Equipament: 3 cabines de flux laminar per a cultius cel·lulars. 3 incubadors amb connexió de CO₂. 1 incubador d'hipòxia. Microscopi invertit. Micromanipulador. Bagul de -80 °C. Autoclau. Congelador.
Laboratori amb equipament complet per a la preparació, adquisició, separació i anàlisi de mostres per citometria de flux.
Laboratori de Cultius Cel·lulars de Nivell de Contenció Biològica 2 (NCB2). Disposa de diverses sales: Sala de Línies Cel·lulars, Sala de Cultius Primaris, sala d'Hipòxia i Sala de Vectors Virals (NCB2+), amb 10 cabines de bioseguretat, 6 incubadors i tot l'equipament necessari per a poder treballar amb cultius de cèl·lules eucariotes.
Preparat i controlat pels tècnics perquè l'usuari només pense en el seu experiment.
Microscopi confocal multifotó muntat sobre un microscopi vertical BX61WI motoritzat i equipat amb un objectiu d'immersió en aigua XPLN25xWMP exclusiu per a microscòpia multifotònica, amb una obertura numèrica d'1.05 i una distància de treball de 2mm. Disposa del làser Mai-Tai HP DeepSee (Spectra Physics) premut sintonitzable en el rang de 690 a 1040nm amb una potència mitjana de 2,0 W. Aquest tipus de làser, en ser infraroig, permet una major penetració en la mostra i produeix menor mal cel·lular. El senyal es recull mitjançant quatre detectors que cobreixen tot el rang del visible (420-500/515-580/590-650/660-740).
Microscopi confocal Super-resolució LCS 980 disposa dels següents objectius: 10x, 20x, 25x (oli), 40x (aigua) i 63x (oli), 60x. Les línies d'excitació presents en aquest equip són: 405nm, 488nm, 561nm i 639nm. Aquest equip disposa a més d'un sistema d'incubació el que fa que siga un equip adequat per a treballar amb cèl·lula viva. Aquest equip incorpora els sistemes de super-resolució Airyscan 2 i Elyra 7.
El microscopi confocal ens permet visualitzar mostres amb diferents marcatges fluorescents obtenint imatges de gran nitidesa i qualitat pel fet que la imatge obtinguda no està contaminada per la llum emesa fora del pla focal. Gràcies a aquesta característica de confocalitat, ens permet realitzar reconstruccions tridimensionals a partir de seccions òptiques.
El microscopi de camp clar ens permet visualitzar mostres tenyides o amb pigments naturals que resulten altament contrastades. La font d'il·luminació és la llum blanca. Els components de la mostra es visualitzen gràcies a les diferències de contrast que existeixen entre ells i el mitjà que els envolta.
Microscopi Electrònic d'Escombratge d'emissió de camp amb feix d'ions enfocat (FIB). Disposa de microanàlisi EDX, opció va criar per a l'observació de mostres congelades i pressió variable.
La varietat de proteïnes fluorescents i sondes multicolor que s'han desenvolupat, permeten marcar pràcticament qualsevol molècula. La capacitat de visualitzar dinàmiques proteiques en vesícules, orgànuls, cèl·lules i teixits ha proporcionat nova informació sobre el funcionament de les cèl·lules tant en situacions de salut com de malaltia. Aquesta informació inclou la dinàmica espaciotemporal de processos, com la mitosi; estudis en la dinàmica d'ions, com el Ca+₂ i els canvis en el citoesquelet.
La fluorescència és un dels fenòmens físics més utilitzats en microscòpia biològica i analítica, sobretot pel seu alt grau de sensibilitat i especificitat. La microscòpia de fluorescència permet als usuaris determinar la distribució d'una sola molècula, la seua quantitat i la seua ubicació dins d'una cèl·lula.
Els microscopis de fluorescència que s'empren en aplicacions d'investigació es basen en una sèrie de filtres òptics. Els filtres solen estar inserits en un bloc de filtres. Mentre que el filtre d'excitació selecciona les longituds d'ona que exciten un fluoròfor concret dins de la mostra, el filtre d'emissió actua com una espècie de control de qualitat, ja que només permet passar les longituds d'ona d'interés emeses pel fluoròfor.
Microscopi confocal muntat sobre un IX81 invertit motoritzat que disposa dels següents objectius: 10x, 20x, 40x (oli), 60x (oli), 60x (aigua). Les línies d'excitació presents en aquest equip són: 405nm, 488nm, 515nm, 559nm, 594nm i 635nm. Aquest equip disposa a més d'un sistema d'incubació el que fa que siga un equip adequat per a treballar amb cèl·lula viva.
