El 2 de mayo de 1808 estaba previsto que saliera del palacio real de Madrid el infante Francisco de Paula, pero el pueblo pensaba que Napoleón tenía retenido a Fernando VII y que pensaba restaurar a Carlos IV. Una multitud intentó impedir el viaje, y Murat sacó un batallón para dispersarla. La artillería disparó contra el gentío y esto fue el detonante de un levantamiento popular. Los madrileños lucharon contra los franceses por las calles de la ciudad durante todo el día. El ejército español permaneció pasivo, aunque algunos militares desobedecieron las órdenes recibidas y se unieron a los insurrectos, bajo la dirección de los capitanes Luis Daoíz y Pedro Velarde, que murieron antes de que acabara el día. Murat organizó una sangrienta represión. El 3 de mayo fueron fusilados varios cientos de españoles que habían sido arrestados empuñando armas.

El 4 de mayo Fernando VII comunicó a un enviado del gobierno de Madrid que se hallaba sin libertad y autorizó la convocatoria de Cortes que ejercieran la soberanía en su ausencia. El 5 de mayo llegaron a Bayona las noticias sobre el levantamiento acaecido en Madrid tres días atrás. Carlos IV responsabilizó a su hijo de la tragedia y logró que accediera a firmar su abdicación. Por su parte Godoy negoció a su vez la abdicación de Carlos IV en favor de Napoleón. Las llamadas abdicaciones de Bayona fueron firmadas finalmente el 6 de mayo (sin que Fernando conociera la abdicación de su padre). Ese mismo día llegó a Madrid un decreto de Carlos IV por el que nombraba a Murat su lugarteniente y lo autorizaba a gobernar en su nombre. El 10 de mayo llegaron a Madrid tanto la abdicación de Fernando VII como sus órdenes de convocatoria de Cortes. Las autoridades hicieron caso omiso de éstas y publicaron la abdicación de Fernando.

A medida que esta noticia se fue difundiendo por el país, se fueron produciendo de forma independiente un levantamiento tras otro. Se fueron organizando ejércitos y partidas de guerrilleros, milicianos y bandoleros. Había estallado la llamada Guerra de la Independencia Española. Así, en Valencia, el 23 de mayo una multitud reunida en la plaza a la que llegaba el correo recibía la noticia de las abdicaciones de Bayona. Desde hacía unos días circulaban pasquines por la ciudad con la décima siguiente:

La valenciana arrogancia
siempre ha tenido por punto
no olvidarse de Sagunto
y acordarse de Numancia.
Franceses, idos a Francia,
dejadnos en nuestra ley,
que en tocando a Dios y al Rey,
a nuestras casas y hogares,
todos somos militares
y formamos una grey.

Tras unos minutos de tenso silencio, alguien gritó: Viva Fernando VII. Poco después la muchedumbre recorría las calles gritando Viva Fernando VII, muera Napoleón. Entre los cabecillas de la revuelta destacó Vicente Doménech, conocido como El Palleter (por su oficio de vendedor de paja). Ante la pasividad de las autoridades, los ciudadanos se hicieron con el gobierno, declararon la guerra a Napoleón, reconocieron a Fernando VII como rey de España y organizaron un reclutamiento de tropas.

El 24 de mayo se produjo en Zaragoza una revuelta similar. El 25 de mayo los zaragozanos, después de asaltar la capitanía general y deponer a su titular, nombraron gobernador de la ciudad y capitán general de Aragón al brigadier José de Palafox, que había escapado de Bayona después de haber organizado infructuosamente un intento de fuga del rey Fernando VII. Paulatinamente y de forma independiente fueron surgiendo juntas provinciales de gobierno en distintas ciudades españolas. El conde de Floridablanca se puso al frente de la Junta de Murcia.

El 31 de mayo fue Valladolid la que se declaró en rebeldía. El capitán general Gregorio García de la Cuesta decretó el alistamiento obligatorio de todos los varones entre 17 y 40 años, con los que formó un ejército improvisado. Poco después se rebeló Santander. El 2 de junio, el mariscal Jean-Baptiste Bessières, que tenía su cuartel general en Burgos, envió un ejército contra Santander bajo el mando del general Pierre Hugues Victoire Merle. El 3 de junio se publicó en la Gaceta de Madrid una proclama de Napoleón firmada nueve días atrás:

Napoleón, Emperador de los franceses, rey de Italia y protector de la Confederación del Rin, etc. etc. etc.
A todos los que las presentes vieren, salud.
Españoles: después de una larga agonía, vuestra nación iba a perecer. He visto vuestros males, y voy a remediarlos. Vuestra grandeza y vuestro poder hacen parte del mío.
Vuestros príncipes me han cedido todos sus derechos a la corona de las Españas. Yo no quiero reinar en vuestras provincias, pero quiero adquirir derechos eternos al amor y al reconocimiento de vuestra posteridad.
Vuestra monarquía es vieja: mi misión se dirige a renovarla. Mejoraré vuestras instituciones, y os haré gozar de los beneficios de una reforma, sin que experimentéis quebrantos, desórdenes ni convulsiones.
Españoles: he hecho convocar una asamblea general de las diputaciones de las provincias y de las ciudades. Yo mismo quiero saber vuestros deseos y vuestras necesidades.
Entonces depondré todos mis derechos y colocaré vuestra gloriosa corona sobre las sienes de otro Yo mismo, asegurándoos al mismo tiempo una constitución que concilie la santa y saludable autoridad del Soberano con las libertades y los privilegios del pueblo.
Españoles: acordaos de lo que han sido vuestros padres y mirad a lo que habéis llegado. No es vuestra culpa, sino del mal gobierno que os regía. Tened suma esperanza y confianza en las circunstancias actuales; pues Yo quiero que mi memoria llegue hasta vuestros últimos nietos, y que exclamen: Es el regenerador de nuestra patria.

