La CECT ha actualizado, revisado y comprobado la autenticidad de las bacterias lácticas (BAL) que conserva gracias a una ayuda concedida por el INIA (RM2004-00008-00-00)
La importancia de las colecciones de cultivos y de su papel como conservadoras y suministradoras de material microbiológico autentificado cobra cada día mayor importancia a nivel de las propias colecciones y de la comunidad científica en general. El presente proyecto ha permitido poner a disposición de cualquier usuario de cepas de la CECT la información actualizada y contrastada sobre las diferentes especies de BAL presentes en la colección tras un estudio detallado de representantes de todas las especies mediante diferentes técnicas fenotípicas y moleculares.
Las BAL son microorganismos de una gran relevancia para el sector agroalimentario por su papel clave en numerosos procesos biotecnológicos (obtención de productos lácteos, cárnicos y vegetales fermentados, obtención de bebidas alcohólicas), como probióticos o inhibidores del crecimiento de microorganismos patógenos, como fermentos lácticos para la reposición de la microbiota intestinal, etc.
Además de la revisión y actualización a nivel taxonómico, se ha procedido a la comprobación de la identidad de las diferentes especies de BAL mediante técnicas fenotípicas de amplio uso (sistemas multitest miniaturizados de las marcas API y BIOLOG) y técnicas moleculares de elevada resolución (secuencias del rRNA 16S). De esta forma se ha podido saber qué técnicas resultan de mayor utilidad para cada una de las especies estudiadas.
El estudio ha revelado que no existe una única técnica válida para todos los géneros o especies, y que los sistemas multitest no han incorporado en sus bases de datos la información sobre todas las especies, por lo que para la identificación inequívoca hay que recurrir en muchos casos a las técnicas moleculares.
Las principales conclusiones respecto a las técnicas empleadas se resumen a continuación:
- Biolog: Los géneros Lactococcus, Leuconostoc, Pediococcus, Streptococcus y Tetragenococcus se pueden analizar con los dos tipos de placas disponibles en Biolog: AN y GP. Los géneros Aerococcus, Carnobacterium, Enterococcus y Vagococcus se analizan con placas GP; mientras que Lactobacillus y Weissella se analizan con placas AN. Las especies Lactococcus lactis subsp. lactis y Leuconostoc citreum dan diferente resultado según se utilice la placa GP o AN. En algunos casos, la identificación obtenida con el sistema Biolog no coincide con la identificación específica de la cepa, por lo que en tales casos, se ha utilizado la secuenciación parcial del 16S rRNA para confirmar el resultado.
- API 50 CHL: aunque el fabricante recomienda hacer la lectura de la galería después de 48 h de incubación, es importante hacer lecturas también a las 24 h puesto que en algunas cepas la identificación es correcta a las 24 h, pero no a las 48 h. De todos los sistemas miniaturizados de la casa Biomerieux que pueden ser aplicados a las BAL, la galería API 50CHL es el de mayor espectro de aplicación, pues identifica especies de 10 géneros, Aerococcus, Carnobacterium, Lactobacillus, Lactococcus, Leuconostoc (Fructobacillus), Pediococcus, Streptococcus, Tetragenococcus y Weissella; sin embargo, en ningún caso incluye todas las especies del género, por lo que su uso está limitado.
- rapid ID 32 STREP: esta galería ha demostrado ser de gran utilidad en la caracterización de los géneros Enterococcus, Lactococcus y Streptococcus, obteniéndose perfiles después de 4 horas de incubación.
- Secuencia parcial del rRNA16S: Tal como se detalla en la memoria adjunta, en casi todos los géneros de BAL existen especies para las cuales no existe aún el perfil fenotípico recogido en las bases de datos de los sistemas miniaturizados. En estos casos la identificación sólo es posible mediante dicha técnica. En otros casos, la técnica ha permitido clarificar identificaciones confusas o contradictorias mediante los sistemas fenotípicos.
- Secuenciación parcial del gen recN: Se ha realizado un estudio sobre su utilización como técnica para la identificación a nivel de especie y como herramienta filogenética en un grupo de géneros (Leuconostoc, Oenococcus y Weisella) cuyas especies resultan difíciles de diferenciar incluso mediante secuenciación del rRNA 16S. Para ello se ha escogido un grupo de 23 cepas BAL de la CECT y 3 procedentes de otras colecciones, pertenecientes a todas las especies de dichos géneros. La técnica ha revelado su utilidad para los dos fines arriba mencionados (Arahal et al., 2008).
El detalle de los resultados obtenidos para cada uno de los géneros de BAL se puede consultar en las tablas 1 a 11
