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JOSE MANUEL CUEVAS TORRIJOS
PDI-Titular d'Universitat
Director/a Titulacio Master Oficial

jose.m.cuevas@uv.es
http://www.uv.es/cuevast

Knowledge area: GENETICS
Department: Genetics

Institute for Integrative Systems Biology Floor 1, Office 1.1.2
(9635) 43667

Academic training

Journal Publications

Participations in Conferences

Cuevas, J.M., Miralles, R., Moya, A., Elena, S.F. 1999. Efecto de la tasa de migración y la estructura poblacional en la adaptación y divergencia del virus de la estomatitis vesicular. . II Congreso de la Sociedad Española de Genética A Coruña. SPAIN.
Nájera, C., Cuevas, J.M., Espinós, C., Millán, J.M., Ayuso, C., Baiget, M., Beneyto, M. 1999. Prevalence of 2314delG mutation among USH2A patients in the Spanish population. . II Congreso de la Sociedad Española de Genética A Coruña. SPAIN.
González-Cabo,P., Cuevas,J.M., Nájera,C., Espinós,C., Millán,J.M., Ayuso,C., Beneyto,M. 1999. Mutaciones en el gen de la Miosina VIIA en familias españolas con síndrome de Usher tipo I. . XX Congreso Nacional de Genética Humana Valencia. SPAIN.
Elena, S.F., Turner, P.E., Cuevas, J.M., Moya, A. 2000. El coste y la especificidad de la adaptación durante la radiación de los virus de RNA a nuevos huéspedes. . XIII Seminario de Genética de Poblaciones y Evolución Baiona. SPAIN.
Cuevas, J.M., Elena, S.F., Moya, A. 2001. Evolutionary convergence in experimental populations of RNA viruses. . VIII Congress of the European Society for Evolutionary Biology Aarhus. DENMARK.
Cuevas, J.M., Moya, A., Elena, S.F. 2001. Efecto de la tasa de migración y la heterogeneidad de hospedador en la adaptación y divergencia del virus de la estomatitis vesicular. . VII Congreso Nacional de Virología Valencia. SPAIN.
Codoñer, F.M., Cuevas, J.M., Sánchez-Navarro, J.A., Pallás, V., Elena, S.F. 2003. Molecular evolution and taxonomic relationships in the family bromoviridae based on RNA-3 coding genes. . IX Congress of the European Society for Evolutionary Biology Leeds. UNITED KINGDOM.
Cuevas, J.M., Moya, A., Elena, S.F. 2003. Dinámicas adaptativas de los virus de RNA en presencia de antivirales. . VIII Congreso Nacional de Virología Barcelona. SPAIN.
Codoñer, F.M., Cuevas, J.M., Sánchez-Navarro, J.A., Pallás, V., Elena, S.F. 2003. Evolución molecular y relaciones taxonómicas de la familia Bromoviridae basadas en las proteínas codificadas por el RNA-3. . VIII Congreso Nacional de Virología Barcelona. SPAIN.
Cuevas, J.M., Moya, A., Sanjuán, R. 2004. Fitness measures of single viral particles. . Second european congress of virology-Eurovirology 2004 Madrid. SPAIN.
Cuevas, J.M., Sanjuán, R., Moya, A. 2004. Growth parameters of single RNA viral particles. . Experimental Evolution Workshop Friburgo. SWITZERLAND.
Cuevas, J.M., Moya, A., Sanjuán, R. 2004. Componentes de eficacia en clones biológicos de virus de RNA. . XV Seminario de Genética de Poblaciones y Evolución Sigüenza. SPAIN.
Cuevas J.M., Sanjuán R, Furió V y Moya A. 2005. Evidencia experimental de selección de grupo en virus de RNA. . Congreso de la Sociedad Española de Genética Roquetas de Mar. SPAIN.
Carrillo,F.Y.;Sanjuán,R.;Moya,A.;Cuevas,J.M. 2005. Dinámicas de infección múltiple en virus de RNA. . Congreso de la Sociedad Española de Genética. SEG2005 Roquetas de Mar-Almería. SPAIN.
Cuevas J.M., Sanjuán R., Furió V., Holmes E.C., Moya A. 2006. Replication of RNA virases at high mutation rates leads to survival of the flattest. . The 2006 Noble Foundation Workshop in Virus Evolution Ardmore. UNITED STATES.
