JOSE MANUEL CUEVAS TORRIJOS
PDI-Titular d'Universitat
Director/a Titulacio Master Oficial
PDI-Titular d'Universitat
Director/a Titulacio Master Oficial
Knowledge area: GENETICS
Department: Genetics
Department: Genetics
Institute for Integrative Systems Biology
Floor 1, Office 1.1.2
(9635) 43667
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Subjects taught and teaching methods
Academic training
- Biological Sciences (Biochemistry). Facultad de Ciencias Biológicas. 25/08/1997 (Diploma / Degree / Activities).
- Master Thesis. Facultad de Ciencias Biológicas (Universitat de València). 16/07/1999 (Diploma / Degree / Activities).
- Postgrade in Molecular and Evolutionary Genetics. Facultad de Ciencias Biológicas (Universitat de València). 10/2000 (Diploma / Degree / Activities).
- Postgrade in Statistics applied to health Sciences. Universidad Nacional de Educación a Distancia (UNED). 06/2005 (Diploma / Degree / Activities).
Journal Publications
- Cuevas, J.M.; Espinós, C.; Millán, J.M.; Sánchez, F.; Trujillo, M.J.; García-Sandoval, B.; Ayuso, C.; Nájera, C.; Beneyto, M. (1998) Detection of a novel Cys628STOP mutation of the myosin VIIA gene in Usher syndrome type Ib. Molecular and Cellular Probes, 12(6), pp. 417 - 420 . ISSN: 0890-8508
- Elena, S.F., Codoñer, F.M., Cuevas, J.M., Sanjuán, R. (2003) Adaptive dynamics during experimental evolution of RNA viruses. Biology International, 44, pp. 75 - 78 . ISSN: 0253-2069
- Cuevas,J.M.; Espinós,C.; Millán,J.M.; Sánchez,F.; Trujillo,M.J.; Ayuso,C.; Beneyto,M.; Nájera, C. (1999) Identification of three novel mutations in the MYO7A gene. Human Mutation, 14(2), pp. 181 - 181 . ISSN: 1059-7794
- Cuevas,J.M.; Elena,S.F.; Moya,A. (2002) Molecular basis of adaptive convergence in experimental populations of RNA viruses. Genetics, 162(2), pp. 533 - 542 . ISSN: 0016-6731
- Elena,S.F.; Miralles,R.; Cuevas,J.M.; Turner,P.E; Moya,A. (2000) The two faces of mutation: extinction and adaptation in RNA viruses. IUBMB Life, 49(1), pp. 5 - 9 . ISSN: 1521-6543
- Cuevas, J.M., Moya, A., Elena, S.F. (2003) Evolution of RNA virus in spatially structured heterogeneous environments. Journal of Evolutionary Biology, 16, pp. 456 - 466 . ISSN: 1010-061X
- Beneyto,M.M.; Cuevas,J.M.; Millán,J.M.; Espinós,C.; Mateu,E.; González-Cabo,P.; Baiget,M.; Doménech,M.; Bernal,S.; Ayuso,C.; García-Sandoval,B.; Trujillo,M.J.; Borrego,S.; Antinolo,G.; Carballo,M.; Nájera,C. (2000) Prevalence of 2314delG mutation in Spanish patients with usher syndrome type II (USH2). Ophthalmic Genetics, 21(2), pp. 123 - 128 . ISSN: 1381-6810
- Cuevas, J.M., Sanjuán, R., Moya, A., Elena, S.F. (2005) Mode of selection and experimental evolution of antiviral drugs resistance in vesicular stomatitis virus. Infection Genetics And Evolution, 5, pp. 55 - 65 . ISSN: 1567-1348
- Cuevas,J.M., Moya,A., Sanjuán,R. (2005) Following the very initial growth of biological RNA viral clones. Journal of General Virology, 86, pp. 435 - 443 . ISSN: 0022-1317
