Aquesta tesi doctoral, dirigida per Rafael Sanjuán, avalua les taxes de mutació dels virus de DNA mitjançant tècniques avançades de seqüenciació i estudia com els virus evadeixen els mecanismes de reparació de l'hoste. Els resultats de la tesi s'han publicat en revistes com PLoS Pathogens i Viruses. La tesi va ser defensada el 29 d'octubre de 2019.
Els virus de DNA són molt abundants, però se sol pensar que el seu grau de diversitat genètica i adaptabilitat és molt menor que els dels virus d’RNA en presentar taxes de mutació inferiors. No obstant això, hi ha molt poca informació sobre les taxes de mutació dels virus de DNA, probablement perquè les tecnologies de seqüenciació de nova generació (NGS) solen presentar taxes d'error que són ordres de magnitud superiors a les taxes de mutació que volem estimar. En conseqüència, les úniques taxes de mutació actualment disponibles es basen en l'anotació de fenotips associats a mutacions conegudes. No obstant això, els recents avenços que estan experimentant les NGS, concretament una nova tècnica anomenada seqüenciació dúplex (DS), milloren la precisió en uns quatre ordres de magnitud en comparació amb els altres mètodes de NGS convencionals.
Un dels objectius principals de la tesi, titulada "Regulació de la taxa de mutació en virus de DNA" va ser l'estudi de l'aparició de mutacions espontànies utilitzant DS per determinar la taxa de mutació del nostre virus de DNA model, l'adenovirus humà tipus 5 (HAdV5). D'altra banda, les taxes de mutació en virus no depenen només de la fidelitat de les polimerases utilitzades durant la replicació sinó també d'altres factors com l'eficiència en la reparació del genoma. El sistema de reparació de DNA cel·lular (DDR) és molt eficient i s'encarrega de restaurar tant els errors que s'han originat durant la replicació com la reparació del DNA danyat. El desenvolupament d'estratègies per part dels virus per evadir aquests sistemes de reparació del DNA donaria com a resultat un augment de la freqüència de mutació. Nombrosos estudis han demostrat la interacció entre virus de DNA eucariotes i la DDR. No obstant això, les possibles conseqüències d'aquesta interacció virus-hoste sobre la taxa de mutació del virus es desconeixen. L'accés a la DDR justificaria les baixes taxes de mutació observades en virus de DNA al mateix temps que també explicaria les diferències observades entre virus d’RNA i DNA. Per abordar aquesta qüestió, en aquesta investigació es va recórrer a l'evolució experimental utilitzant cèl·lules no tumorals i l'ús d'inhibidors químics per a la supressió dels moduladors de les principals rutes de la DDR. La DS va permetre avaluar la diversitat genètica resultant en el genoma del virus.
La tesi doctoral de Jennifer Risso-Ballester s'ha desenvolupat en el grup d'Evolució Experimental de Virus de l’I2SysBio sota la supervisió de Rafael Sanjuán (professor titular de Genètica de la Universitat de València). El tribunal va estar format per Pilar Domingo Calap i Santiago Elena Fito (ambdós membres de l’I2SysBio) i F. Xavier López Pagès (Unitat Mixta d'Investigació FISABIO-I2SysBio Evolució i Salut).
