El 10 de Noviembre de 1868, la Diputación de Valencia aceptó la creación de la Facultad Libre de Farmacia, a la que se encargó la impartición de estos estudios en la Ciudad de Valencia. Cinco años más tarde, el 28 de Septiembre de 1874, la Excelentísima Diputación Provincial acordó la supresión de la Facultad alegando la "...falta de prosperidad de la Hacienda de dicha Corporación".

Un siglo más tarde, en Octubre de 1974, se reanudaron los estudios conducentes a la obtención del título de licenciado en Farmacia en el edificio de la Escuela Técnica Superior de Ingenieros Agrónomos sito en el antiguo Paseo de Valencia al Mar, hoy Avenida de Blasco Ibáñez.

Tras un corto periodo de transición, en que los estudios se impartieron en un edificio anexo a la Escuela que estaba destinado inicialmente a futuros comedores universitarios, el curso 78-79 se inició en el edificio que, hasta entonces, había ocupado la Facultad de Ciencias (actual sede del Rectorat de la Universitat) y que había quedado libre como consecuencia de su traslado al Campus de Burjassot.

A partir de ese momento se iniciaron las gestiones para la construcción de un nuevo edificio, que culminaron el 30 de Septiembre de 1992 con la inauguración de la sede actual de la Facultad en el Campus de Burjassot. Este edificio recibió el Premio Nacional de Arquitectura al año siguiente.