Els antecedents de l'Institut poden remuntar-se a les activitats de la càtedra d’història de la medicina del professor José María López Piñero (1933-2010) durant els anys seixanta del segle passat. Aquesta càtedra va ser el nucli de l'Institut d'Història de la Medicina creat durant la dècada següent amb el suport de la Institució Alfons el Magnànim de la Diputació de València. El centre va continuar creixent amb noves incorporacions i l'any 1985 el professor López Piñero esdevingué el primer director d’un centre mixt de la Universitat de València i el CSIC: l'Institut d'Estudis Històrics i Documentals sobre la Ciència. Disposava d’una Biblioteca i Museu Historicomèdic, i un Centre de Documentació i Informació en Biomedicina, dirigit per la catedràtica de documentació María Luz Terrada Ferrandis, també del mateix departament de la Universitat de València. Els objectius primigenis del centre eren l'estudi de l'activitat científica i mèdica des de l'Antiguitat fins l’actualitat, amb particular atenció a la creació de repertoris bibliogràfics de la producció científica a la Península Ibèrica des de l’època moderna, així com l'obtenció d'indicadors de l'activitat científica i sanitària, la creació de bases de dades (entre elles l'IME, Índex Mèdic Espanyol, o la Bibliografia d’Història de la Ciència), l'estudi de la terminologia científica i l'anàlisi de la informació científica i mèdica, a més de molts altres projectes de recerca d’història de la ciència, la tecnologia i la medicina.

L’any 2008 l'Institut va ser reestructurat de nou per tal de concentrar l'activitat investigadora dins del camp la història de la medicina i de la ciència, va integrar la Biblioteca Historicomèdica Vicent Peset i Llorca i el nou Museu d'Història de la Medicina i de la Ciència i va adoptar la denominació d’Institut d’Història de la Medicina i de la Ciència “López Piñero”, com centre mixt de la Universitat de València i el CSIC. Aquesta remodelació va dotar al centre d'un nou projecte i identitat científica, reforçada amb la incorporació de nou personal investigador i el trasllat del centre a la seu actual a l’edifici rehabilitat Palau de Cerveró i situat al centre històric de València.

El 30 de gener de 2017, el Consell de Govern de la Universitat de València, desprès d’un informe amb la qualificació de màxima excel·lència per part de l’agència avaluadora estatal (ANECA), va aprovar el tràmit per a la creació de l’Institut Interuniversitari López Piñero (IILP), un centre amb les universitats d’Alacant, Miguel Hernández d’Elx, València i Jaume I de Castelló. El centre va ser també avaluat positivament per part de la Generalitat Valenciana en maig de 2018 i finalment el decret del DOGV el 21 de novembre de 2018 crea l’Institut Interuniversitari López Piñero d’Estudis Històrics i Socials, sobre Ciència, Tecnologia, Medicina i Medi Ambient (IILP). A hores d’ara, i combinant la llarga tradició acadèmica amb les novetats de les darreres incorporacions, el centre continua donant suport a la recerca, el pensament crític, la innovació pedagògica, la igualtat d’oportunitats, la divulgació innovadora, i la conservació i l’estudi del patrimoni bibliogràfic  i material relacionat amb la ciència, la tecnologia i la medicina.