Cuevas J.M., Sanjuán R., Furió V., Holmes E.C., Moya A. 2006. La mutagéneis química favorece la robustez mutacional de un virus de RNA. . XVI Seminario de Genética de Poblaciones y Evolución Sant Feliu de Guíxols. SPAIN.
Sanjuán R., Cuevas J.M., Furió V., Holmes E.C., Moya A. 2007. La mutagéneis química favorece la robustez mutacional en virus de RNA. . IX Congreso Nacional de Virología Zaragoza. SPAIN.
Ruiz A., Cuevas J.M. 2007. The evolutionary effect of bottleneck and mass passage on RNA viral fitness. . 2007 Summer Symposium (Minority Science Programs, MSP) Irvine. UNITED STATES.
Cuevas J.M., Carrillo F.Y.E., Sanjuán R., Moya A. 2007. Incremento en la capacidad adaptativa de un virus de ARN en presencia de un virus de ADN. . XXXVI Congreso de la Sociedad Española de Genética León. SPAIN.
Cuevas J.M., Carrillo F.Y.E., Sanjuán R., Moya A. 2007. Evidencia experimental del incremento en la capacidad adaptativa de un virus de ARN en presencia de un virus de ADN. . I Congreso de la Sociedad Española de Biología Evolutiva Tarragona. SPAIN.
Cuevas, J.M.; Torres-Puente, M.; Jiménez, N.; Bracho, M.A.; García-Robles, I.; Carnicer, F.; del Olmo, J.; Ortega, E.; Moya, A.; González-Candelas, F. 2007. Patrones de evolución molecular en un estudio epidemiológico del virus de la hepatitis C. . IX Congreso Nacional de Virología Zaragoza. SPAIN.
Ruiz A., Cuevas J.M. 2007. The evolutionary effect of bottleneck and massive passages on RNA viral fitness. . Sigma Xi Annual Meeting and Student Research Conference Orlando. UNITED STATES.
González-Candelas, F.; Sentandreu,V:; Cuevas,J.M.; Bracho, M.A.; Amadoz, A.; Torres-Puente, M.; Jimémez, N.; López-Labrador, F.X.; Moya, A. 2008. Genetic variation and evolution in the envelope genes of hepatitis C virus. . Workshop "Evolution in Health and Disease", Instituto Gulbenkian de Ciencia Oeiras. PORTUGAL.
Cuevas, J.M.; Torres-Puente, M.; Jiménez-Hernández, N.; Bracho, M.A.; García-Robles, I.; González-Candelas, F.; Moya A. 2008. Multiple adaptive strategies in the adaptation of hepatitis C virus to antiviral therapies. . XVII Seminario de Genética de Poblaciones y Evolución Ribadesella, Asturias. SPAIN.
González-Candelas, F.; Sentandreu, V.; Cuevas, J.M.; Torres-Puente, M.; Bracho, M.A.; Moya A. 2008. Adaptive evolution of Hepatitis C virus within and between patients. . EPIDEMICS1, First International Conference on Infectious Disease Dynamics Asilomar, California. UNITED STATES.
Ruiz A., Cuevas J.M. 2008. Bottleneck and massive passage dynamics promote drastic variations on RNA viral fitness. . 2008 AAAS Annual Meeting Boston. UNITED STATES.
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Gonzalez M., Cuevas J.M. 2008. The role of positive selection on hepatitis C virus (HCV). . Annual Biomedical Research Conference for Minority Students Orlando. UNITED STATES.
Domingo P., Cuevas J.M., Sanjuán R. 2008. Diferencias de robustez entre virus de ADN y ARN. . XVII Seminario de Genética de Poblaciones y Evolución Ribadesella. SPAIN.
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Cuevas, J.M.; Grande, A.; Martín, S.; de la Iglesia, F.; Elena, S.F. 2011. Importancia de las citidina-desaminasas como agente mutagénico en virus de plantas. . XI Congreso Nacional de Virología Granada. SPAIN.
Lalic, J.; Pròsper, A.; Cuevas, J.M.; Elena, S.F. 2011. Evaluating the distributions of mutational fitness effects and epistasis for Tobacco etch potyvirus across host species. . XI Congreso Nacional de Virología Granada. SPAIN.
Hillung, J.; de la Iglesia, F.; Cuevas, J.M.; Elena, S.F. 2011. Cuantificación de la infección primaria en un sistema experimental virus-planta. . XI Congreso Nacional de Virología Granada. SPAIN.
