Grupos de genes
Guillermo Ayala Gallego
3/16/23
GSEABase::GeneSet
- La opción más simple sería definirnos nuestro propio conjunto de genes.
- Supongamos que queremos construir un conjunto de genes formado por aquellos que ocupan las filas de la 345 a la 405.
…
- Los identificadores son
[1] "1552739_s_at" "1552740_at" "1552742_at" "1552743_at" "1552745_at"
[6] "1552747_a_at"- Podemos tener más información con
setName: Burjasot
geneIds: 1552739_s_at, 1552740_at, ..., 1552822_at (total: 61)
geneIdType: Annotation (hgu133plus2)
collectionType: ExpressionSet
setIdentifier: debian:38351:Thu Mar 16 14:02:37 2023:1
description:
organism: Homo sapiens
pubMedIds:
urls:
contributor:
setVersion: 0.0.1
creationDate: - ¿Y la correspondencia con otros identificadores?
GSEABase::GeneSetCollection()
- Definimos una colección de grupos definida utilizando GO.
- El conjunto con identificador GO “GO:0000122” es
setName: GO:0000122
geneIds: 1316_at, 1552338_at, ..., AFFX-HUMISGF3A/M97935_MB_at (total: 2280)
geneIdType: Annotation (hgu133plus2)
collectionType: GO
ids: GO:0000122 (1 total)
evidenceCode: EXP IDA IPI IMP IGI IEP HTP HDA HMP HGI HEP ISS ISO ISA ISM IGC IBA IBD IKR IRD RCA TAS NAS IC ND IEA
ontology: CC MF BP
details: use 'details(object)'…
- Podemos convertir estos mismos conjuntos a identificadores ENTREZ.
- Por ejemplo
setName: GO:0000122
geneIds: 7067, 145258, ..., 148979 (total: 859)
geneIdType: EntrezId (hgu133plus2)
collectionType: GO
ids: GO:0000122 (1 total)
evidenceCode: EXP IDA IPI IMP IGI IEP HTP HDA HMP HGI HEP ISS ISO ISA ISM IGC IBA IBD IKR IRD RCA TAS NAS IC ND IEA
ontology: CC MF BP
details: use 'details(object)'- Los identificadores son
…
- ¿Cuántos elementos tiene cada uno de los conjuntos que hemos construido?
GO:0000002 GO:0000003 GO:0000012 GO:0000017 GO:0000018 GO:0000019
11 3 10 2 6 2 - Podemos quedarnos con los dos grupos que tengan un cardinal mínimo, por ejemplo, por encima de 10.
EnrichmentBrowser::get.kegg.genesets()
- Podemos bajarnos todos las rutas de KEGG para un organismo dado.
- Para humanos.
¿Qué tenemos?
Podemos ver sus nombres.
[1] "hsa01100_Metabolic_pathways"
[2] "hsa01200_Carbon_metabolism"
[3] "hsa01210_2-Oxocarboxylic_acid_metabolism"
[4] "hsa01212_Fatty_acid_metabolism"
[5] "hsa01230_Biosynthesis_of_amino_acids"
[6] "hsa01232_Nucleotide_metabolism" Y los genes que componen uno determinado con su código ENTREZ.
o bien con
EnrichmentBrowser::get.go.genesets
Vamos a trabajar con la Drosophila Melanogaster y con los grupos definidos por procesos biológicos en Gene Ontology.
¿Qué tamaños tienen los grupos?
Grupos de genes Guillermo Ayala Gallego 3/16/23