Cristina Vilanova i Manuel Porcar, investigadors de l’Institut de Biologia Integrativa de Sistemes de la Universitat de València i del CSIC, han proposat un canvi en la manera com es duen a terme els estudis sobre la composició microbiana de mostres biològiques mitjançant seqüenciació massiva. L’article, publicat en la revista ‘Nature Microbiology’, planteja que les dades massives s’han d’integrar amb criteris de cultiu microbià innovadors, i interpretar-les des del punt de vista ecològic.
El canvi proposat afecta la manera com es duen a terme els estudis de microbioma, consistents a analitzar la composició microbiana d’una mostra mitjançant seqüenciació massiva, és a dir, la lectura a gran escala de l’ADN dels organismes que s’hi troben. Aquesta anàlisi es pot efectuar en qualsevol tipus d’ecosistema (sòl, aigua, femta humana...) i s’aplica en biotecnologia, biomedicina i qualsevol altra disciplina relacionada amb les comunitats microbianes.
“És la primera vegada que es proposa una estratègia tan holística per a aquests estudis, la qual inclou tècniques innovadores que s’han desenvolupat molt recentment, com ara la predicció de consorcis o el cultiu in situ, algunes al nostre laboratori”, ha indicat la investigadora de l’Institut de Biologia Integrativa de Sistemes.
Vilanova i Porcar apunten que l’experiència investigadora els ha demostrat que cal que les dades massives obtingudes en aquest tipus d’estudis es combinen amb dos punts de vista. D’una banda, les tècniques de cultiu innovadores, que permeten aïllar físicament les espècies microbianes d’interès i anar més enllà de les dades d’un ordinador.
En segon lloc, plantegen interpretar-ne els resultats des del punt de vista ecològic, amb la qual cosa es pot detectar associacions naturals de microorganismes en compte d’infinites llistes d’espècies individuals. En aquest sentit, remarquen el fet que els microorganismes realment no viuen de manera aïllada en cada ecosistema estudiat.
Enfront d’aquest plantejament, actualment les tecnologies de seqüenciació són tan potents que aporten més informació de les que els equips investigadors són capaços d’interpretar. “De fet, cada vegada hi ha més dades no interpretades en les bases de dades”, ha indicat Cristina Vilanova. En l’article ‘Are multi-omics enough?’ es remarca que hi ha un bilió d’espècies de microorganismes pendents de descobrir. També els investigadors indiquen que el repte és reduir la complexitat, per millorar-ne la comprensió.
“Considerem que amb l’estratègia que proposem, aquests estudis serien molt més informatius, i per tant més útils per a estudis ambientals o fins i tot relacionats amb la salut humana”, indica la també investigadora de l’Institut de Biologia Integrativa de Sistemes. En aquest sentit, en l’article, Vilanova i Porcar apunten: “Preveiem un brillant futur en ecologia microbiana, on aviat s’analitzaran bases de dades que necessiten enfocaments capaços de condensar els gigabytes d’informació només amb les conclusions més simples i pertinents ecològicament”.
Cristina Vilanova i Manuel Porcar són membres de l’Institut de Biologia Integrativa de Sistemes (I2SysBio), centre mixt de la Universitat de València i del CSIC; i de l’Institut Cavanilles de Biodiversitat i Biologia Evolutiva. Les seues línies d’investigació se centren en la biologia sintètica i la microbiologia aplicada, en les quals han dut a terme reconeguts treballs sobre les comunitats microbianes d’hàbitats artificials, com ara les plaques solars i diferents dispositius domèstics. A més, són cofundadors de la start up Darwin Bioprospecting Excellence.
Article:
Cristina Vilanova i Manuel Porcar (2016) «Are multi-omics enough?», Nature Microbiology. Publicat 26 de juliol 2016. Article num. 16101. DOI: http://dx.doi.org/10.1038/nmicrobiol.2016.101
Link:
http://www.nature.com/articles/nmicrobiol2016101
Versió read-only: https://t.co/eGEkRMNon2
Data d'actualització: 27 de de juliol de 2016 07:00.
Llista de notícies
