Este Programa Científico tiene como objetivo arrojar luz sobre los mecanismos mediante los cuales los organismos alcanzan un grado alto de integración metabólica y genética con sus huéspedes durante el proceso de simbiosis mutua. Las bacterias endosimbióticas (intracelulares, sean obligadas o facultativas) de insectos y su microbiota intestinal representan los modelos experimentales preferidos.
Los enfoques científicos incluyen la secuenciación de genoma y la metagenómica, así como análisis comparativos, evolucionarios y funcionales (transcriptómica, proteómica y metabolómica). El estudio funcional de redes complejas reguladoras y metabólicas necesita nuevas herramientas bioinformáticas y teóricas.