El 4 de junio el mariscal Moncey salió de Madrid al frente de un ejército para tomar Valencia, el 5 de junio Bessieres envió al general Antoine Charles Louis de Lasalle desde Burgos para apaciguar Valladolid, y el 6 de junio Lefèbvre salió de Pamplona para tomar Zaragoza. En Andalucía también se habían producido sublevaciones. La flota francesa estaba retenida en Cádiz y el general Dupont había sido enviado desde Madrid para liberarla. Sin embargo, a su paso por la localidad castellana de Valdepeñas, los vecinos le impidieron entrar en la ciudad para aprovisionarse. Ante la imposibilidad de abrirse paso, el último recurso de los franceses fue ir incendiando la ciudad casa por casa, pero esto no amilanó a los lugareños, hasta que finalmente se llegó a un acuerdo: los franceses no atravesarían la ciudad y, en compensación, recibirían aprovisionamiento para un día. En la localidad vecina de Manzanares, al llegar la noticia del incendio de Valdepeñas, los vecinos decidieron asaltar un hospital francés. En Cataluña, unos 2.000 soldados españoles y milicianos derrotaron en Bruch a un ejército francés de unos 3.800 hombres que había salido de Barcelona.

Ese mismo día Napoleón nombró rey de España a su hermano, el actual rey José I de Nápoles. Éste se enteró de la decisión al llegar a Bayona el 7 de junio. Mientras tanto, a los franceses se les permitía entrar desarmados en Valdepeñas a recoger sus cadáveres y otro contingente saqueaba durante todo el día la ciudad de Manzanares.

El 8 de junio Dupont saqueó Córdoba y recibió la noticia de que la flota francesa de Cádiz se había rendido, así como que la Junta de Gobierno de Sevilla estaba organizando un ejército para hacerle frente.

Ese mismo día el rey Federico I de Würtemberg casó a su heredero Guillermo con Carolina Augusta, hija del rey Maximiliano I José de Baviera. El matrimonio fue una maniobra política para evitar unos planes matrimoniales alternativos que tenía pensados Napoleón. Después de la boda, Carolina le dijo a su marido: Somos víctimas de la política, y vivieron separados en el palacio, sin consumar nunca su matrimonio.

El 10 de junio José I de Nápoles aceptó convertirse en José I de España.

El mariscal Bessières decidió que la sublevación de Valladolid era prioritaria, pues podría romper las comunicaciones de Burgos con Francia, así que decidió ocuparse personalmente del asunto y ordenó a los generales Merle y Lassalle que se unieran a su ejército, cosa que hicieron en Dueñas el 11 de junio para entrar en Palencia. El 12 de junio se enfrentó al ejército de García de la Cuesta en Cabezón de Pisuerga, cerca de Valladolid. El ejército de reclutas españoles no tuvo nada que hacer en un combate abierto contra un ejército profesional que casi lo duplicaba en número. Tras la batalla, los franceses ocuparon Valladolid y poco después entraban en Santander.

García de la Cuesta se reunió con Joaquín Blake, militar español de origen irlandés que dirigía un ejército reclutado en Galicia. Entre ambos se propusieron reconquistar Valladolid y la atacaron el 14 de junio con más de 21.000 milicianos y mercenarios sin apenas experiencia. Por su parte, Bessières había reunido un ejército de 14.000 soldados regulares, con el que avanzó hacia el ejército español y lo encontró en Medina de Rioseco, donde obtuvo una victoria aplastante.

Ese mismo día un ejército francés volvió al Bruch, pero fue nuevamente derrotado. En su retirada saquearon el Bruch y otras localidades que encontraron a su paso. A raíz de este suceso se formó la leyenda del Niño del Tambor, según la cual un pequeño pastor puso en fuga a un ejército francés multiplicando con los ecos de las montañas el sonido de su tambor, hasta hacer creer al enemigo que estaba rodeado por todo un ejército emboscado.

El 15 de junio Lefèbvre atacó Zaragoza, pero se encontró con una inusitada resistencia por parte de la población. Palafox y sus principales colaboradores abandonaron la ciudad, decisión que ha dado mucho que hablar desde entonces.

El 19 de junio los suecos trataron de expulsar a los rusos de la ciudad de Turku, pero fueron rechazados por éstos en la batalla de Lemo.

El 21 de junio Alemdar Mustafá Pachá, un general otomano gobernador de una ciudad en Bulgaria, llegó a Estambul al frente de un ejército de 15.000 hombres dispuesto a restaurar al sultán Selim III.

El 23 de junio, tras haber reclutado algunos soldados, Palafox sostuvo una escaramuza contra los franceses en Épila.

El 24 de junio los suecos derrotaron a los rusos en la batalla de Nykarleby. Sin embargo, el 25 de junio el ejército ruso en retirada se encontró con otro ejército sueco en Vaasa y logró una victoria frente a él.

El 28 de junio Moncey estaba a las puertas de Valencia. Tras tres horas de bombardeo, se inició el ataque de la infantería. Tras varios intentos, al ponerse el sol los franceses tuvieron que retirarse ante la inminente llegada de un ejército español.

El 30 de junio estaba redactada la Constitución prometida por Napoleón a los españoles. Seguía las líneas generales de las constituciones otorgadas a otros Estados, aunque sorprende su artículo primero: La religión Católica, Apostólica y Romana, en España y en todas las posesiones españolas, será la religión del Rey y de la Nación y no se permitirá ninguna otra.

El 2 de julio Palafox regresaba a Zaragoza con algunos refuerzos. Llegó justo a tiempo, pues ese mismo día los franceses lanzaron un nuevo ataque contra la ciudad. Durante dicho ataque cobró fama una mujer llamada Agustina Zaragoza, más conocida como Agustina de Aragón. Los defensores de una de las puertas de la ciudad habían caído muertos o heridos por la artillería enemiga y los franceses se disponían a entrar en la ciudad por dicha puerta. Sin embargo, Agustina, que formaba parte de un grupo de mujeres que atendía a los heridos, logró disparar un cañón sobre los franceses que se acercaban y éstos, temiendo una emboscada, se retiraron, lo que dio tiempo a los zaragozanos a reforzar la posición. Ante este segundo fracaso, Lefèbvre replanteó su estrategia y se dispuso a asediar la ciudad.

El 7 de julio el rey José I de España juró la Constitución.

El 8 de julio Richard Trevithick presentó en Londres la primera locomotora dedicada al transporte de viajeros, a la que llamó Catch-me who can (atrápeme quien pueda). El vehículo se movía por una vía férrea circular rodeada de una empalizada y alcanzaba los 19 km/h. Sin embargo, Trevithick no logró atraer inversores para explotar comercialmente su invento, porque la vías férrea no resistía bien el peso de la locomotora y no tardó en quedar inutilizable.