Equip confocal invertit de rutina totalment motoritzat que permet la realització d'adquisicions programades sobre diverses àrees predefinides. Disposa d'un objectiu 10x (NA 0,4) sec i un 60x (NA 1,2) d'immersió en aigua. Les línies d'excitació són: 405nm, 473nm, 559nm i 635nm. Aquest equip és adequat per a experiments en el temps de cèl·lula viva ja que disposa d'incubador amb control de temperatura.
Ultracentrífuga dempeus per a volums xicotets amb 3 rotors: S55A2, S50A i rotor oscil·lant S52ST.
La plataforma Massarray s'encarrega de l'estudi, amb finalitats d'investigació, de mostres de tipus biològic a través del mapatge fi de seqüències d'ADN, així com de l'anàlisi de fenòmens de metilació. Amb aquest equip es poden analitzar desenes de variants de l'ADN com SNPs, insercions o deleccions en centenars de mostres en poc temps amb un gran grau de precisió i sensibilitat. També és possible analitzar mutacions somàtiques com les presents en mostra d'origen cancerigen. Finalment, es poden quantificar el grau de metilació de CpG individuals en seqüències curtes d'ADN de manera quantitativa.
Galaxy Badger, UGene, Artemis: Genome Browser, ACT, ClustalX, MrBayes, Mafft, RAxML, GS De Novo Assembler, GPRo, MIRA, Velvet, AphidBase, Staden, Unix Desktop Environment Project (UDE).
Sala situada dins del laboratori de Cultius Cel·lulars (NCB2), amb equipament propi i protocols de treball de nivell superior. Dissenyada per a treballar amb vectors virals, OMGs o agents biològics de nivell 2 que requerisquen d'una major seguretat.
Capacitat per a abordar la seqüenciació de material genètic de qualsevol organisme emprant tant tècniques tradicionals de seqüenciació (mètode Sanger) com a seqüenciació de nova generació.
Plataforma per a dur a terme estudis transcriptòmics en el camp de single cell (cèl·lula única) que permet estudiar la variabilitat transcriptòmica i fenotípica entre milers de cèl·lules partint d'ARN de cèl·lula única.
Equip per a la realització d'assajos de PCR digital.
Equip per a la realització d'assajos de PCR quantitativa.
La PCR en temps real és una tècnica que combina l'amplificació i la detecció en un mateix pas, en correlacionar el producte de la PCR de cadascun dels cicles amb un senyal d'intensitat de fluorescència. Estan compostos per un termociclador acoblat a un sistema òptic, que monitora el senyal dels fluoròfors usats per a detectar el producte amplificat. Pel fet que la fluorescència d'aquests augmenta conforme el producte s'amplifica, es combinen els processos d'amplificació i detecció en una sola etapa.
Equip de seqüenciació massiva de DNA basat en seqüenciació per síntesi, utilitza nucleòtids marcats amb fluoròfors de diferents colors, i captació d'imatges de la fluorescència emesa.
Equip de seqüenciació d'alt rendiment que permet l'obtenció de seqüències curtes de fins a 300 pb.
Equip de seqüenciació d'alt rendiment que permet l'obtenció de seqüències amb una longitud mitjana superior a 30 kb.
L'equip permet l'obtenció de seqüències d'ADN pel mètode de Sanger i la determinació de la grandària de fragments.
Sistemes de transcripció/traducció in vitro.
Microscopi electrònic de transmissió de 120 Kv d'alt contrast amb càmera digital CMOS EMSIS XAROSA de 20 Mpx.
Microscopi electrònic de transmissió de 100 Kv d'alt contrast amb càmera digital AMT de 8 Mpx.
Manteniment i cria d’ insectes, dissecció del sistema nerviós central d’insectes.
Anàlisi de dades de seqüenciació genòmica i proteòmica, elaboració d’arbres filogenètics, programació informàtica, BLAST, estudi de xarxes bioquímiques.
Electroforesi, PCR in situ , RT PCR, PCR quantitativa, mètodes de tinció i detecció, Anàlisis de transferència (western, Southern...), tecnologia DNA recombinant (extracció DNA, tractament enzimàtic, transferència DNA, ...), citometria de flux i i "FACS" (Fluorescence-Activated Cell Sorter), amplificació genòmica (WGA, whole genome amplification), Tractament de la mostra per a microscòpia òptica i electrònica, inclusió, Inmunohistoquímica, FISH.
Citometria de flux, qRT-PCR, Western Blot, Big-Data i tècniques de cultius cel·lulars primaris.
