VICENTE ARNAU LLOMBART
PDI-Titular d'Universitat
Director/a Titulacio Master Oficial
PDI-Titular d'Universitat
Director/a Titulacio Master Oficial
Área de conocimiento: ARQUITECTURA Y TECNOL DE COMPUTADORES
Departamento: Informática
Departamento: Informática
Despacho 2.3.32. ETSE. Avenida de la Universidad s/n. CP: 46100 Burjasot (Valencia).
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I2SysBio. Parque Científico de la UV. Despacho B12.
(9635) 43061
(9635) 43061
Biografía
Vicente Arnau Llombart es Licenciado en Ciencias Físicas, especialidad de Electricidad, Electrónica e Informática, desde Junio de 1986.
Es Doctor en Ciencias Físicas desde Julio de 1993.
Desde Febrero de 1997 es Profesor Titular de Arquitectura y Tecnología de Computadores en el Departamento de Informática de la Universidad de Valencia.
Su investigación abarcar varias disciplinas científicas. En sus inicios trabajó en temas como la visión artificial, óptica, tratamiento de imágenes aplicado a la medicina y las redes de interconexión de computadores. En los últimos 12 años la Bioinformática está siendo su principal tema de trabajo, habiendo publicado en las principales revistas internaciones de esta disciplina. Página web: http://www.uv.es/varnau/
Asignaturas impartidas y modalidades docentes
Tutorías
| Anual |
| Lunes de 10:30 a 13:30. DESPACHO B.1.2 (I2SYSBIO-PCUV) |
| Observaciones |
| Participa en el programa de tutorías electrónicas de la Universitat de València. |
Publicaciones en revistas
- V. ARNAU, I. MARÍN (2004) Fast analysis of highly repetitive sequences in human chromosomes using a novel search algorithm. WSEAS Transactions in Biology and Biomedicine, 1, pp. 107 - 111 . ISSN: 1109-9518
- V. ARNAU, S. MARS, I. MARÍN (2005) Iterative cluster analysis of protein interaction data. Bioinformatics, 21, pp. 364 - 378 . ISSN: 1367-4803
- J. Ignasi Lucas, Vicente Arnau, Ignacio Marín (2006) Comparative genomics and protein domain graph analyses link ubiquitination and RNA metabolism. Journal of Molecular Biology, 357, pp. 9 - 17 . ISSN: 0022-2836
- V. ARNAU, M. GALLACH, J. I. LUCAS, I. MARÍN (2006) UVPAR: fast detection of functional shifts in duplicate genes. Bmc Bioinformatics, 7, pp. 174(1) - 174(12) . ISSN: 1471-2105
- X. Y. YANG, A. RIPOLL, V. ARNAU, I. MARÍN, E. LUQUE (2006) Genomic-scale analysis of DNA words of arbitrary length by parallel computation. NIC SERIES, 33, pp. 623 - 630
- M. J. Maldonado, V. Arnau, R. Martínez-Costa, A. Navea, F. M. Micó, A. L. Cisneros, J. L. Menezo (1997) Reproducibility of digital image analysis for measuring corneal haze after myopic photorefractive keratectomy. American Journal of Ophthalmology, 123(1), pp. 31 - 41 . ISSN: 0002-9394
- M. J. Maldonado, V. Arnau, A. Navea, R. Martínez-Costa, F. M. Micó, A. L. Cisneros, J. L. Menezo (1996) Direct objective quantification of corneal haze following excimer laser photorefractive keratectomy for high myopia. Ophthalmology, 103, pp. 1970 - 1978 . ISSN: 0161-6420
- A.Palomares, A.Lorente, V. Arnau, F Martínez Verd, J.M.Articas (1997) A new method for the optimum generation of real colors on CRT monitors. Journal Of Optics, 28, pp. 107 - 111 . ISSN: 2040-8978