- Codoñer,F.M.; Cuevas,J.M.; Sánchez-Navarro,J.A.; Pallás,V.; Elena, S.F. (2005) Molecular Evolution of the plant virus family Bromoviridae based on RNA 3-encoded proteins. Journal of Molecular Evolution, 61, pp. 697 - 705 . ISSN: 0022-2844
- Sanjuán,R.;Cuevas,J.M.;Moya,A.;Elena,S.F. (2005) Epistasis and the adaptability of an RNA virus. Genetics, 170, pp. 1001 - 1008 . ISSN: 0016-6731
- Carrillo,F.Y.E.; Sanjuán,R.; Moya,A.; Cuevas,J.M. (2007) The effect of co-and superinfection on the adaptive dynamics of Vesicular Stomatitis virus. Infection Genetics And Evolution, 7, pp. 69 - 73 . ISSN: 1567-1348
- Cuevas,J.M.; Sanjuán,R.; Furió,V.; Holmes,E.C.; Moya,A. (2007) Selection for robustness in mutagenized RNA viruses. PLOS genetics, 3, p. e93 . ISSN: 1553-7390
- Torres-Puente, M.; Cuevas, J.M.; Jiménez, N.; Bracho, M.A.; García-Robles, I.; Carnicer, F.; del Olmo, J.; Ortega, E.; Moya, A.; González-Candelas, F. (2007) Contribution of insertions and deletions to the variability of hepatitis C virus populations. Journal of General Virology, 88(8), pp. 2198 - 2203 . ISSN: 0022-1317
- Torres-Puente, M.; Cuevas, J.M.; Jiménez, N.; Bracho, M.A.; García-Robles, I.; Wrobel, B.; Carnicer, F.; del Olmo, J.; Ortega, E.; Moya, A.; González-Candelas, F. (2008) Genetic variability in hepatitis C virus and its role in antiviral treatment response. Journal of Viral Hepatitis, 15, pp. 188 - 199 . ISSN: 1352-0504
- Cuevas,J.M.; Torres-Puente,M.; Jiménez-Hernández,N.; Bracho,M.A.; García-Robles,I.; Wrobel,B.; Carnicer,F.; del Olmo,J.; Ortega,E.; Moya,A.; González-Candelas,F. (2008) Using evolutionary tools to refine the new hypervariable region 3 within the envelope 2 protein of hepatitis C virus. Infection Genetics And Evolution, 8, pp. 74 - 82 . ISSN: 1567-1348
- Cuevas,J.M.; Torres-Puente,M.; Jiménez-Hernández,N.; Bracho,M.A.; García-Robles,I.; Carnicer,F.; del Olmo,J.; Ortega,E.; Moya,A.; González-Candelas,F. (2008) Hepatitis C virus and the controversial role of the interferon sensitivity determining region in the response to interferon treatment. Journal of Medical Virology, 80, pp. 247 - 253 . ISSN: 0146-6615
- Cuevas, J.M.; Torres-Puente, M.; Jiménez-Hernández, N.; Bracho, M.A.; García-Robles, I.; Carnicer, F.; del Olmo, J.; Ortega, E.; Moya, A.; González-Candelas, F. (2008) Refined analysis of genetic variability parameters in hepatitis C virus and the ability to predict antiviral treatment response. Journal of Viral Hepatitis, 15, pp. 578 - 590 . ISSN: 1352-0504
- Carrillo,F.Y.E.; Sanjuan,R.; Moya,A.; Cuevas,J.M. (2008) Enhanced adaptation of vesicular stomatitis virus in cells infected with vaccinia virus. Infection Genetics And Evolution, 8, pp. 614 - 620 . ISSN: 1567-1348
- Cuevas,J.M.; Torres-Puente,M.; Jiménez-Hernández,N.; Bracho,M.A.; García-Robles,I.; Wrobel,B.; Carnicer,F.; del Olmo,F.; Ortega,E.; Moya,A.; González-Candelas,F. (2008) Genetic variability of hepatitis C virus before and after Combined Therapy of Interferon plus Ribavirin. Plos One, 3, p. e3058 . ISSN: 1932-6203