El 11 de julio los franceses construyeron un puente sobre el río Ebro para rodear completamente la ciudad de Zaragoza. Una vez cruzado el río tomaron la pequeña parte de la ciudad situada en la otra orilla.

El 14 de julio los suecos derrotaron a los rusos en Lapua. Mientras tanto, un ejército español se proponía cruzar el Guadalquivir por Mengíbar, población ocupada por un ejército francés de 2.000 hombres. Los españoles pusieron en fuga a la caballería francesa. Los franceses tuvieron que evacuar Mengíbar, pero pidieron refuerzos. El 15 de julio atacaron los españoles dirigidos por el gobernador de Málaga, el suizo Teororo Reding, pero el ataque fue interrumpido ante la llegada de los refuerzos franceses. Éstos se retiraron a Bailén.

Mientras tanto el general Francisco Javier Castaños dirigía un ejército de 12.000 hombres con el que pretendía atacar a Dupont en Andújar. La noche del 18 de julio éste abandonó la población y se dirigió también hacia Bailén. En la madrugada del 19 de julio entabló combate con un destacamento español. A lo largo del día ambas partes fueron recibiendo refuerzos. Los españoles sumaron más de 27.000 hombres, entre soldados regulares y milicianos, mientras que los franceses eran algo más de 21.000. Al final del día los españoles obtuvieron una rotunda victoria. Más de 17.000 soldados franceses fueron capturados y, aunque en las capitulaciones se les garantizó el retorno a Francia, al final fueron deportados a la isla de Cabrera, en las Baleares, que fue toda ella una prisión mientras duró la guerra.

El 20 de julio el rey José I entraba en Madrid, y el 25 de julio fue proclamado rey en la capital española. Sin embargo, al recibir la noticia de la batalla de Bailén abandonó Madrid y se instaló en Burgos.

El sultán otomano Mustafá IV ordenó el asesinato de su tío Selim III, así como el del príncipe Mahmut, su hermano menor, para convertirse en el único miembro de la familia real y frustrar los planes de Mustafá Pachá. Selim fue asesinado la noche del 28 de julio, pero Mahmut se salvó gracias a que unos sirvientes lo escondieron.

En los últimos meses también se habían producido revueltas en Portugal. El 30 de julio el general Louis Henri Loison realizó una matanza de hombres mujeres y niños en la ciudad de Évora. Los británicos entraron en conversaciones con la resistencia portuguesa y convinieron en enviar un ejército de apoyo.

El 1 de agosto Napoleón nombró rey de Nápoles a su cuñado Joachim Murat, ahora Joaquín I de Nápoles.

El 4 de agosto los franceses iniciaron un nuevo ataque contra Zaragoza, precedido por un intenso bombardeo de tres días. Los franceses lograron entrar en la ciudad y la saquearon, pero al final fueron repelidos de nuevo. Una salida de Palafox logró traer refuerzos y víveres.

El 5 de agosto sir Arthur Wellesley desembarcó en la bahía de Vagos, en Portugal, en la desembocadura del río Mondego, y se puso al mando de las tropas británicas en Portugal. Llegó a reunir unos 14.000 soldados británicos a los que se unieron más de un millar de portugueses.

El 8 de agosto los asediados en zaragoza hicieron una salida y rompieron el cerco.

El 10 de agosto los suecos derrotaron nuevamente a los rusos en Kauhajoki.

En la noche del 13 de agosto los franceses abandonaron el asedio de Zaragoza y fueron perseguidos hasta Navarra.

El 17 de agosto los suecos derrotaron a los rusos en la batalla de Alavus.

Ese mismo día el ejército de Wellesley encontró en Roliça a un ejército francés cuatro veces inferior en número, y al que derrotó atacándolo por ambos flancos.

El 21 de agosto, en Buenos Aires, el virrey Santiago de Liniers instó a jurar lealtad al rey Fernando VII y rechazó una embajada enviada por José I.

Mientras tanto el ejército de Wellesley era atacado por el del general Junot cerca de Vimeiro. Esta vez los franceses contaban con 14.000 hombres, pero los británicos habían recibido nuevos refuerzos y su número superaba los 20.000. Wellesley obtuvo una nueva victoria y, además, pudo cortar la retirada al enemigo, con lo que todo el ejército francés quedó a su merced y Junot se vio obligado a firmar una capitulación. No obstante, el 22 de agosto Wellesley fue depuesto del mando en favor de sir Harry Burrand, que a su vez, al día siguiente fue sucedido por sir Hew Dairymple, el gobernador de Gibraltar. Los tres negociaron la rendición de los franceses, que fue concluida el 30 de agosto, y se conoce como el convenio de Sintra. Sin embargo, Wellesley se negó a firmarla por considerarla excesivamente generosa. En efecto, los franceses fueron devueltos a Francia por mar junto con su equipamiento y bienes, obtenidos principalmente del pillaje de ciudades portuguesas.

Rusia envió refuerzos a Finlandia y llegó a reunir 55.000 hombres. Gracias a su superioridad numérica empezó a obtener victorias sucesivas sobre los suecos: el 1 de septiembre en Kuortane, y el 2 de septiembre en Salmi.

La familia real portuguesa seguía en Brasil. El príncipe heredero, Juan, estaba casado con Carlota Joaquina de Borbón, hermana de Fernando VII, y el 11 de septiembre diversas autoridades del virreinato del río de la Plata, entre ellas el virrey Liniers y el gobernador de Montevideo, Francisco Javier de Elío, recibieron una carta firmada por Carlota en la que argumentaba que el legítimo rey de España era su padre, Carlos IV y que, dado que tanto él como su heredero Fernando estaban retenidos en Francia, le correspondía a ella, Carlota, ejercer la regencia en España, y que por ello había pedido la protección de su marido, Juan, para conservar los derechos de su familia en la América Española. El virrey contestó inmediatamente que el rey legítimo de España era Fernando VII, no Carlos IV, y que su autoridad ya estaba representada por la Junta de Sevilla (la única de las juntas provinciales que se comunicaba con las colonias americanas). No obstante, la opinión pública se dividió en dos sectores, los carlotistas, entre los que se encontraban Manuel Belgrano, que aspiraban a pactar con Carlota una monarquía constitucional, y los juntistas, como Juan José Castelli o Martín de Álzaga, que aspiraban a expulsar al virrey y constituir una Junta de Gobierno similar a las que había en España. Los recelos sobre quién era el representante legítimo del rey aumentaron cuando el gobernador Elío cuestionó la legitimidad del virrey Liniers, debido a su origen francés, que lo hacía sospechoso de colaborar con José I.