- Miguel Gallach, Vicente Arnau, Ignacio Marin (2007) Global patterns of sequence evolution in Drosophila. Bmc Genomics, 8(408), pp. 1 - 18 . ISSN: 1471-2164
- V. ARNAU, M. GALLACH, I. MARÍN (2008) Fast comparison of DNA sequences by oligonucleotide profiling. BMC Research Notes, 1(5), pp. 1 - 5 . ISSN: 1756-0500
- Alic, Andrei; Pérez Ortín, José Enrique; Moreno Mariño, Joaquín.; Arnau LLombart, Vicente (2013) mRNAstab. A web application for mRNA stability analysis. Bioinformatics, 29, pp. 813 - 814 . ISSN: 1367-4803
- Miguel Gallach , Vicente Arnau , Rodrigo Aldecoa and Ignacio Marin. (2010) A sequence motif enriched in regions bound by the Drosophila dosage compensation complex. Bmc Genomics, 11(169), pp. 1 - 14 . ISSN: 1471-2164
- Joaquín Tárraga, Vicente Arnau, Héctor Martínez, Raul Moreno, Diego Cazorla, José Salavert-Torres, Ignacio Blanquer-Espert, Joaquín Dopazo and Ignacio Medina (2014) Acceleration of short and long DNA read mapping without loss of accuracy using suffix array. Bioinformatics, 20(23), pp. 2296 - 3398 . ISSN: 1367-4803
- Juanes JM, Miguel A, Morales LJ, Pérez-Ortín JE, Arnau V (2015) A web application for the unspecific detection of differentially expressed DNA regions in strand-specific expression data. Bioinformatics, 31(19), pp. 3228 - 3230 . ISSN: 1367-4803
- V. ARNAU, I. MARIN (2003) A hierarchical clustering strategy and its application to proteomic interaction data. Lecture Notes in Computer Science, 2652, pp. 62 - 69 . ISSN: 0302-9743
- Vicente Arnau, Juan Manuel Orduña, Salvador Moreno, Rodrigo Valero, Aurelio Ruiz (2000) A Clustering Approach for Improving Network Performance in Heterogeneous Systems. Lecture Notes in Computer Science, 1900, pp. 1206 - 1209 . ISSN: 0302-9743
- Joaquin Tarraga; Asunción Gallego; Vicente Arnau; Ignacio Medina; Joaquin Dopazo (2016) HPG pore: an efficient and scalable framework for nanopore sequencing data. Bmc Bioinformatics, 17(107), pp. 1 - 7 . ISSN: 1471-2105
- Antonio Fabregat; Konstantinos Sidiropoulos; Guilherme Viteri; Oscar Forner; Pablo Marin-Garcia; Vicente Arnau; Peter D'Eustachio; Lincoln Stein and Henning Hermjakob. (2017) 'Reactome pathway analysis: a highperformance in-memory approach'. Bmc Bioinformatics, 18(142), pp. 1 - 9 . ISSN: 1471-2105
- F.M. Verdú, J. Malo, V. Arnau, A. Felipe, J.M. Artigas (1996) A new chromatic encoding for machine vision invariant to the change of illuminant. Journal Of Optics, 27(4), pp. 171 - 181 . ISSN: 2040-8978
- José M. Juanes; Asunción Gallego; Joaquín Tárraga; Felipe J. Chaves; Pablo Marín-Garcia; Ignacio Medina; Vicente Arnau; Joaquín Dopazo (2017) VISMapper: ultra-fast exhaustive cartography of viral insertion sites for gene therapy. Bmc Bioinformatics, 18:421 . ISSN: 1471-2105
- Jose Manuel Martí; L.F. Arias-Giraldo; Wladimiro Díaz-Villanueva; Vicente Arnau; Antonio Rodríguez-Franco; Carlos P. Garay (2020) Metatranscriptomic dynamics after Verticillium dahliae infection and root damage in Olea europaea. Bmc Plant Biology, 20(79) . ISSN: 1471-2229
- Almudena Devesa-Peiro; Patricia Sebastian-Leon; Francisco Garcia-Garcia; Vicente Arnau; Alejandro Aleman; Antonio Pellicer; Patricia Diaz-Gimeno (2020) Uterine disorders affecting female fertility: what are the molecular functions altered in endometrium?. Fertility and Sterility, 113(6), pp. 1261 - 1274 . ISSN: 0015-0282
