Desde enero de 2011 la CECT está ubicada en la planta baja del Edificio 3 CUE del Parque Científico de la Universidad de Valencia, en Paterna, a 10 Km de Valencia y ocupa una superficie de unos 750 m2.

Para cumplir con la normativa sobre bioseguridad para Centros de Recursos Microbianos cuenta con dos alas separadas, una de acceso restringido al personal de la CECT y otra de acceso abierto. En el ala restringida se encuentra el despacho de las curator, dos laboratorios (uno para Procariotas -bacterias y arqueas- y otro para Eucariotas -hongos filamentosos y levaduras-), tres salas (limpieza de material, preparación de medios de cultivo, esterilización y liofilización), cuatro cámaras frías (conservación de medios de cultivo, mantenimiento de cepas no resistentes a la liofilización o la congelación, mantenimiento de muestras recibidas para su depósito o identificación y conservación a largo plazo de microorganismos -liofilizados o en nitrógeno líquido-) y una sala de arcones con varios congeladores de -80°C como método complementario/alternativo para la conservación de microorganismos. En el ala de acceso abierto hay varios despachos (dirección, administración y recepción de pedidos, investigadores, etc.), cuatro laboratorios especializados (quimiotaxonomía, técnicas moleculares, formación y laboratorio de microbiología general para estancias cortas de investigadores invitados) y una sala de documentación.

El método más eficaz para la conservación a largo plazo es la liofilización, por lo que la mayoría de las cepas que componen la colección se mantienen liofilizadas en ampollas de vidrio protegidas de la luz en bolsas opacas de plástico negro en una cámara climática a 10°C. Sin embargo, algunos grupos microbianos, como es el caso de determinados géneros de hongos filamentosos, no resisten dicho método, por lo que es necesario mantenerlos activos mediante resiembra periódica y almacenamiento a 4°C. Todas las cepas se mantienen asimismo a -80°C. Además, se está empezando a preparar un duplicado de todas las cepas de la colección y este duplicado es conservado en una ubicación diferente (aproximadamente a 1 kilómetro de distancia) en cumplimiento con las Buenas Prácticas para Centros de Recursos Microbianos.

En relación al equipamiento informático, la CECT cuenta con varios servidores, que albergan además el correo electrónico y los archivos compartidos. También cuenta con un servidor de biología molecular desde donde son accesibles diversos programas de manipulación y alineamiento de secuencias u otros datos. Asimismo, cuenta también con varios servidores de copias de seguridad para asegurar la integridad de los datos del resto de servidores.