- Cuevas, J.M.; Torres-Puente, M.; Jiménez-Hernández, N.; Bracho, M.A.; García-Robles, I.; Carnicer,F.; del Olmo, F.; Ortega, E.; González-Candelas, F.; Moya, A. (2009) Combined therapy of interferon plus ribavirin promotes multiple adaptive solutions in hepatitis C virus. Journal of Medical Virology, 81, pp. 650 - 656 . ISSN: 0146-6615
- Cuevas, J.M., Domingo-Calap, P., Pereira-Gómez, M., Sanjuán, R. (2009) Genetics and experimental evolution of RNA viruses. The Open Evolution Journal, 3, pp. 9 - 16 . ISSN: 1874-4044
- Cuevas, J.M., Sanjuán, R. (2009) Evolución experimental: evolución en tiempo real. Apuntes de Ciencia y Tecnología, 30, pp. 30 - 34 . ISSN: 1577-6794
- Cuevas,J.M.; González-Candelas,F.; Moya, A.; Sanjuán, R (2009) Effect of ribavirin on the mutation rate and spectrum of Hepatitis C virus in vivo. Journal of Virology, 83, pp. 5760 - 5764 . ISSN: 0022-538X
- Cuevas,J.M.; Gonzalez,M.; Torres-Puente,M.; Jiménez-Hernández,N.; Bracho,M.A.; García-Robles,I.; González-Candelas,F.; Moya,A. (2009) The role of positive selection in hepatitis C virus. Infection Genetics And Evolution, 9, pp. 860 - 866 . ISSN: 1567-1348
- Cuevas,J.M.; Duffy,S.; Sanjuán,R. (2009) Point Mutation Rate of Bacteriophage ΦX174. Genetics, 185, pp. 747 - 749 . ISSN: 0016-6731
- Cuevas,J.M.; Moya,A.; Sanjuán,R. (2009) A genetic background with low mutational robustness is associated with increased adaptability to a novel host in an RNA virus. Journal of Evolutionary Biology, 22, pp. 2041 - 2048 . ISSN: 1010-061X
- Domingo-Calap,P.; Cuevas,J.M.; Sanjuán,R. (2009) The fitness effects of random mutations in single-stranded DNA and RNA bacteriophages. PLOS genetics, 5, p. e1000742 . ISSN: 1553-7390
- Peris,J.B.; Davis,P.; Cuevas,J.M.; Nebot,M.R.; Sanjuán,R. (2010) Distribution of fitness effects caused by single-nucleotide substitutions in bacteriophage F1. Genetics, 185, pp. 603 - 609 . ISSN: 0016-6731
- Elena,S.F.; Bedhomme,S.; Carrasco,P.; Cuevas,J.M.; de la Iglesia,F.; Lafforgue,G.; Lalic,J.; Pròsper,A.; Tromas,N.; Zwart,M.P. (2011) The evolutionary genetics of emerging plant RNA viruses. Molecular Plant-Microbe Interactions, 24, pp. 287 - 293 . ISSN: 0894-0282
- Cuevas,J.M.; Pereira-Gómez,M.; Sanjuán,R. (2011) Mutation rate of bacteriophage ΦX174 modified through changes in GATC sequence context. Infection Genetics And Evolution, 11, pp. 1820 - 1822 . ISSN: 1567-1348
- Lalic,J.; Cuevas,J.M.; Elena,S.F. (2011) Effect of host species on the distribution of mutational fitness effects for an RNA virus. PLOS genetics, 7, p. e1002378 . ISSN: 1553-7390
- De la Iglesia,F.; Martínez,F.; Hillung,J.; Cuevas,J.M.; Gerrish,P.J.; Daròs,J.A.; Elena,S.F. (2012) Luria-Delbrück estimation of Turnip mosaic potyvirus mutation rate in vivo. Journal of Virology, 86, pp. 3386 - 3388 . ISSN: 0022-538X
- Cuevas,J.M.; Delaunay,A.; Visser,J.C.; Bellstedt,D.U.; Jacquot,E.; Elena,S.F. (2012) Phylogeography and molecular evolution of Potato virus Y. Plos One, 7, p. e37853 . ISSN: 1932-6203
- Hillung,J.; Cuevas,J.M.; Elena,S.F. (2012) Transcript profiling of different Arabidopsis thaliana ecotypes in response to Tobacco etch potyvirus infection. Frontiers In Microbiology, 3, p. 229 . ISSN: 1664-302X