El 13 de septiembre los suecos derrotaron a los rusos en la batalla de Jutas. Sin embargo el 14 de septiembre el grueso del ejército ruso derrotó al danés en la sangrienta batalla de Oravais.

El 20 de septiembre Castelli escribió una carta a la infanta Carlota ofreciéndole su apoyo para instaurar una monarquía constitucional en el virreinato del Río de la Plata, pero Carlota rechazó la oferta, pues ella aspiraba a una monarquía absoluta.

El 21 de septiembre se constituyó en Montevideo una Junta similar a las que se habían constituido en España, bajo la presidencia del gobernador Elío, que no reconocía la autoridad del virrey Liniers.

El 22 de septiembre, tras haber pasado por Burgos y Miranda de Ebro, el rey José I de España fijó su cuartel general en Vitoria.

El 25 de septiembre las juntas provinciales enviaron representantes a Aranjuez donde formaron una Junta Suprema Central de 35 miembros que se arrogó el poder del Estado en ausencia del rey Fernando VII. Como presidente fue elegido el conde de Floridablanca. Entre los representantes de Asturias estaba Jovellanos, que había rechazado un ministerio en el gobierno de José I.

El 27 de septiembre, Napoleón se reunió nuevamente en Erfurt con el zar Alejandro I, con el fin de reforzar la alianza que ambos habían acordado en Tilsit y tener así las manos libres para intervenir en España. La reunión se convirtió en un gran congreso al que acudieron numerosas personalidades europeas.

El 4 de octubre, el rey Joaquín I de Nápoles envió un ejército a tomar la isla de Capri, que estaba en poder del rey Fernando I de las Dos Sicilias.

El 14 de octubre concluyó el congreso de Erfurt. Se firmó un acuerdo de catorce puntos en el que se invitaba a Gran Bretaña a abandonar la guerra contra Francia y se reconocía la soberanía rusa sobre Finlandia.

El 17 de octubre la isla de Capri se rindió ante el rey de Nápoles.

El 26 de octubre estalló una revuelta de los hispanohablantes de la parte occidental de Haití, que querían que la isla volviera a la soberanía española. Estaban dirigidos por Juan Sánchez Ramírez. El 29 de octubre los rebeldes recibieron refuerzos españoles desde Puerto Rico.

El 31 de octubre el general Lefèbvre condujo un ejército francés contra el ejército de Blake. El encuentro tuvo lugar en Durango, y el resultado fue que, a causa de algunos errores tácticos del francés, Blake pudo escapar con su ejército relativamente indemne.

El 3 de noviembre Juan Sánchez Ramírez distribuyó armas entre sus seguidores y trató de organizarlos militarmente.

El 5 de noviembre Blake tendió una emboscada en Valmaseda a un ejército francés dirigido por Claude-Victor Perrin. De los 13.000 hombres que lo integraban, 300 resultaron muertos y otros tantos fueron hechos prisioneros.

David presentó en Paris su monumental pintura La consagración de Napoleón. El emperador lo instó a introducir ciertos cambios en la obra: uno fue incluir a su madre, que no había asistido a la ceremonia, y otro poner al Papa en actitud de darle su bendición, pues David lo había pintado en actitud pasiva. Napoleón le dijo: No lo hice venir de tan lejos para que no hiciera nada.

El 7 de noviembre Juan Sánchez Ramírez se enfrentó a los franceses en la batalla de Palo Hincado. La arenga que dirigió a sus hombres antes del combate terminó con las palabras: Pena de la vida al que volviere la cara atrás, pena de la vida al tambor que tocare retirada, y pena de la vida al oficial que lo mandare aunque sea yo mismo. Tras lo cual gritó ¡Viva Fernando VII! El resultado fue una victoria decisiva que devolvió a España la soberanía sobre la mitad occidental de La Española, que recuperó el nombre de Santo Domingo, mientras que el nombre de Haití se restringió a la mitad oriental.

Dado que sus generales no lograban controlar la situación en España Napoleón decidió ocuparse personalmente de la campaña. Tras una estancia en Vitoria, en la corte de su hermano, marchó con él hacia Madrid. El 10 de noviembre, cuando se acercaba a Burgos, el ejército francés se encontró con la vanguardia de un ejército español que provenía de Extremadura con intención de ocupar la ciudad. Los franceses atacaron y los españoles tuvieron que replegarse hacia Gamoral. Allí acudió el resto del ejército español, pero Napoleón no tuvo dificultad en obtener una victoria, tras la cual instaló en Burgos su cuartel general.

El general Victor quería recuperarse de la humillación sufrida en Valmaseda, y ese mismo día atacó a Blake en Espinosa. Los españoles resistieron durante todo el día, pero Perrin reanudó el ataque el 11 de noviembre y se hizo con la victoria. Los españoles perdieron 3.000 hombres y 30 cañones.

El 12 de noviembre Napoleón concedió el perdón y la amnistía general a todos los españoles que, en el plazo de un mes a partir de su entrada en Madrid, depusieran las armas y renunciaran a toda alianza con los británicos. Después marchó hacia Madrid dejando a José I en Burgos. El nuevo rey trató de apoyarse en los ilustrados españoles, aunque consiguió menos partidarios de los que hubiera necesitado. Los que consideraron que un gobierno ilustrado bajo tutela francesa era preferible al absolutismo de Fernando VII fueron conocidos como afrancesados y se encontraron con el desprecio de sus compatriotas. El mismo monarca fue objeto de toda clase de burlas, y fue conocido como Pepe Botella, en alusión a un presunto alcoholismo sin fundamento alguno. Entre las medidas más notables que adoptó José I se encuentra la abolición de la Santa Inquisición.

El 15 de noviembre Mustafá Pachá depuso al sultán otomano Mustafá IV y dio el trono a su hermano Mahmut II, que esa misma noche ordenó la ejecución de su predecesor. Sin embargo, ese mismo día un millar de jenízaros rodearon la casa de Mustafá Pachá y lo asesinaron.

