La generació d'alteracions mitòticament estables en l'expressió dels gens a causa de marques epigenètiques és una manera ràpida i relativament duradora d'establir una memòria genòmica dels esdeveniments d'estrés passats. La desregulació desencadenada pel medi ambient dels factors genètics associats a les maquinàries epigenètiques també pot donar lloc a una plasticitat fenotípica i a la mitigació de l'estrés. Per tant, la maquinària epigenètica de l'hoste pot suposar una pressió selectiva important, però en gran manera no mesura, sobre els patògens. Els virus de les plantes ofereixen un model convenient per a estudiar aquest tipus d'interaccions. En primer lloc, es proposa un experiment d'evolució a gran escala per a comprovar com evolucionen i interactuen les poblacions de virus en plantes amb vies epigenètiques compromeses o millorades. Les plantes de Arabidopsis thaliana amb mutacions en gens clau associats a marques de cromatina actives o repressives, inclosa la metilació de l'ADN i la modificació de les histones, s'enfrontaran a llinatges independents del virus del mosaic del nap (TuMV).

La seqüenciació massiva en paral·lel o de nova generació (NGS) ha suposat una revolució en els estudis genètics, tenint importants aplicacions en investigació i en clínica. Algunes són l'estudi del genoma, transcriptoma, microbioma, metiloma, el diagnòstic genètic i de medicina personalitzada, com farmacogenètica i la detecció de marcadors tumorals somàtics, estudis de mutacions tumorals en ADN circulant, determinació de la taxa de mutació per a estudis d'immunoteràpia per a oncologia. Una aplicació important és l'estudi de regions concretes del genoma per a molts dels estudis clínics o d'investigació, principalment d'un o diversos gens (panell de NGS) a causa dels elevats costos d'estudis de genoma complet.

L'habilitat de resoldre estructures poblacionals en alta resolució i profunditat és essencial per a comprendre l'evolució viral i la patogènesi. En aquest projecte implementem tècniques de seqüenciació basades en una extrema fidelitat cap a l'última generació per a poder abordar les qüestions clau de l'evolució viral i la patogènesi.

Contracte d'assessorament i suport tècnic amb Empresa EVERIS.

Coordinat per l'Institut de Biologia Integrativa de Sistemes (I2SysBio) i la Universidad San Francisco de Quito. El projecte explora la presència de microorganismes amb potencial generador d'electricitat de les comunitats microbianes presents en els sediments de llacunes salades i salobres de l'illa Sant Cristóbal de l'arxipèlag de les Galápagos. Galápagos explora la producció d'electricitat de mostres ambientals, caracteritza el contingut metagenòmic de les comunitats microbianes i la correlació de la presència d'espècies electrogeneradores amb paràmetres ambientals com el pH, salinitat, temperatura i oxigen dissolt.

Coordinat per l'Institut de Biologia Integrativa de Sistemes I2SysBio) i la ICTS Laboratorio Subterráneo de Canfranc. El projecte estudia el contingut i la variabilitat espacial de les comunitats microbianes presents en mostres de roques calcàries del Pirineu a centenars de metres de profunditat gràcies a l'accés pel túnel de Somport, situat al Pirineu Central i que uneix les valls de l'Aragó (Espanya) i d'Asp (França). Gollum explora un ambient extrem poc conegut, caracteritzat per pocs nutrients, diversos substrats fisicoquímics, baixos nivells de qualsevol tipus de radiació i xicotetes fluctuacions tèrmiques. La presència d'ADN natiu i la identificació d'un alt contingut d'arqueges i la seua correlació amb metalls presents són alguns dels resultats més rellevants del projecte i obrin la possibilitat de múltiples qüestions, començant per resoldre si el material genòmic identificat correspon a ADN relíquia o per contra a microorganismes vius aïllats de l'exterior des de desenes de milions d'anys.