L'origen del IUED va ser el Seminari Interdisciplinària d’Investigació Feminista fundat en 1986 per un grup de professores de la nostra Universitat, com a resultat de la reflexió col·lectiva en el marc del feminisme sociopolític i acadèmic, i que va tenir la seua carta de presentació en la Trobada Dona i Discurs Científic celebrat en 1987 a València, amb participació d'investigadores de diversos Seminaris Universitaris d'Estudis de les Dones. Les fundadores van ser Ana Aguado (Història Contemporània), Ester Barberá (Psicologia), Neus Campillo (Filosofia), Lola Castany (Psicobiologia), Pura Duart (Sociologia), Isabel Martínez Benlloch (Psicologia), M. Luisa Moltó (Economia), Isabel Morant (Història Moderna), Rosa Pastor (Psicologia), María Poveda (Sociologia), Olga Quiñones (Sociologia), Ana Sánchez (Lògica i Filosofia de la Ciència), Julia Sevilla (Dret Constitucional), Trini Simó (Història de l'Art) i Teresa Yeves (Treball Social).

La trajectòria de treball en comú i col·laboració interdisciplinària es va consolidar amb la creació del Institut Universitari d’Estudis de les Dones al febrer de 1991 (formalitzada per decret 175/1994 de 19 d'agost del Govern Valencià, D.O.G.V. 1 de setembre de 1994).