L'anàlisi genòmic i transcriptómic de cèl·lula única permet analitzar el contingut en DNA o RNA d'una cèl·lula individual, sense necessitat d'un cultiu previ. En la Secció de Genòmica està instal·lat l'equip Chromium Controller.

Està basat en la tecnologia NEXT GEM de 10X Genomics, en la qual s'encapsulen les cèl·lules juntament amb Gel Beads en vesícules denominades Gel Beads en Emulsió (GEMs). Aquestes actuen com a vesícules de reacció individuals on la mostra és etiquetada. Aquest marcatge s'aconsegueix gràcies a que cada Bead conté milions de oligonucleótids marcats amb seqüències barcode. La plataforma utilitza la tecnologia microfluídica per a encapsular, processar i analitzar des de centenars fins a milions de cèl·lules. Per a això, utilitza un protocol d'encapsulat de cèl·lula única en gotes/beads individuals i marcatge de cada cèl·lula individual amb un codi de barres molecular i amb els reactius necessaris per a procedir a la identificació de dianes i la seua amplificació. L'equip és capaç d'encapsular i processar, en cada carrera, fins a 80.000 cèl·lules individuals amb una eficiència de captura fins al 65%. La tecnologia de captura de cèl·lules úniques té una taxa de captura de doblets (2 cèl·lules encapsulades alhora) inferior a l'1% per cada 1000 cèl·lules. El xip microfluídico que utilitza el Chromium és compatible amb un ampli rang de grandàries i tipus cel·lulars eucariotes (cultius cel·lulars adherits, cultius cel·lulars en suspensió, teixits, sang total…etc.). Els productes marcats s'agrupen per a les reaccions posteriors per a crear genoteques compatibles amb equips de seqüenciació massiva de lectura curta com els equips de Illumina.

Aplicacions:

• Analitzar canvis en el transcriptoma, a nivell de cèl·lula única, mitjançant l'anàlisi d'ARN 3’, proporcionant un perfil d'expressió gènica digital en poblacions cel·lulars complexes.
• Analitzar, a més del transcriptoma, el fenotip de les cèl·lules individuals mitjançant la detecció de proteïnes amb l'ús d'una combinació d'anticossos prèviament seleccionada.
• Analitzar a més del transcriptoma, els reordenaments del TCR i de les Immunoglobulines de cèl·lules B per a poder dur a terme un estudi de immune profiling, detectant clonalidad, diversitat i especificitat d'antígens en el context de cada cèl·lula individual.
• Permet dur a terme estudis d'accessibilitat de la cromatina (Assay for Transposase‐Accessible Chromatin, ATAC) a nivell de cèl·lula individual, podent detectar regions obertes de la cromatina (llocs d'inici de transcripció i regions reguladores).
• Multiome (Single Cell 3’ RNA Gene Expression + Single Cell ATAC). Estudi simultani del perfil d'expressió gènica i les regions obertes de la cromatina a nivell de cèl·lula única. La combinació de totes dues solucions, permet explorar les interaccions reguladores de gens que impulsen la diferenciació cel·lular, el desenvolupament o malalties.
• Targeted Gene Expression. Permet l'estudi del perfil d'expressió gènica d'un determinat grup de gens específics a nivell de cèl·lula única, ja siga per ús de panells predissenyats o ben personalitzats (custom panels), permetent d'aquesta manera a més una reducció dels costos de seqüenciació.

La utilització de l'equip està restringida al personal de la secció de Genòmica del SCSIE. Contacteu amb la Secció per a proposar un projecte i sol·licitar un pressupost.