- Andrés Moya; José L. Oliver; Miguel Verdú; Luis Delaye; Vicente Arnau; Pedro Bernaola-Galván; Rebeca de la Fuente; Wladimiro Díaz; Cristina Gómez-Martín; Francisco M. González; Amparo Latorre; Ricardo Lebrón; Ramón Román-Roldán (2020) Driven progressive evolution of genome sequence complexity in Cyanobacteria. Scientific Reports, 10 . ISSN: 2045-2322
- P. Sebastian-Leon; A. Devesa-Peiro; A. Aleman; A. Parraga-Leo; V. Arnau; A. Pellicer; P. Diaz-Gimeno (2021) Transcriptional changes through menstrual cycle reveal a global transcriptional derepression underlying the molecular mechanism involved in the window of implantation. Molecular Human Reproduction, 27(5), pp. 1 - 16 . ISSN: 1360-9947
- María Cebriá-Mendoza; Cristina Arbona; Luís Larrea; Wladimiro Díaz; Vicente Arnau; Carlos Peña; Juan Vicente Bou; Rafael Sanjuán; José M Cuevas (2021) Deep viral blood metagenomics reveals extensive anellovirus diversity in healthy humans. Scientific Reports, 11(6921), pp. 1 - 11 . ISSN: 2045-2322
- Díaz M; Quiroz-Moreno C; Jarrín-V P; Piquer-Esteban S; Monfort-Lanzas P; Rivadeneira E; Castillejo P; Arnau V; Díaz W; Sangari FJ; Molina CA (2022) Soil Bacterial Community Along an Altitudinal Gradient in the Sumaco, a Stratovolcano in the Amazon Region. Frontiers In Forests And Global Change, 5(738568), pp. 1 - 15 . ISSN: 2624-893X
- Samuel Piquer-Esteban; Susana Ruiz-Ruiz; Vicente Arnau; Wladimiro Diaz; Andrés Moya (2022) Exploring the universal healthy human gut microbiota around the World. Computational And Structural Biotechnology Journal, 20, pp. 421 - 433 . ISSN: 2001-0370
- Maria J. Olmo-Uceda; Juan C. Muñoz-Sánchez; Wilberth Lasso-Giraldo; Vicente Arnau; Wladimiro Díaz-Villanueva; Santiago F. Elena; (2022) DVGfinder: A Metasearch Tool for Identifying Defective Viral Genomes in RNA-Seq Data. Viruses, 14(5), pp. 1 - 18 . ISSN: 1999-4915
- Vicente Arnau; Marina Barba-Aliaga; Gaurav Singh; Javier Ferri; José García-Martínez; José E. Pérez-Ortín (2022) A feedback mechanism controls rDNA copy number evolution in yeast independently of natural selection. Plos One, 17(9), p. e0272878 . ISSN: 1932-6203
- Rebeca de la Fuente; Wladimiro Díaz-Villanueva; Vicente Arnau; Andrés Moya (2023) Genomic Signature in Evolutionary Biology: A Review. Biology-Basel, 12(322), pp. 1 - 24 . ISSN: 2079-7737
- Hafez, AI; Soriano, B.; Elsayed, AA; Futami, R.; Ceprián, R.; Ramos-Ruiz, R.; Martínez, G.; Roig, FJ; Torres-Font, MA; Naya-Catala, F.; Calduch-Giner, JA; Trilla-Fuertes, L.; Gámez-Pozo, A.; Arnau, V.; Sempere-Luna, JM; Pérez-Sánchez, J.; Gabaldón, T.; Llorens, C. (2023) Client Applications and Server-Side Docker for Management of RNASeq and/or VariantSeq Workflows and Pipelines of the GPRO Suite. Genes, 14(267), pp. 1 - 20 . ISSN: 2073-4425
- Magdalena Díaz; Pablo Monfort-Lanzas; Cristian Quiroz-Moreno; Erika Rivadeneira; Pablo Castillejo; Vicente Arnau; Wladimiro Díaz; Spiros N. Agathos; Félix J. Sangari; Pablo Jarrín-V; C. Alfonso Molina (2023) The microbiome of the ice-capped Cayambe Volcanic Complex in Ecuador. Frontiers In Microbiology, 14, p. 1154815 . ISSN: 1664-302X