El 18 de noviembre Napoleón puso al mariscal Lannes al frente de un ejército de 30.000 infantes y 5.000 jinetes para que acabara con el ejército del general Castaños.

Por esas fechas el ejército ruso controlaba ya toda Finlandia. El 19 de noviembre se firmó la convención de Olkijoki, por la que el Suecia se comprometía a evacuar su ejército de Finlandia.

El general Castaños se encontraba en Tudela, Navarra, y, al enterarse del avance francés, pidió a Palafox que le enviara refuerzos desde Aragón y empezó a parapetar a sus hombres en una línea que seguía el río Quelles, un afluente del Ebro. Las tropas aragonesas se dispusieron junto a la orilla del Ebro opuesta a donde se encontraba Castaños. Palafox consideraba que los planes de Castaños eran suicidas, y que era mejor que fuera éste quien cruzara el Ebro. Castaños insistió en la urgencia de recibir refuerzos y, finalmente, Palafox se reunió con él en Tudela el 21 de noviembre. El 22 de noviembre se celebró un consejo de guerra en el que los generales españoles no pudieron ponerse de acuerdo. Palafox insistía en que era mejor retirarse a Zaragoza y defender Aragón, a lo que Castaños replicó furioso: ¡España, hay que defender a España! A medianoche llegó la noticia de que los franceses estaban al caer. Castaños llamó cobarde a Palafox y se intercambiaron toda clase de insultos. Finalmente Palafox accedió a dar la orden para que sus tropas cruzaran el Ebro. La discusión sobre si presentaban batalla o se retiraban continuó hasta que la interrumpieron los cañones enemigos. Ya no había elección. Lannes no tardó en hacerse cargo de la falta de coordinación y de previsión del ejército español, y supo aprovecharla. Con mínimas bajas logró una victoria que dejó 4.000 muertos y 3.000 prisioneros en el bando contrario.

El 30 de noviembre un ejército de unos 9.000 hombres bajo el mando del general Benito de San Juan trató de cortar el paso a Napoleón en el puerto de montaña de Somosierra, pero el emperador logró dispersarlos con una carga de caballería para proseguir su camino y el 4 de diciembre entró finalmente en Madrid.

El presidente Thomas Jefferson decidió que no se presentaría a un tercer mandato. El hecho de que Whasington en su día hubiera hecho lo mismo empezó a sentar la tradición de que ningún presidente de los Estados Unidos se propusiera como candidato a una tercera reelección, si bien esto no lo exigía la Constitución. Los republicanos demócratas eleigieron como candidato a James Madison, mientras que Clinton fue propuesto de nuevo para la vicepresidencia. Los federalistas propusieron a los mismos candidatos que en las elecciones precedentes: Pinkney y King. Las elecciones se celebraron el 7 de diciembre y los republicanos demócratas obtuvieron una nueva victoria, aunque por un margen más estrecho, con lo que James Madison se convirtió en el cuarto presidente de los Estados Unidos.

Prusia no estaba en condiciones de pagar a Francia las compensaciones estipuladas en Tilsit, y esto sirvió de excusa para que los ejércitos franceses permanecieran en su territorio. Unos meses atrás, espías franceses habían interceptado una carta del barón Heinrich Friedrich Karl vom und zum Stein, el principal ministro del rey Federico Guillermo III de Prusia, en la que afirmaba que en breve Prusia estaría lista para un levantamiento contra la ocupación francesa similar al que se estaba produciendo en España. Tras haber empleado distintos modos de presión hacia él mismo y hacia el rey, el 16 de diciembre Napoleón declaró abiertamente que Stein era enemigo de Francia y de la Confederación del Rin, y decretó el embargo de todas sus propiedades. Pese a ello, Prusia seguía introduciendo reformas y mejoras, tanto sociales como militares. El propio Stein era el responsable de una ley que daba un plazo de tres años para la abolición de la servidumbre en Prusia.

Ese mismo día abrió sus sesiones en Sevilla la Junta Suprema, que había tenido que dejar Aranjuez tras la entrada de Napoleón en Madrid.

Un ejército briánico había desembarcado en España bajo el mando de sir John Moore. La noche del 20 de diciembre un destacamento británico avanzó hacia Sahagún, ocupada por los franceses, pero fue detectada a tiempo y los franceses huyeron. El 21 de diciembre se produjo un choque entre las caballerías británica y francesa que terminó con un descalabro de la compañía francesa. Sin embargo, Moore recibió noticias de la proximidad de un gran ejército francés y tuvo que emprender una penosa huida hacia Galicia. Ese mismo día los franceses pusieron a Zaragoza nuevamente bajo asedio. Esta vez estaba al frente el mariscal Lannes, con 35.000 infantes y 2.000 jinetes. El 22 de diciembre volvieron a construir un puente sobre el Ebro (el que habían construido durante el asedio anterior lo habían destruido al retirarse).

El rey Pomare II de Tahití se vio obligado a refugiarse en la isla de Moorea tras un ataque del gobernante de la isla de Huahine.

Ese mismo día se celebró en Viena un concierto benéfico dirigido por Beethoven y cuyo programa consistió en nueve obras inéditas del compositor. Se trataba de un concierto de despedida, pues Beethoven había recibido una oferta del rey Jerónimo de Westfalia, hermano de Napoleón, para trasladarse a su corte. En el programa destacaban las sinfonías quinta y sexta (la sinfonía pastoral), que, aunque fueron acogidas con frialdad, con el tiempo se convertirían en dos hitos de la música sinfónica. Al parecer, Beethoven había planeado terminar su sinfonía pastoral con un coro que cantara un himno de acción de gracias, pero al final desestimó la revolucionaria idea de introducir un coro en una sinfonía y dejó el himno a la orquesta sola.

Ese año Beethoven había preparado una nueva versión de su ópera Fidelio para su estreno en Praga. Era ya la tercera versión y, en cada una de ellas había modificado la obertura. Las tres variantes de la obertura compuestas hasta entonces son las que hoy se conocen como oberturas de Leonora (el nombre de la protagonista de la ópera, que adopta el falso nombre de Fidelio), aunque al parecer su numeración habitual no coincide con la cronológica: La obertura del estreno fue la conocida como Leonora II, a la que siguió Leonora III y ahora Leonora I.