Lalic, J.; Cuevas, J.M.; Elena, S.F. 2011. Evaluating the distribution of mutational fitness effects of a plant RNA virus across different host species. . 4th Congress of European Microbiologists (FEMS 2011) Ginebra. SWITZERLAND.
Hillung, J.; Cuevas, J.M.; Elena, S.F. 2013. Some Ecotypes of Arabidopsis thaliana favor local adaptation of Tobacco etch potyvirus while others select for generalist viruses. . XII Congreso Nacional de Virología Burgos. SPAIN.
Hillung, J.; García-García, F.; Cuevas, J.M.; Elena, S.F. 2014. The effect of genetic diversity of the host species on the adaptation of an emerging plant RNA virus. . From emerging to pandemic viruses: interplay between host ecology and viral evolution Roscoff. FRANCE.
Hillung, J.; García-García, F.; Cuevas, J.M.; Elena, S.F. 2014. The Role of genetic diversity of the host species on the adaptation of an emerging plant RNA virus. . 1st ASM Conference on Experimental Microbial Evolution Washington. UNITED STATES.
J.M. Cuevas Torrijos; R. Geller; R. Garijo Olmo; F. Parras Vázquez; I. Viciana; R. Pelazas; J. López-Aldeguer; R. Sanjuán. 2015. Apobec es el principal determinante in vivo de la tasa de mutación de VIH-1. . VII Congreso Nacional GeSIDA Madrid. SPAIN.
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Risso, J., Cuevas, J.M., Sanjuán, R. 2017. Genome-wide estimation of the spontaneous mutation rate of human adenovirus 5 by high-fidelity deep sequencing. . XIV Congreso Nacional de Virología Cádiz. SPAIN.
Patiño-Galindo, J.A., Domínguez, F., Cuevas, M.T., Delgado, E., Sánchez, M., Pérez-Álvarez, L., Thomson, M.M., Sanjuán, R., González-Candelas, F., Cuevas, J.M. 2017. Genome-scale analysis of evolutionary rate and selection in a fast-expanding Spanish cluster of HIV-1 subtype F. . XIV Congreso Nacional de Virología Cádiz. SPAIN.
Cuevas, J.M., Benito, J.M., Hillung, J., Restrepo, C., León, A., Ruiz-Mateos, E., Palacios-Muñoz, R., Górgolas, M., Sanjuán, R., Rallón, N. 2017. A3H member of APOBEC3 restriction factors family is not involved in the viral control observed in Elite controller subjects. . XIV Congreso Nacional de Virología Cádiz. SPAIN.
Cuevas, J.M., Durán-Moreno, M., Sanjuán, R. 2017. Emergence of multi-virion infectious units from free viral particles in an enveloped virus. . XIV Congreso Nacional de Virología Cádiz. SPAIN.
Benito, J.M., Hillung, J., Restrepo, C., Cuevas, J.M., León, A., Ruiz-Mateos, E., Palacios-Muñoz, R., Górgolas, M., Sanjuán, R., Rallón, N. 2017. Papel del APOBEC3H en el control viral de los pacientes infectados por VIH controladores de élite. . IX Congreso Nacional GeSIDA Vigo. SPAIN.
Pilar Domingo-Calap, Ernesto Segredo, María Durán, Iván Andreu, Jose Manuel Cuevas, Rafael Sanjuán. 2018. Virus-virus interactions driven by innate immune responses. . Viruses 2018 - Breakthroughs in Viral Replication Barcelona. SPAIN.
Cebriá-Mendoza, M.; Arbona, C.; Larrea, L.; Cuevas, J.M. 2019. Setting up blood virome characterization. . XV Congreso Nacional de Virología Barcelona. SPAIN.
Cebriá-Mendoza, M.; Arbona, C.; Larrea, L.; Díaz, W.; Bracho, M.A.; Sanjuán, R.; Cuevas, J.M. 2021. Exploring the diversity of orphan viruses in human blood. . 23rd Annual Conference of the European Society for Clinical Virology UNITED KINGDOM.
Cebriá-Mendoza, M.; Arbona, C.; Larrea, L.; Díaz, W.; Bracho, M.A.; Sanjuán, R.; Cuevas, J.M. 2021. Deciphering the healthy human blood virome. . Virus Genomics and Evolution UNITED KINGDOM.
Buigues, J.; Viñals, A.; Martínez-Recio, R.; Monrós, J.S.; Sanjuán, R.; Cuevas, J.M. 2024. Viromics from bat faecal samples reveals a new viral sequence on the borderline between hepadnaviruses and nackednaviruses. . XVII Congreso Nacional de Virología Santiago de Compostela. SPAIN.