- Arnau, Vicente; Díaz-Villanueva, Wladimiro; Mifsut Benet, Jorge; Villasante, Paula; Beamud, Beatriz; Mompó, Paula; Sanjuan, Rafael; González-Candelas, Fernando; Domingo-Calap, Pilar; Dzunková, Mária (2023) Inference of the life cycle of environmental phages from genomic signature distances to their hosts. Viruses, 15(5), p. 1196 . ISSN: 1999-4915
- Mária D¿unková; James J. La Clair; Tomá¿ Tyml; Devin Doud; Frederik Schulz; Samuel Piquer-Esteban; Dafne Porcel Sanchis; Andrew Osborn; David Robinson; Katherine B. Louie; Ben P. Bowen; Robert M. Bowers; Janey Lee; Vicente Arnau; Wladimiro Díaz-Villanueva; Ramunas Stepanauskas; Terrence Gosliner; Shailesh V. Date; Trent R. Northen; Jan-Fang Cheng; Michael D. Burkart & Tanja Woyke (2023) Synthase-selected sorting approach identifies a beta-lactone synthase in a nudibranch symbiotic bacterium. Microbiome, 11(130), pp. 1 - 24 . ISSN: 2049-2618
- Beatriz Soriano; Ahmed Ibrahem Hafez; Fernando Naya-Català; Federico Moroni; Roxana Andreea Moldovan; Socorro Toxqui-Rodríguez; María Carla Piazzon; Vicente Arnau; Carlos Llorens; Jaume Pérez-Sánchez (2023) SAMBA: Structure-Learning of Aquaculture Microbiomes Using a Bayesian Approach. Genes, 14(8), pp. 1 - 15 . ISSN: 2073-4425
- Joaquín Tárraga, Vicente Arnau, Héctor Martínez, Raul Moreno, Diego Cazorla, José Salavert-Torres, Ignacio Blanquer-Espert, Joaquín Dopazo and Ignacio Medina (2014) Acceleration of short and long DNA read mapping without loss of accuracy using suffix array. Bioinformatics, 20(23), pp. 2296 - 3398 . ISSN: 1367-4803
- Juanes JM, Miguel A, Morales LJ, Pérez-Ortín JE, Arnau V (2015) A web application for the unspecific detection of differentially expressed DNA regions in strand-specific expression data. Bioinformatics, 31(19), pp. 3228 - 3230 . ISSN: 1367-4803
- Joaquin Tarraga; Asunción Gallego; Vicente Arnau; Ignacio Medina; Joaquin Dopazo (2016) HPG pore: an efficient and scalable framework for nanopore sequencing data. Bmc Bioinformatics, 17(107), pp. 1 - 7 . ISSN: 1471-2105
- Antonio Fabregat; Konstantinos Sidiropoulos; Guilherme Viteri; Oscar Forner; Pablo Marin-Garcia; Vicente Arnau; Peter D'Eustachio; Lincoln Stein and Henning Hermjakob. (2017) 'Reactome pathway analysis: a highperformance in-memory approach'. Bmc Bioinformatics, 18(142), pp. 1 - 9 . ISSN: 1471-2105
- José M. Juanes; Asunción Gallego; Joaquín Tárraga; Felipe J. Chaves; Pablo Marín-Garcia; Ignacio Medina; Vicente Arnau; Joaquín Dopazo (2017) VISMapper: ultra-fast exhaustive cartography of viral insertion sites for gene therapy. Bmc Bioinformatics, 18:421 . ISSN: 1471-2105
- Jose Manuel Martí; L.F. Arias-Giraldo; Wladimiro Díaz-Villanueva; Vicente Arnau; Antonio Rodríguez-Franco; Carlos P. Garay (2020) Metatranscriptomic dynamics after Verticillium dahliae infection and root damage in Olea europaea. Bmc Plant Biology, 20(79) . ISSN: 1471-2229
- Almudena Devesa-Peiro; Patricia Sebastian-Leon; Francisco Garcia-Garcia; Vicente Arnau; Alejandro Aleman; Antonio Pellicer; Patricia Diaz-Gimeno (2020) Uterine disorders affecting female fertility: what are the molecular functions altered in endometrium?. Fertility and Sterility, 113(6), pp. 1261 - 1274 . ISSN: 0015-0282
