Els següents instituts d'investigació tenen una estreta relació amb grups d'investigació dels Departaments del Centre.
- Institut Cavanilles de Biodiversitat i Biologia Evolutiva
- Instituto de Agroquímica y Tecnología de Alimentos (IATA)
- Centro de Investigaciones sobre Desertificación (CIDE)
- Instituto de Biología Molecular y Celular de Plantas (IBMCP)
- Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV)
- Instituto de Neurociencias (IN)
- Instituto de Acuicultura Torre de la Sal (IATS)