- Cuevas,J.M.; Delaunay,A.; Rupar,M.; Jacquot,E.; Elena,S.F. (2012) Molecular evolution and phylogeography of Potato virus Y based on the CP gene. Journal of General Virology, 93, pp. 2496 - 2501 . ISSN: 0022-1317
- José M. Cuevas; Pilar Domingo-Calap; Rafael Sanjuán (2012) The fitness effects of synonymous mutations in DNA and RNA viruses. Molecular Biology and Evolution, 29, pp. 17 - 20 . ISSN: 0737-4038
- Hillung, J.; Elena, S.F.; Cuevas, J.M. (2013) Intra-specific variability and biological relevance of P3N-PIPO protein length in potyviruses. Bmc Evolutionary Biology, 13, p. 249 . ISSN: 1471-2148
- Hillung, J.; Cuevas, J.M.; Valverde, S.; Elena, S.F. (2014) Experimental evolution of an emerging plant virus in host genotypes that differ in their susceptibility to infection. Evolution, 68, pp. 2467 - 2480 . ISSN: 0014-3820
- Janzac, B.; Willemsen, A.; Cuevas, J.M.; Glais, L.; Tribodet, M.; Verrier, J-L:; Elena, S.F.; Jacquot, E (2015) Brazilian potato virus Y isolates identified as members of a new clade facilitate the reconstruction of evolutionary traits within this species. Plant Pathology, 64, pp. 799 - 807 . ISSN: 0032-0862
- Hillung, J.; Cuevas, J.M.; Elena, S.F (2015) Evaluating the within-host fitness effects of mutations fixed during virus adaptation to different ecotypes of a new host. Philosophical Transactions of the Royal Society of London Series B-Biological Sciences, 370, p. 20140292 . ISSN: 0962-8436
- Cuevas, J.M.; Willemsen, A.; Hillung, J.; Zwart, M.P.; Elena, S.F (2015) Temporal dynamics of intra-host molecular evolution for a plant RNA virus. Molecular Biology and Evolution, 32, pp. 1132 - 1147 . ISSN: 0737-4038
- Hernández-Alonso,P.; Garijo,R.; Cuevas,J.M.; Sanjuán, R (2015) Experimental evolution of an RNA virus in cells with innate immunity defects. Virus Evolution, 1, p. vev008 . ISSN: 2057-1577
- Cuevas, J.M.; Geller, R.; Garijo, R.; López-Aldeguer, J.; Sanjuán, R. (2015) Extremely high mutation rate of HIV-1 in vivo. Plos Biology, 13(9), p. e1002251 . ISSN: 1544-9173
- Geller, R.; Domingo-Calap, P.; Cuevas, J.M.; Rossolillo, P.; Negroni, M.; Sanjuán, R. (2015) The External domains of the HIV-1 envelope are a mutational cold spot. Nature Communications, 6, p. 8571 . ISSN: 2041-1723
- Combe, M.; Garijo, R.; Geller, R.; Cuevas, J.M.; Sanjuán, R. (2015) Single-cell analysis of RNA virus infection identifies multiple genetically diverse viral genomes within single infectious units. Cell Host & Microbe, 18, pp. 424 - 432 . ISSN: 1931-3128
- Cuevas, J. M.; Combe, M.; Torres-Puente, M.; Garijo, R.; Guix, S.; Buesa, J.; Rodríguez, J.; Sanjuán, R. (2016) Human norovirus hyper-mutation revealed by ultra-deep sequencing. Infection Genetics And Evolution, 41, pp. 233 - 239 . ISSN: 1567-1348
- Geller, R.; Estada, U.; Peris, J.B.; Andreu, I.; Bou, J.V.; Garijo, R.; Cuevas, J.M.; Sabariegos, R.; Mas, A.; Sanjuán, R. (2016) Highly heterogeneous mutation rates in the hepatitis C virus genome. Nature Microbiology, 1, p. 16045 . ISSN: 2058-5276