- Andrés Moya; José L. Oliver; Miguel Verdú; Luis Delaye; Vicente Arnau; Pedro Bernaola-Galván; Rebeca de la Fuente; Wladimiro Díaz; Cristina Gómez-Martín; Francisco M. González; Amparo Latorre; Ricardo Lebrón; Ramón Román-Roldán (2020) Driven progressive evolution of genome sequence complexity in Cyanobacteria. Scientific Reports, 10 . ISSN: 2045-2322
- P. Sebastian-Leon; A. Devesa-Peiro; A. Aleman; A. Parraga-Leo; V. Arnau; A. Pellicer; P. Diaz-Gimeno (2021) Transcriptional changes through menstrual cycle reveal a global transcriptional derepression underlying the molecular mechanism involved in the window of implantation. Molecular Human Reproduction, 27(5), pp. 1 - 16 . ISSN: 1360-9947
- María Cebriá-Mendoza; Cristina Arbona; Luís Larrea; Wladimiro Díaz; Vicente Arnau; Carlos Peña; Juan Vicente Bou; Rafael Sanjuán; José M Cuevas (2021) Deep viral blood metagenomics reveals extensive anellovirus diversity in healthy humans. Scientific Reports, 11(6921), pp. 1 - 11 . ISSN: 2045-2322
- Díaz M; Quiroz-Moreno C; Jarrín-V P; Piquer-Esteban S; Monfort-Lanzas P; Rivadeneira E; Castillejo P; Arnau V; Díaz W; Sangari FJ; Molina CA (2022) Soil Bacterial Community Along an Altitudinal Gradient in the Sumaco, a Stratovolcano in the Amazon Region. Frontiers In Forests And Global Change, 5(738568), pp. 1 - 15 . ISSN: 2624-893X
- Samuel Piquer-Esteban; Susana Ruiz-Ruiz; Vicente Arnau; Wladimiro Diaz; Andrés Moya (2022) Exploring the universal healthy human gut microbiota around the World. Computational And Structural Biotechnology Journal, 20, pp. 421 - 433 . ISSN: 2001-0370
- Maria J. Olmo-Uceda; Juan C. Muñoz-Sánchez; Wilberth Lasso-Giraldo; Vicente Arnau; Wladimiro Díaz-Villanueva; Santiago F. Elena; (2022) DVGfinder: A Metasearch Tool for Identifying Defective Viral Genomes in RNA-Seq Data. Viruses, 14(5), pp. 1 - 18 . ISSN: 1999-4915
- Vicente Arnau; Marina Barba-Aliaga; Gaurav Singh; Javier Ferri; José García-Martínez; José E. Pérez-Ortín (2022) A feedback mechanism controls rDNA copy number evolution in yeast independently of natural selection. Plos One, 17(9), p. e0272878 . ISSN: 1932-6203
- Rebeca de la Fuente; Wladimiro Díaz-Villanueva; Vicente Arnau; Andrés Moya (2023) Genomic Signature in Evolutionary Biology: A Review. Biology-Basel, 12(322), pp. 1 - 24 . ISSN: 2079-7737
- Hafez, AI; Soriano, B.; Elsayed, AA; Futami, R.; Ceprián, R.; Ramos-Ruiz, R.; Martínez, G.; Roig, FJ; Torres-Font, MA; Naya-Catala, F.; Calduch-Giner, JA; Trilla-Fuertes, L.; Gámez-Pozo, A.; Arnau, V.; Sempere-Luna, JM; Pérez-Sánchez, J.; Gabaldón, T.; Llorens, C. (2023) Client Applications and Server-Side Docker for Management of RNASeq and/or VariantSeq Workflows and Pipelines of the GPRO Suite. Genes, 14(267), pp. 1 - 20 . ISSN: 2073-4425
- Magdalena Díaz; Pablo Monfort-Lanzas; Cristian Quiroz-Moreno; Erika Rivadeneira; Pablo Castillejo; Vicente Arnau; Wladimiro Díaz; Spiros N. Agathos; Félix J. Sangari; Pablo Jarrín-V; C. Alfonso Molina (2023) The microbiome of the ice-capped Cayambe Volcanic Complex in Ecuador. Frontiers In Microbiology, 14, p. 1154815 . ISSN: 1664-302X
- Arnau, Vicente; Díaz-Villanueva, Wladimiro; Mifsut Benet, Jorge; Villasante, Paula; Beamud, Beatriz; Mompó, Paula; Sanjuan, Rafael; González-Candelas, Fernando; Domingo-Calap, Pilar; Dzunková, Mária (2023) Inference of the life cycle of environmental phages from genomic signature distances to their hosts. Viruses, 15(5), p. 1196 . ISSN: 1999-4915
