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title: "DNA Microarrays"
author: "Guillermo Ayala Gallego"  
date: "`r Sys.Date()`"  
address: Departamento de Estadística e I.O. Universidad de Valencia  
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# Microarrays 


## DNA Microarrays

![](../figures/affymetrix_microarray.jpg)

## Un ejemplo

- [gse21779](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE21779)

```{r}
#| label: dnamicroarray1
#| echo: false
dirTamiData = "/home/gag/ownCloud/alltami/tami-data/"
```

## `ExpressionSet`

```{r }
#| label: dnamicroarray20
#| message: false  
pacman::p_load(ALL)
```

```{r}
#| label: dnamicroarray21
data(ALL)
```
La clase del objeto la podemos ver con 
```{r}
#| label: dnamicroarray21b
class(ALL)
```
El método `print` nos da un breve resumen de la clase.
```{r}
#| label: dnamicroarray22b
#| eval: false
ALL
```
La matriz de expresión la obtenemos con el accessor  `Biobase::exprs`.
```{r}
#| label: dnamicroarray22
#| echo: false
head(exprs(ALL))
```

Los datos fenotípicos los tendremos con `Biobase::pData`.

```{r }
#| label: dnamicroarray23
#| eval: false
pData(ALL)
```

¿Cuál fue chip que se utilizó para obtener estos datos?

```{r }
#| label: dnamicroarray24
annotation(ALL)
```

Los identificadores de las filas los tenemos con 

```{r}
#| label: dnamicroarray25
#| eval: false  
featureNames(ALL)
```

