L’organització COST (Cooperació Europea en Ciència i Tecnologia), que finança xarxes d’investigació i innovació, ha concedit recentment les beques COST Innovator. Una de les sis propostes és The Grapevine Genomics Encyclopedia (GRAPEDIA), dirigida per Josep Tomàs Matus, investigador de l’Institut de Biologia Integrativa de Sistemes I2SysBio, centre de recerca mixt de la Universitat de València i el CSIC. Aquest projecte tindrà una durada de 12 mesos i ha estat dotada amb 125.000 euros.
GRAPEDIA serà una plataforma única d’accés obert, que seguirà una estructura de base de dades federativa i permetrà l’exploració i visualització de dades de tots els recursos genètics, òmics i fenotipats de la vinya, amb eines per a l’anàlisi comparativa i serveis personalitzats per a l’acadèmia i la indústria. Tot i la gran quantitat de dades públiques disponibles per a aquesta espècie, la majoria dels recursos estan dispersos i no són interoperables.
Les dades que es poden recopilar sobre fenotips de plantes i recursos òmics tenen un enorme potencial per als desafiaments que afrontem en el futur proper, inclòs l’escalfament global, la resistència als patògens i la sostenibilitat. “De com utilitzem tots aquests recursos genètics i genòmics depenen de la possibilitat de dissenyar noves varietats capaces de fer front a transicions ambientals i plagues, i assegurar un cultiu ecològic”, afirma Tomás Matus, investigador del Programa Ramon i Cajal de la Universitat de València i l’I2SysBio.
La proposta es basarà en tres pilars principals. El primer és la comunitat, que ha generat fins ara una quantitat exhaustiva de dades de diferent tipus i naturalesa. El segon pilar és la metabase de dades GRAPEDIA, que recopilarà aquestes dades, les preprocessaran per fer-les llegibles i les organitzaran en mòduls. El tercer són els serveis; de caràcter gràfic, interactiu i exportable, alguns dels quals seran gratuïts mentre que altres es personalitzaran i oferiran amb càrrega. Els exemples inclouen cercadors de navegadors de genomes, panells de control de gens únics i múltiples, i fluxos de treball experimentals òmics. “També esperem generar aplicacions de programari que cobrisquen necessitats especials que poden anar des de la simple anàlisi i integració de dades RNA-seq a uns altres conjunts de dades, fins a dispositius de diagnosi de malalties i consultoria en interpretació de dades”, explica José Tomás Matus.
GRAPEDIA tindrà la mateixa durada i dotació per beneficiar-se de les mateixes activitats de networking disponibles per a COST Action INTEGRAPE, incloses missions científiques de curta durada, escoles de formació, reunions de grups de treball i reunions anuals. La subvenció de CIG també ajudarà a desenvolupar un pla de negocis eficient per aconseguir l’explotació comercial de GRAPEDIA, fet que en permetrà la sostenibilitat i després el creixement de la finalització del període de CIG.
José Tomás Matus (biòleg i doctor per la Universitat Catòlica de Xile) actualment està contractat en el programa Ramón y Cajal (Àrea d’Agricultura), a l’Institut de Biologia Integrativa de Sistemes (I2SysBio). El seu laboratori (TOMSBio Lab) se centra en la regulació transcripcional del metabolisme secundari, que ha inclòs anàlisis genòmiques de famílies de factors de transcripció i anàlisi d’expressió gènica global, entre d’altres.
COST ajuda a connectar iniciatives de recerca a tot Europa i més enllà, i permet a investigadors i innovadors fer créixer les seues idees en qualsevol camp de la ciència i la tecnologia en compartir amb els seus col·legues. La beca COST Innovators té com a objectiu millorar el ritme i l’èxit de les innovacions revolucionàries a la construcció de ponts entre la investigació científica i les aplicacions comercialitzables i/o solucions socials, i explorar el potencial d’innovació.