El 25 de diciembre, en medio de una tormenta de nieve, un ejército español bajo el mando del general Francisco Javier Venegas se enfrentó en Tarancón a un ejército francés al que hizo retroceder hasta Ocaña. Entonces intervino el mariscal Victor, que obligó a Venegas a retroceder hasta Uclés.

El convenio de Sintra decepcionó al gobierno británico y Wellesley, Burrand y Dairymple fueron juzgados por un consejo de guerra que dictó sentencia el 27 de diciembre. Los tres generales fueron absueltos, pero sólo se permitió a Wellesley retomar el mando de tropas. Más tarde, el presidente de la comisión declararía que Dairymple era "un viejo senil, con diferencia el más incapaz de todos los hombres que he visto al mando de un ejército. Todo su comportamiento anterior y posterior demostró que no era más que un insensato".

El 30 de diciembre murió el conde de Floridablanca, a los setenta años de edad.

Diversos países europeos habían tratado en vano de entablar relaciones comerciales con Japón. Ese año una fragata británica llegó al puerto de Nagasaki y pidió agua y suministros. Ante la negativa, amenazó con cañonear los barcos japoneses y chinos que había en el puerto. El oficial al mando pidió refuerzos pero, como éstos se retrasaban, terminó cediendo a las amenazas. Después se hizo el harakiri.

Legendre publicó la segunda edición de su Teoría de Números, en la que incluye la demostración de Gauss de la ley de reciprocidad cuadrática que él había presentado inicialmente con una prueba incompleta. La nueva edición contenía también una conjetura sobre el valor aproximado del número de primos menores que un número dado, conjetura que Gauss afirmó más tarde conocer ya desde hacía tiempo, si bien la primera referencia conocida es la de Legendre.

John Dalton publicó su Nuevo sistema de filosofía química, en el que exponía su teoría atómica. En ella presentó la primera tabla de pesos atómicos, que contenía seis elementos: hidrógeno, oxígeno, nitrógeno, carbono, azufre y fósforo. Daltón desarrolló su propia notación simbólica para representar visualmente la estructura atómica de las sustancias compuestas.

Thomas Young realizó importantes contribuciones a la anatomía en sus lecciones sobre las Funciones del corazón y las arterias.

El británico Davy y el francés Gay-Lussac, mientras trabajaban sobre la obtención de potasio y sodio, obtuvieron boro con un 50% de pureza, aunque no identificaron la sustancia como un elemento químico. El magnesio ya había sido descubierto por el químico Joseph Black, pero Davy lo obtuvo ese año en estado puro por primera vez por electrólisis de una mezcla de la magnesia y óxido de mercurio. Luego Davy descubrió el calcio por electrólisis de un amalgama de mercurio y cal. Similarmente, el químico Carl Scheele había estudiado unas piedras que, tras ser expuestas a la luz, conservaban el brillo durante años, y había apuntado que debían de contener un elemento químico desconocido. Lavoisier estudió la sustancia que tenía esta propiedad y la llamó barita, pero fue Davy el primero en extraer de ella el bario, y reconocer en él un nuevo elemento químico. Similarmente, era conocido un mineral llamado estroncianita, porque había sido descubierto en las minas de plomo de Strontian (en Escocia) del que se sabía que debía contener un nuevo elemento químico, y nuevamente fue Davy el primero en extraer de ella el estroncio.

Goethe publicó la primera parte de su Fausto.

El escultor Antonio Canova causó revuelo en Paris cuando presentó su Venus victrix, para la que había tomado como modelo a Paulina Bonaparte, la hermana de Napoleón, que aparecía con el pecho desnudo.

El 1 de enero de 1809 Martín de Álzaga llevó a cabo un intento de destituir a Santiago de Liniers de su cargo de virrey del Río de la Plata. Sin embargo, Liniers contó con el apoyo de las milicias criollas, que dispersaron a los sublevados. Los organizadores de la revuelta fueron desterrados, aunque terminaron acogidos por Francisco Javier de Elío, el gobernador de Montevideo.

Puesto que Francia apoyaba ahora a Rusia contra el Imperio Otomano, el 5 de enero el sultán Mahmut II firmó con Gran Bretaña el tratado de los Dardanelos, por el que los británicos ofrecían ayuda a los turcos contra los franceses a cambio de algunos privilegios comerciales.

Ese mismo día, temiendo por su seguridad, el baron vom Stein huyó de Berlin hasta alcanzar la frontera con Bohemia.

El 12 de enero el general Venegas había reunido en Uclés un ejército de unos 17.000 hombres con los que se dispuso a enfrentarse nuevamente a los franceses. El 13 de enero entabló combate contra el ejército del mariscal Victor, pero fue arrollado y tuvo que huir con apenas 3.000 hombres, perseguido por Victor. Los franceses saquearon brutalmente Uclés.

El 15 de enero los franceses tomaban el último de los fortines exteriores a la muralla de Zaragoza, pero los zaragozanos resistían obligando a los franceses a volar las casas una a una, por lo que su avance era muy lento. Lannes escribió lo siguiente en una carta a Napoleón:

Jamás he visto encarnizamiento igual al que muestran nuestros enemigos en la defensa de esta plaza. Las mujeres se dejan matar delante de la brecha. Es preciso organizar un asalto por cada casa. El sitio de Zaragoza no se parece en nada a nuestras anteriores guerras. Es una guerra que horroriza. La ciudad arde en estos momentos por cuatro puntos distintos, y llueven sobre ella las bombas a centenares, pero nada basta para intimidar a sus defensores ... ¡Qué guerra! ¡Qué hombres! Un asedio en cada calle, una mina bajo cada casa. ¡Verse obligado a matar a tantos valientes, o mejor a tantos furiosos! Esto es terrible. La victoria da pena.

El 16 de enero el ejército británico de John Moore se enfrentó en La Coruña a un ejército francés bajo las órdenes del mariscal Nicolas Jean-de-Dieu Soult. Moore murió alcanzado por una bala de cañón. Los británicos huyeron a sus barcos, por lo que los franceses consiguieron la victoria, aunque sus pérdidas habían sido más numerosas que las británicas.

