La seqüenciació completa del genoma és una tècnica cada vegada més utilitzada en taxonomia. La seqüència genòmica d'una soca (completa o esborrany) fa possible l'estudi i caracterització del microorganisme mitjançant l'anàlisi genòmica (anotació de gens, detecció d'illes genòmiques, etc.). Però a més permet fer estudis d'inferència fenotípica per establir correspondències entre les seqüències genòmiques observades i els caràcters fenotípics de la soca.

A més, amb la seqüenciació genòmica es poden obtenir dades genòmiques útils en taxonomia, com el Average Nucleotide Identity (ANI), Average Amino acid Identity (AAI) o la Hibridació DNA-DNA estimada in silico (eDDH).

Material Necessari

Preferentment, un cultiu actiu de la soca (placa Petri o tub d'agar inclinat).

Si l’usuari ho prefereix també es pot treballar amb l’ADN genòmic de la soca. En aquest cas, l’ADN genòmic ha de ser enviat en fred i ser de bona qualitat (A260 / A280 entre 1,8 i 2). Es necessiten més de 2 micrograms d’ADN a concentració 40 ng / ml resuspès en aigua ultrapura o en tampó TE.

Metodologia

A la CECT la seqüenciació completa del genoma s'obté mitjançant seqüenciació massiva (NGS) utilitzant la plataforma MiSeq de Illumina.

Depenent del nombre de soques que es volen seqüenciar i la mida del genoma de cadascuna d'elles, es poden optimitzar els costos (veure tarifes).

El sol·licitant rep els fitxers obtinguts amb les seqüències sense analitzar.

L'anàlisi posterior (acoblat, anotació, càlcul d'índexs) no està inclòs en el servei de seqüenciació si bé es pot sol·licitar per separat.