- Garijo, R.; Cuevas, J.M.; Briz, A.; Sanjuán, R. (2016) Constrained evolvability of interferon suppression in an RNA virus. Scientific Reports, 6, p. 24722 . ISSN: 2045-2322
- Hillung, J.; García-García, F.; Dopazo, J.; Cuevas, J.M.; Elena, S.F. (2016) The transcriptomics of an experimentally evolved plant-virus interaction. Scientific Reports, 6, p. 24901 . ISSN: 2045-2322
- Risso-Ballester, J.; Cuevas, J.M.; Sanjuán, R. (2016) Genome-wide estimation of the spontaneous mutation rate of human adenovirus 5 by high-fidelity deep sequencing. PLOS Pathogens, 12, p. e1006013 . ISSN: 1553-7366
- Cuevas, J.M.; Durán-Moreno, M.; Sanjuán, R. (2017) Multi-virion infectious units arise from free viral particles in an enveloped virus. Nature Microbiology, 2, p. 17078 . ISSN: 2058-5276
- Martín,S.; Cuevas,J.M.; Grande-Pérez,A.; Elena,S.F. (2017) A Putative antiviral role of plant cytidine deaminases [version 2; referees: 2 approved]. F1000Research, 6, p. 622 . ISSN: 2046-1402
- Patiño-Galindo,J.A.; Domínguez,F.; Cuevas,M.; Delgado,E.; Sánchez,M.; Pérez-Álvarez,L.; Thomson,M.M.; Sanjuán,R.; González-Candelas,F.; Cuevas,.J.M. (2018) Genome-scale analysis of evolutionary rate and selection in a fast-expanding Spanish cluster of HIV-1 subtype F. Infection Genetics And Evolution, 66, pp. 43 - 47 . ISSN: 1567-1348
- Benito JM; Hillung J; Restrepo C; Cuevas JM; León A.; Ruiz-Mateos E; Palacios-Muñoz R; Górgolas M; Sanjuán R; Rallón N; (2018) Role of APOBEC3H in the Viral Control of HIV Elite Controller Patients. International Journal Of Medical Sciences, 15, pp. 95 - 100 . ISSN: 1449-1907
- María Cebriá-Mendoza; Cristina Arbona; Luís Larrea; Wladimiro Díaz; Vicente Arnau; Carlos Peña; Juan Vicente Bou; Rafael Sanjuán; José M Cuevas (2021) Deep viral blood metagenomics reveals extensive anellovirus diversity in healthy humans. Scientific Reports, 11(6921), pp. 1 - 11 . ISSN: 2045-2322
- María Cebriá-Mendoza; María A. Bracho; Cristina Arbona; Luís Larrea; Wladimiro Díaz; Rafael Sanjuán; José M. Cuevas (2021) Exploring the diversity of the human blood virome. Viruses, 13, p. 2322 . ISSN: 1999-4915
- María Cebriá-Mendoza; Beatriz Beamud; Iván Andreu-Moreno; Cristina Arbona; Luís Larrea; Wladimiro Díaz, Rafael Sanjuán; José M. Cuevas (2023) Human Anelloviruses: influence of demographic factors, recombination, and worldwide diversity. Microbiology Spectrum, 11(3), p. e04928-22 . ISSN: 2165-0497
- María Cebriá-Mendoza; Wladimiro Díaz; Rafael Sanjuán; José M. Cuevas (2024) Optimized recovery of viral DNA and RNA from blood plasma for viral metagenomics. Methods in Molecular Biology, 2732, pp. 155 - 164 . ISSN: 1064-3745
- Corell-Sierra, J.; Marquez-Molins, J.; Marqués, M.C.; Hernandez-Azurdia, A.G.; Montagud-Martínez, R.; Cebriá-Mendoza, M.; Cuevas, J.M.; Albert, E.; Navarro, D.; Rodrigo, G.; Gómez, G. (2024) SARS-CoV-2 remodels the landscape of small non-coding RNAs with infection time and symptom severity. Npj Systems Biology And Applications, 10(41), pp. 1 - 11 . ISSN: 2056-7189
- Buigues,J.; Viñals,A.; Martínez-Recio,R.; Monrós,J.S.; Sanjuán,R.; Cuevas,J.M. (2024) Full-genome sequencing of dozens of new DNA viruses found in Spanish bat feces. Microbiology Spectrum, 12(8), p. e0067524 . ISSN: 2165-0497
