La Llei Orgànica 6/200, del 21 de desembre, d'Universitats (LOU), va transformar el marc de l'organització general i les estructures existents en matèria de mesurament i avaluació de la qualitat del sistema universitari. Concretament, l'article 31 de la llei va atribuir les funcions d'avaluació i les conduents a la certificació ia l'acreditació dels ensenyaments universitaris a l'Agència Nacional d'Avaluació de la Qualitat i Acreditació) i als òrgans d'avaluació que les lleis de les comunitats autònomes determinin.

Amb la creació de l'ANECA el II Pla de Qualitat de les Universitats queda derogat i es proposa el Programa d'Avaluació Institucional (PEI). Aquest programa avalua els ensenyaments universitaris conduents a l'obtenció de títols de caràcter oficial i validesa en tot el territori nacional.