Projects

Investigación de genes implicados en familias españolas con síndrome de Usher y relación con fenotipo. 1998 - 2000. Fondo de Investigaciones Sanitarias. . PI: María Magdalena Beneyto Juan.
Variabilidad genética de virus de RNA: bases moleculares y cuantificación de ganancias de eficacia biológica. 1998 - 2000. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . PI: Andrés Moya Simarro.
Epidemiología molecular de enfermedades de alta prevalencia: estudio a gran escala del virus de la hepatitis C en la Comunidad Valenciana. 2000 - 2002. fondos feder. . PI: Andrés Moya Simarro.
Evolución adaptativa y variabilidad genética en las coinfecciones virales. 2001 - 2004. Ministerio de Ciencia y Tecnología. . PI: Andrés Moya Simarro.
Efecto de las epistasias y la complejidad genómica en las dinámicas evolutivas virales. 2002 - 2003. Conselleria de Cultura, Educació i Ciència. Generalitat Valenciana. . PI: Santiago F. Elena Fito.
Genética evolutiva. 2003 - 2005. Agencia Valenciana de Ciencia y Tecnología. . PI: Andrés Moya Simarro.
An Experimental and phylogenetic approach to understanding RNA virus evolution. 2003 - 2006. The Wellcome Trust. . PI: Edward C. Holmes.
Efecto de los compromisos sobre la eficacia biológica de los virus de RNA. 2006 - 2008. Ministerio de Educación y Ciencia. . PI: Andrés Moya Simarro.
CIBER de epidemiología y salud pública. 2006 - 2010. Instituto de Salud Carlos III, Fondo de Investigación Sanitaria (FIS).. . PI: Andrés Moya Simarro.
Efecto de los compromisos sobre la eficacia biológica de los virus de RNA: ayuda complementaria. 2007 - 2007. Conselleria d'Empresa, Universitat i Ciència. . PI: Andrés Moya Simarro.
Métodos estadísticos para el análisis de la microbiota intestinal. 2008 - 2008. Generalitat Valenciana. . PI: Juan José Abellán.
Importancia de la pleiotropía antagonista en la evolución de virus de ARN. 2008 - 2008. Generalitat Valenciana. . PI: José Manuel Cuevas Torrijos.
Propiedades genómicas que influyen sobre la capacidad evolutiva de las poblaciones. 2009 - 2011. Ministerio de Ciencia e Innovación. . PI: Rafael Sánjuán Verdeguer.
Epidemiología molecular y genómica de enfermedades infecciosas. 2006 - 2006. Conselleria de Sanitat. Generalitat Valenciana. . PI: Andrés Moya , Amparo Latorre, Fernando González.
Epidemiología molecular y genómica de enfermedades infecciosas. 2007 - 2007. Conselleria de Sanitat. Generalitat Valenciana. . PI: Andrés Moya, Amparo Latorre, Fernando González.
Estudio genético epidemiológico de enfermedades infecciosas y genética bacteriana. 2008 - 2008. Conselleria de Sanitat. Generalitat Valenciana. . PI: Andrés Moya, Amparo Latorre, Fernando González.
Biología evolutiva y de sistemas de la emergencia de fitovirus de RNA. 2010 - 2012. Ministerio de Ciencia e Innovación. . PI: Santiago Francisco Elena Fito.
Variabilidad y evolución de las tasas de mutación en virus de RNA. 2012 - 2013. Ministerio de Ciencia e Innovación. . PI: Rafael Sanjuán Verdeguer.
Variability in the mutation rate of RNA viruses. 2012 - 2016. European Research Council. . PI: Rafael Sanjuán Verdeguer.
Regulación de la tasa de mutación en virus. 2014 - 2016. Ministerio de Ciencia e Innovación. . PI: Rafael Sanjuán Verdeguer.
Collective Infectious Units and the Social Evolution of Viruses. 2017 - 2022. European Research Council. . PI: Rafael Sanjuán Verdeguer.
Red de SIDA (Inmunopatogenia del VIH y desarrollo de vacunas). 2013 - 2016. Instituto de Salud Carlos III. . PI: Rafael Sanjuán Verdeguer.
Evolución y Salud. Evolución experimental y resistencia a antibióticos y antivirales. 2016 - 2019. Generalitat Valenciana. . PI: Fernando González Candelas.
Caracterización del viroma de sangre mediante ultra-secuenciación en población española: una estrategia de vigilancia frente a potenciales virus emergentes. 2018 - 2021. Ministerio de Economía, Industria y Competitividad. . PI: José Manuel Cuevas Torrijos.
Influence of demographic variables on human blood virome. 2021 - 2022. Generalitat Valenciana. Conselleria d´Innovació, Universitats, Ciència, i Societat Digital. . PI: José Manuel Cuevas Torrijos, Rafael Sanjuán Verdeguer.
Zoonosis virales: virómica, evolución y análisis experimental. 2021 - 2024. Ministerio de Ciencia e Innovación. . PI: Rafael Sanjuán Verdeguer, José Manuel Cuevas Torrijos.
Investigation of potentially zoonotic RNA viruses: from viral discovery to functional characterization. 2023 - 2025. Generalitat Valenciana. . PI: Rafael Sanjuán Verdeguer.

Thesis, minor thesis and research reports