Los trabajos de principio de siglo estuvieron a cargo de un arqueólogo muy singular y controvertido, don Leopoldo Batres. Estos trabajos se desarrollaron entre 1905 y 1910, es decir, cinco años de excavación en los que Batres se concentró fundamentalmente en la Pirámide del Sol. (...) Podríamos afirmar que esta pirámide fue deformada en su totalidad. Estudios posteriores, como el de Remi Bastien en 1946, demuestran claramente el alto grado de error que existió en la excavación. No sólo eso, según el propio Bastien en el tercer cuerpo de la pirámide se colocaron una serie de elementos como si fueran originales, y esto último sí es muy grave: habla muy mal de don Leopoldo. (...) Es decir: lo que vemos hoy como Pirámide del Sol y que ya es, por decirlo de alguna manera, una vista histórica, no corresponde a la realidad. No era así ni remotamente. En mucho de esto influyó la mano de don Leopoldo, quien colocó escaleras donde no las había.
Dentro de esta gran pirámide (la del Sol) hay otra pequeña que debió ser construida sobre una estancia subterránea en forma de trébol de cuatro hojas, unida a la orilla del Micaotli (Calzada de los Muertos) por un pasaje subterráneo cuya entrada está al pie del basamento adosado. Parece que esta estancia subterránea se hizo para representar cuatro cuevas o bocas de la Madre Tierra, que simbolizan el origen del hombre, pero en lugar de las siete cuevas del legendario Chicomoztoc, aquí son cuatro, un Nahuioztoc conmemorativo del origen de otras tantas tribus o grupos de gente.
El templo que sostenía en la cumbre fue totalmente destruido. Sólo se sabe que el obispo Zumárraga mandó bajar de la cumbre, en pedazos, un ídolo de piedra "de tres brazas grandes en largo, otra en ancho y otra en grosor" (Papeles de Nueva España).