Logo de la Universitat de ValènciaLogo CSIC Logo del portal

La generació d'alteracions mitòticament estables en l'expressió dels gens a causa de marques epigenètiques és una manera ràpida i relativament duradora d'establir una memòria genòmica dels esdeveniments d'estrés passats. La desregulació desencadenada pel medi ambient dels factors genètics associats a les maquinàries epigenètiques també pot donar lloc a una plasticitat fenotípica i a la mitigació de l'estrés. Per tant, la maquinària epigenètica de l'hoste pot suposar una pressió selectiva important, però en gran manera no mesura, sobre els patògens. Els virus de les plantes ofereixen un model convenient per a estudiar aquest tipus d'interaccions. En primer lloc, es proposa un experiment d'evolució a gran escala per a comprovar com evolucionen i interactuen les poblacions de virus en plantes amb vies epigenètiques compromeses o millorades. Les plantes de Arabidopsis thaliana amb mutacions en gens clau associats a marques de cromatina actives o repressives, inclosa la metilació de l'ADN i la modificació de les histones, s'enfrontaran a llinatges independents del virus del mosaic del nap (TuMV).
La seqüenciació massiva en paral·lel o de nova generació (NGS) ha suposat una revolució en els estudis genètics, tenint importants aplicacions en investigació i en clínica. Algunes són l'estudi del genoma, transcriptoma, microbioma, metiloma, el diagnòstic genètic i de medicina personalitzada, com farmacogenètica i la detecció de marcadors tumorals somàtics, estudis de mutacions tumorals en ADN circulant, determinació de la taxa de mutació per a estudis d'immunoteràpia per a oncologia. Una aplicació important és l'estudi de regions concretes del genoma per a molts dels estudis clínics o d'investigació, principalment d'un o diversos gens (panell de NGS) a causa dels elevats costos d'estudis de genoma complet.
The ability to resolve populations structure at high resolution and in high depth is key for understand viral evolution and pathogenesis. In this project, we are implementing an extreme fidelity next-generation based sequencing techniques to be able to address key questions in viral evolution and pathogenesis.