La colección numismática de la universidad contiene más de 11.000 monedas, repartidas de forma equilibrada entre los diversos periodos históricos. Su origen arranca de la donación por Francisco Pérez Bayer de su monetario, complementando a la de sus libros en 1785. Monedas a las que se añadieron las del pequeño tesoro  encontrado en San Miguel de Llíria en 1806 aportadas,  por Francisco Borrull, y otras donaciones posteriores entre las que destaca la de José Narciso Aparici. Entre las piezas más reseñables destacan: el octodracma de Ptolomeo V Epifanes; un áureo de Domiciano y otro de Plautilla, el excepcional triente visigodo, acuñado en Valencia, así como un espléndido ejemplar de  "cincuentín" de plata emitido en Segovia en el siglo XVII.

Entre las piezas de arqueología es muy interesante la pequeña colección de cerámicas peruanas precolombinas, procedentes de la donación del antropólogo valenciano Rodrigo Botet. Forman parte también de esta colección otras vasijas y fragmentos de distintas épocas, hachas y puntas de flecha de piedra, pequeños bronces romanos y otras piezas romanas e ibéricas, así como una curiosa lápida islámica del siglo XI.