El origen de las colecciones que forman el Museo está ligado al de la propia Universitat, porque la necesidad de tener material con fines didácticos hizo que se crearon las primeras colecciones naturalistas. Durante el siglo XIX, un grupo de científicos hicieron posible la creación del Gabinete o Museo de Historia Natural, y que reunió estas colecciones en un museo. No tenemos información respecto al tamaño del fondo disponibles en el Museo, pero por referencias de artículos de prensa y trabajos científicos podemos sospechar que era considerable.
Se sabe que contenía importantes colecciones botánicas, zoológicas y de anatomía comparada, además de las colecciones de paleontología y geología.
El Incendio
Durante la noche del 12 de Mayo de 1932, un incendio asoló un ala de la Facultad de Ciencias, afectando de lleno al Museo de Historia Natural que desaparecen en pocos minutos. Sólo se salvaron materiales de las colecciones de botánica y de la de aves, gracias al valor de algunos profesores y ciudadanos.
Podríamos pensar que los materiales de geología, pero fotografías de la época muestran la destrucción y el caos que se produjo durante el incendio, que hicieron imposible recuperar nada. Además, los trabajos de desescombrament se hicieron sin tener en cuenta la posible recuperación de ningún material.
Inmediatamente después del incendio se pidió la ayuda tanto de otras instituciones como de particulares, para reconstruir el Museo de Historia Natura. Así, museos como el de Paris, Londres, Ginebra o Madrid, y grupos como la Asociación Universal Esperantista mandaran materiales. A pesar de ello, el Museo nunca se reconstruyó, sino que se crearon secciones adscritas a las cátedras de Biología y Geología, desarrollando una actividad científica hasta nuestros días.
Un Nuevo Museo
Cuando la Facultad de Ciencias Biológicas se trasladó al campus de Burjassot, en 1978, el personal del Departamento trasladó también los fondos de la colección geológica, que estaba destinada principalmente a la docencia y formó el Museo de Geología . Dado que las necesidades de conservación, restauración e inventario no eran cubiertos adecuadamente, se dotó al Departamento con una plaza de técnico medio para preparar el material y organizar su exposición.
Finalmente, en Febrero de 1996 La Conselleria de Cultura, Educación y Ciencia reconoció el Museo de Geología como Museo de Geología de la Universitat Valenciana, momento en el que nuestra institución inició su labor.