Esta tesis doctoral, dirigida por Carlos Peña-Garay, propone nuevos métodos de análisis de la dinámica de las comunidades de microorganismos. Los resultados de la tesis han sido publicados en revistas como "Methods in Molecular Biology" o "Biofilms and Microbiomes". La tesis fue defendida el pasado 29 de marzo de 2019 y recibió la calificación de Sobresaliente.
Los métodos de análisis de microbiomas independientes de cultivo están revolucionando la biología. Ya sea en una muestra clínica o ambiental, la metagenómica puede revelar qué microorganismos existen y qué es lo que realmente hacen. La metagenómica es una herramienta poderosa para el estudio de las comunidades microbianas, pero requiere métodos de análisis igualmente poderosos. Los desafíos actuales en el análisis de los datos metagenómicos incluyen la comparación precisa de las muestras, la estimación de la incertidumbre de los resultados y la eliminación efectiva de la contaminación. Cuanto más escasos son los microbios en un ambiente, más esencial es tener soluciones para estos problemas. Ejemplos de nichos con pocos microbios son no sólo de hábitats oligotróficos sino también muchos tejidos y fluidos corporales.
La investigación doctoral de José Manuel Martí implementa un enfoque novedoso de la dinámica de las comunidades microbianas estudiadas por la metagenómica. Esto se ha logrado mediante el desarrollo de nuevas técnicas en el campo de la microbiología computacional, con el apoyo de métodos estadísticos, matemáticos y de computación paralela. Esta estrategia se utilizó para analizar datos clínicos y ambientales metagenómicos longitudinales. Al eliminar múltiples tipos de contaminación y proporcionar niveles de confianza para los resultados, J. M. Martí finalmente pudo revelar la dinámica de las comunidades microbianas de una manera eficiente y robusta.
J. M. Martí domina diferentes "lenguajes" de ciencia e ingeniería, ya que su educación previa va desde una licenciatura en electrónica hasta un máster en astrofísica. Coincidiendo con la creación del Instituto de Biología Integrativa de Sistemas I2SysBio (centro mixto Universitat de València-CSIC), pasó del programa de doctorado en Física Teórica al de Biodiversidad y Biología Evolutiva de la Universitat de València. Su investigación doctoral ha sido supervisada por C. Peña-Garay (científico del CSIC en el Programa de Biología Teórica y Computacional del I2SysBio), actual director del Laboratorio Subterráneo de Canfranc.
El tribunal, que calificó la tesis como "Sobresaliente", estuvo compuesto por José Luis García (profesor de investigación del CSIC y director del I2SysBio), Fátima Al-Shahrour (Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas CNIO en Madrid) y José C. Nacher (Facultad de Ciencias, Universidad de Toho, Japón).