Mientras se encontraba en Astorga, Napoleón recibió noticias de que Austria se estaba rearmando, así como que se había descubierto una conspiración contra él en París. Por ello, el 19 de enero cruzó la frontera francesa dejando al mariscal Soult al mando de las operaciones militares en España. Parece ser que una sociedad masónica de republicanos opuestos a la dictadura napoleónica había estado conspirando contra el emperador, pero una delación permitió detener a 56 personas, entre ellas Claude François de Malet, a quien, dos años atrás, el virrey de Italia, a la sazón Eugène de Beauharnais, el hijastro de Napoleón, ya lo había hecho arrestar cuando Malet era gobernador de Roma por hacer propaganda republicana. Apenas fue puesto en libertad empezó a fraguar la conspiración. Napoleón ordenó que fuera encarcelado de nuevo.

El 26 de enero un ejército francés entró en Alcañiz, aplastando la resistencia de sus 4.000 habitantes, que habían organizado un ejército de milicianos.

El 11 de febrero Robert Fulton patentó su diseño de barco de vapor y construyó muchos otros que resultaron económicamente rentables.

El 21 de febrero capituló Zaragoza. La ciudad estaba totalmente destruida y se calcula que, de los 55.000 habitantes que tenía antes de los asedios franceses, sobrevivieron unos 12.000.

Dos escuadras británicas estaban bloqueando los puertos de Lorient e Île d'Aix, en la costa atlántica francesa, cuando el 23 de febrero acudió una flota francesa para poner fin al bloqueo. Ambas flotas se encontraron en Les Sables d'Olone y, tras un intenso bombardeo, los barcos británicos se marcharon dejando a los barcos franceses inutilizados.

El 25 de febrero un ejército francés derrotó en Valls al ejército español del general Reding, que murió en el combate.

El 29 de febrero un ejército francés se propuso tomar el castillo de Montjuïc, en Barcelona, defendido por el general Mariano Álvarez de Castro. Pese a sus reticencias a entregar el fuerte, recibió órdenes de hacerlo del capitán general de Cataluña. Álvarez de Castro cumplió las órdenes, pero inmediatamente dejó su cargo para unirse a los rebeldes españoles. Pronto le fue asignado el mando del ejército español en Cataluña y se le nombró gobernador de Gerona.

El 1 de marzo Beethoven recibió un documento firmado por varios de sus mecenas que le garantizaban una sustanciosa renta a condición de que fijara su residencia en Viena o en cualquier otra ciudad del Imperio Austríaco, así que finalmente rechazó la oferta del rey de Westfalia y permaneció en Viena.

La Ley de Prohibición dictada por el presidente Jefferson estaba perjudicando seriamente la economía de los Estados Unidos, y daba cada vez más popularidad a los Federalistas. Por ello, tres días antes de abandonar el cargo, decidió atenuarla para facilitarle las cosas a su sucesor. Mantuvo la prohibición de comerciar con Gran Bretaña y Francia, pero se permitió el comercio con cualquier otro país. El 4 de marzo tomó posesión de su cargo el presidente James Madison, que inició las gestiones para llegar a un acuerdo diplomático con Gran Bretaña.

El 12 de marzo Gran Bretaña firmó un tratado con Persia por el que ésta se comprometía a expulsar a los franceses de su territorio.

El 13 de marzo el ejército ruso se lanzó a cruzar a pie el mar Báltico helado para alcanzar desde Finlandia la costa Sueca. La invasión rusa de Finlandia había hecho cundir el descontento de los suecos hacia su rey, hasta el punto de que, ese mismo día, Gustavo IV Adolfo y su familia fueron arrestados en el castillo de Estocolmo por órdenes del general Carl Johan Adlercreutz. El mariscal Bernadotte tenía órdenes de Napoleón de atacar a Suecia, pero al enterarse del derrocamiento del monarca sueco, suspendió las operaciones a la espera de un cambio de actitud de Suecia respecto a Francia, ya que la hostilidad que había mostrado hasta entonces era atribuible principalmente a la animadversión personal del rey. Esta decisión le granjeó el respeto de los suecos, pero disgustó a Napoleón, que ya tenía de antemano una pobre impresión de su capacidad como general: había permanecido inactivo en Austerlitz y en Auerstaed, y había llegado tarde a Eylau.

El 17 de marzo los rusos ocupaban las islas Aland, situadas en el Báltico, entre las costas sueca y finesa.

El 19 de marzo los rusos alcanzaron la costa sueca a 70 kilómetros de Estocolmo. Entonces los suecos pidieron una tregua y los rusos se retiraron de nuevo a las islas Aland.

El mariscal Soult inició una segunda invasión a Portugal. El 20 de marzo derrotó a un ejército portugués en Braga. Se calcula que los portugueses tuvieron unos 4.000 muertos, frente a unos 40 por parte francesa.

Otros dos ejércitos rusos habían entrado en Suecia hasta rodear el ejército sueco, que capituló el 25 de marzo.

El 28 de marzo el ejército del mariscal Claude-Victor Perrin derrotó en Medellín a un ejército español dirigido por el general Gregorio García de la Cuesta. Aunque ambos generales desplegaron sus fuerzas de forma poco habitual, García de la Cuesta cometió muchas imprudencias y errores, mientras que Victor demostró una gran habilidad. El resultado fue una aplastante victoria francesa. Las bajas españolas ascendieron a 8.000 muertos y heridos, mientras que 2.000 hombres fueron hechos prisioneros.  Además, esta victoria abrió a los franceses la conquista del sur de España.

Mientras tanto, Soult obtenía una nueva victoria en Portugal, esta vez en Porto, contra un ejército que le duplicaba en número.

El 29 de marzo el rey Gustavo IV Adolfo de Suecia, en arresto domiciliario, abdicó en su hijo Gustavo, de 10 años.

El 31 de marzo el zar Alejandro I se puso al frente de las operaciones en Finlandia y, aunque no anuló la tregua, destituyó del mando al general que la había firmado y ordenó reiniciar las hostilidades.

Viendo que Napoleón tenía cada vez más dificultades en España, el emperador Francisco I de Austria constituyó con Gran Bretaña una quinta coalición y el 6 de abril declaró la guerra al reino de Italia. El virrey de Italia, Eugène de Beauharnais, replegó sus tropas tras el río Tagliamento, y después sobre el Livenza. El 10 de abril unos 140.000 austríacos invadieron el reino de Baviera.

