El I2SysBio desarrolla proyectos en los que sus investigadores estudian procesos biotecnológicos con herramientas de la Biología de Sistemas y de la Biología Sintética, aplicados a la mejora de diferentes procesos industriales mediante técnicas de ingeniería metabólica. El I2SysBio ofrece dentro de esta actividad la posibilidad de desarrollar proyectos de I+D+i a la carta para aplicaciones en el campo de la producción de moléculas de alto valor añadido, como son fármacos, biopolímeros, enzimas, etc.
El I2SysBio ofrece la posibilidad de desarrollar modelos metabólicos a escala genómica con aplicaciones en Biotecnología y Biología Sintética. El instituto alberga diversos expertos en genomas reducidos y células mínimas, las cuales pueden inspirar el diseño de chasis de células sintéticas con aplicaciones biomédicas y tecnológicas.