- Mária D¿unková; James J. La Clair; Tomá¿ Tyml; Devin Doud; Frederik Schulz; Samuel Piquer-Esteban; Dafne Porcel Sanchis; Andrew Osborn; David Robinson; Katherine B. Louie; Ben P. Bowen; Robert M. Bowers; Janey Lee; Vicente Arnau; Wladimiro Díaz-Villanueva; Ramunas Stepanauskas; Terrence Gosliner; Shailesh V. Date; Trent R. Northen; Jan-Fang Cheng; Michael D. Burkart & Tanja Woyke (2023) Synthase-selected sorting approach identifies a beta-lactone synthase in a nudibranch symbiotic bacterium. Microbiome, 11(130), pp. 1 - 24 . ISSN: 2049-2618
- Beatriz Soriano; Ahmed Ibrahem Hafez; Fernando Naya-Català; Federico Moroni; Roxana Andreea Moldovan; Socorro Toxqui-Rodríguez; María Carla Piazzon; Vicente Arnau; Carlos Llorens; Jaume Pérez-Sánchez (2023) SAMBA: Structure-Learning of Aquaculture Microbiomes Using a Bayesian Approach. Genes, 14(8), pp. 1 - 15 . ISSN: 2073-4425
Textos del currículum
- Resumen del CV. Licenciado en Ciencias Físicas, especialidad de Electricidad, Electrónica e Informática por la Universidad de Valencia. Doctorado en Ciencias Físicas en Julio de 1993. Actualmente soy Profesor Titular de Arquitectura y Tecnología de los Computadores en el Departamento de Informática de la Escuela Técnica Superior de Ingenierías (ETSE-UV). Desde su creación en 2012 hasta la actualidad, soy director del Máster en Bioinformática de la UV. He impartido clase en 3 asignaturas de este máster. He sido el director de 45 trabajos final de máster (TFM), de los cuales 2 han obtenido el premio extraordinario al mejor TFM del curso. He participado en proyectos de investigación de diferentes temáticas: visión artificial, robótica, tratamiento de imágenes, oftalmología, óptica y redes de computadores. Actualmente mi línea de investigación principal es la Bioinformática. He realizado programas para el análisis de datos de NGS (Next Generation Sequencing) y de Redes de Interacciones Proteicas. He colaborado en el desarrollo de aplicaciones web para el análisis y visualización de datos bioinformáticos. Tengo 4 publicaciones en Bioinformatics y 4 en BMC Bioinformátics. Desde su creación en marzo de 2016, soy miembro del Instituto de Biología Integrativa de Sistemas (I2SysBio, UV-CSIC). Pertenezco al grupo de investigación TBC, Teoría, Bioinformática y Computación (https://www.uv.es/tbc), donde realizo estudios de metagenómica aplicados a sistemas extremófilos, muestras ambientales y también al microbioma humano. Desarrollo algoritmos para el análisis de grandes volúmenes de datos bioinformáticos..
- Indicadores de la calidad de la investigación. Número de sexenios de investigación: 4 Número de quinquenios docentes: 7 Número de tesis doctorales dirigidas: 6. Actualemnte dirigiendo 4 tesis. Publicaciones en primer o segundo cuartil (Q1 o Q2): 28 Publicaciones totales en revistas y congresos: 144 Índice h (Google Scholar): 14 Patentes registradas: 2 Trabajos Fin de Grado dirigidos últimos 9 años: 21 Trabajos Fin de Master dirigidos últimos 9 años: 35 Premios al mejor TFM en el Máster en Bioinformática: 3.
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