La molécula de BeCl2 tiene un total de 16 electrones. Utiliza 4 electrones en la formación de los enlaces Be-Cl. Los 12 electrones restantes se sitúan como electrones no compartidos.
Los dos pares de enlace que existen alrededor del átomo de Be fuerzan una geometria lineal. Las moléculas son electrónicamente deficientes y por ello en estado sólido se asocian. Cada átomo de Be se rodea de dos pares electrónicos de átomos dos átomos de cloro de dos moléculas de BeCl2. En disolvente polares se rompen los puentes intermoleculares.