Els programes científics (SP) són grans línies de recerca que abasten un o més grups de recerca (RG) relacionats temàticament. Des del punt de vista organitzatiu, els SP són comparables als departaments d'altres instituts del CSIC.

Inicialment, els RG a l'I²SysBio estan organitzats temàticament en cinc SP. Es considera que els SP són dinàmics i necessàriament han d'evolucionar per incorporar noves investigacions i desenvolupaments en biologia integrativa de sistemes, oberts a noves perspectives. Per tant, els SP es reagruparan, modificaran, expandiran o suprimiran per tal de mantenir la qualitat i una posició competitiva seguint els suggeriments del Comitè científic extern de l’I²SysBio.