L’equip d’Ecologia i biogeografia de sistemes aquàtics treballa des de fa més de 20 anys fonamentalment en ecologia de comunitats de zooplàncton (rotífers, branquiòpodes, copèpodes) i zoobentos (macroinvertebrats, ostracodes) de llacunes, embassaments, zones humides, fonts i rius. S’ha investigat tant des de perspectives de ciència bàsica, com ara estudiant la relació entre els tipus d’ambient o els processos dispersius i l’estructura i dinàmica de les (meta-)comunitats aquàtiques o les xarxes tròfiques del plàncton, com des de una visió aplicada, incloent l’estudi d’espècies exòtiques invasores (com el cranc de riu americà Procambarus clarkii i els seus simbionts), l’ús d’índexs biòtics per a la determinació de la qualitat de l’aigua, o l’anàlisi paleoecològica de restes d’organismes per identificar efectes dels canvis climàtics i les pertorbacions d’origen antròpic.