En la noche del 11 de abril los británicos lanzaron un ataque contra una flota francesa en Île d'Aix enviando contra ella una treintena de viejos barcos ardiendo. Los franceses habían observado los preparativos y habían tenido tiempo de tomar algunas medidas, entre ellas la construcción de una larga empalizada que detuviera los barcos no tripulados. No obstante, la operación fue un éxito, y al día siguiente sólo quedaban dos barcos franceses, que fueron objeto de un segundo ataque.

Por otro lado, los británicos invadieron las islas jónicas y expulsaron de ellas a los franceses, excepto de Corfú, donde el general François-Xavier Donzelot se había hecho fuerte. La república Septinsular fue rebautizada como República de las Islas Jónicas.

El 15 de abril Beauharnais, en contra del consejo de su estado mayor, ordena defender Sacile, de modo que unos 36.000 soldados franco-italianos se enfrentaron a un ejército de unos 40.000 austríacos. Aunque ambos bandos actuaron torpemente, el resultado final fue una victoria austríaca.

Mientras tanto, en España, la Junta Suprema Central sacó adelante una propuesta de convocatoria de Cortes para la elaboración de una constitución.

El 19 de abril los franceses derrotaron a los austríacos en la batalla de Teugn-Hausen, en Baviera, mientras Józef Antoni Poniatowski, el ministro de la guerra del Gran Ducado de Varsovia, derrotaba en Raszyn a otro ejército austríaco que lo duplicaba en número.

El 20 de abril Napoleón en persona se puso al frente de un ejército coaligado de Francia, Baviera y Würtemberg y derrotó en Abensberg al ejército austríaco, que huyó perseguido por los franceses bajo las órdenes del mariscal Lannes. El 21 de abril se vieron forzados a combatir de nuevo y resistieron hasta que llegó Napoleón, momento en el cual no vieron mejor opción que rendirse. Los franceses hicieron más de seis mil prisioneros. El 22 de abril Napoleón obtuvo una nueva victoria ante los austríacos en Eckmühl.  El 23 de abril Napoleón derrotó nuevamente a los austríacos en Ratisbona. En la batalla resultó herido de bala en un talón. No fue nada grave, pero fue la única herida que sufrió en una batalla. Los austríacos tuvieron que retirarse hasta Bohemia, dejando abierto a los franceses el camino hacia Viena.

Arthur Wellesley volvió a Portugal al frente de un ejército británico de 20.000 hombres.

El ejército francés penetró en Austria y el 3 de mayo 22.000 franceses bajo el mando de André Masséna derrotaron en Ebersberg a un ejército de 40.000 austríacos.

Ese mismo día, el derrocado rey afgano Mahmud Sha derrocó a su vez a su hermano Shuja Sha, que marchó exiliado a la India.

El 6 de mayo un ejército francés se dispuso a asediar Gerona, y Álvarez de Castro se dispuso a defenderla.

En Italia, el 7 de mayo Beauharnais derrotó a los austríacos en la batalla de la Piave.

El 10 de mayo el parlamento sueco, controlado por militares, decidió que no sólo el rey Gustavo IV Adolfo había perdido el derecho a la corona, sino también su familia, con lo que el príncipe Gustavo no fue reconocido como nuevo monarca.

El 13 de mayo Napoleón entró en Viena. El bombardeo que precedió a su entrada aterrorizó a Beethoven, que, temiendo que el estruendo de los cañones agravara su sordera, se escondió en el sótano de la casa de su hermano tapándose los oídos con almohadas. El 17 de mayo Napoleón emitió dos decretos por los que censuraba a los papas por el uso perverso que habían hecho de la donación de Carlomagno (su augusto predecesor) y declaraba que los territorios que estaban bajo jurisdicción papal se anexionaban al Imperio Francés.

Tras su entrada en Viena, Napoleón había exigido la rendición al emperador Francisco I. Sin embargo, el ejército austríaco se había replegado tras el Danubio de forma organizada y todavía estaba en condiciones de presentar batalla, así que Francisco I rehusó la paz. Napoleón se dispuso a cruzar el Danubio, y eligió hacerlo la noche del 19 de mayo pasando por la isla de Lobau. El plan de los austríacos era atacar a los franceses cuando sólo una parte de su ejército hubiera cruzado el río, pero Napoleón había previsto esta idea y la tuvo presente en su estrategia. El 20 de mayo controlaba la isla y se disponía a tender puentes para cruzar hasta la otra orilla del río, ante la atenta mirada de los austríacos.

Mientras tanto un ejército español llegaba a Alcañiz bajo el mando del general Joaquín Blake con el propósito de retomar Zaragoza. Los franceses huyeron de Alcañiz sin presentar batalla.

Los otomanos consiguieron una victoria sobre un ejército servio dirigido por Stevan Sindelic en la batalla del monte Cegar, aunque no fue nada para sentirse orgulloso, porque los servios contaban con menos de 3.000 hombres y los turcos eran cerca de 10.000. Los turcos erigieron una torre en Nis con los cráneos de los soldados servios muertos durante la batalla, con el de Sindelic en lo más alto. La llamaron La torre de los cráneos.

El 21 de mayo unos 95.800 austríacos atacaron a los franceses cuando apenas 27.000 de ellos habían cruzado el Danubio y estaban en condiciones de combatir. Los franceses resistieron pese a su inferioridad numérica al tiempo que aseguraban que la retaguardia seguía cruzando el río. El 22 de mayo unos 66.000 franceses estaban dispuestos para el combate. Sin embargo, los austríacos supieron sacar partido de su ventaja y cortaron los puentes sobre el Danubio mediante barcazas pesadas soltadas a la deriva. En ese momento Napoleón suspendió el ataque y empezó a organizar la retirada. Reunió sus ejércitos en la isla de Lobau a la espera de refuerzos. Fue la primera derrota importante que sufría el emperador de los franceses.

En España, un ejército francés llegó a Alcañiz proveniente de Zaragoza y el 23 de mayo se libró la batalla de Alcañiz, que duró siete horas, hasta la una de la tarde. Desde ese momento, ambos bandos mantuvieron sus posiciones hasta que los franceses se retiraron en silencio durante la noche.