La molécula de BeCl2 tiene un total de 16 electrones. Utiliza 4 electrones en la formación de los dos enlaces Be-Cl. Los 12 electrones restantes se sitúan como electrones no compartidos que no han sido reflejados en las figuras.
Los dos pares electrónicos de enlace que existen alrededor del átomo de Be fuerzan una geometria lineal. La molécula es electrónicamente deficiente (Be solo cuenta con 4 electrones en la capa de valencia) y por ello en estado sólido las moléculas se asocian. Cada átomo de Be se rodea de dos pares electrónicos de dos átomos de cloro de dos moléculas de BeCl2. En disolvente polares se rompen los puentes intermoleculares.