- Marc Carrascosa-Sáez; Jaime Buigues; Adrià Viñals; Iván Andreu-Moreno; Raquel Martínez-Recio; Claudia Soriano-Tordera; Juan S. Monrós; José M. Cuevas; Rafael Sanjuán (2024) Genetic diversity and cross‑species transmissibility of bat‑associated picornaviruses from Spain. Virology Journal, 21(193) . ISSN: 1743-422X
- Buigues,J.; Viñals,A.; Martínez-Recio,R.; Monrós,J.S.; Cuevas,J.M.; Sanjuán,R. (2024) Phylogenetic evidence supporting the nonenveloped nature of hepadnavirus ancestors. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 121, p. e2415631121 . ISSN: 0027-8424
- Jaime Buigues; Adrià Viñals; Raquel Martínez-Recio; Juan S. Monrós; Rafael Sanjuán; José M. Cuevas (2024) Complete genomes of DNA viruses in fecal samples from small terrestrial mammals in Spain. Viruses, 16(1885), pp. 1 - 17 . ISSN: 1999-4915
Participations in Conferences
- Cuevas, J.M., Miralles, R., Moya, A., Elena, S.F. 1999. Efecto de la tasa de migración y la estructura poblacional en la adaptación y divergencia del virus de la estomatitis vesicular. . II Congreso de la Sociedad Española de Genética A Coruña. SPAIN.
- Nájera, C., Cuevas, J.M., Espinós, C., Millán, J.M., Ayuso, C., Baiget, M., Beneyto, M. 1999. Prevalence of 2314delG mutation among USH2A patients in the Spanish population. . II Congreso de la Sociedad Española de Genética A Coruña. SPAIN.
- González-Cabo,P., Cuevas,J.M., Nájera,C., Espinós,C., Millán,J.M., Ayuso,C., Beneyto,M. 1999. Mutaciones en el gen de la Miosina VIIA en familias españolas con síndrome de Usher tipo I. . XX Congreso Nacional de Genética Humana Valencia. SPAIN.
- Elena, S.F., Turner, P.E., Cuevas, J.M., Moya, A. 2000. El coste y la especificidad de la adaptación durante la radiación de los virus de RNA a nuevos huéspedes. . XIII Seminario de Genética de Poblaciones y Evolución Baiona. SPAIN.
- Cuevas, J.M., Elena, S.F., Moya, A. 2001. Evolutionary convergence in experimental populations of RNA viruses. . VIII Congress of the European Society for Evolutionary Biology Aarhus. DENMARK.
- Cuevas, J.M., Moya, A., Elena, S.F. 2001. Efecto de la tasa de migración y la heterogeneidad de hospedador en la adaptación y divergencia del virus de la estomatitis vesicular. . VII Congreso Nacional de Virología Valencia. SPAIN.
- Codoñer, F.M., Cuevas, J.M., Sánchez-Navarro, J.A., Pallás, V., Elena, S.F. 2003. Molecular evolution and taxonomic relationships in the family bromoviridae based on RNA-3 coding genes. . IX Congress of the European Society for Evolutionary Biology Leeds. UNITED KINGDOM.
- Cuevas, J.M., Moya, A., Elena, S.F. 2003. Dinámicas adaptativas de los virus de RNA en presencia de antivirales. . VIII Congreso Nacional de Virología Barcelona. SPAIN.
- Codoñer, F.M., Cuevas, J.M., Sánchez-Navarro, J.A., Pallás, V., Elena, S.F. 2003. Evolución molecular y relaciones taxonómicas de la familia Bromoviridae basadas en las proteínas codificadas por el RNA-3. . VIII Congreso Nacional de Virología Barcelona. SPAIN.
- Cuevas, J.M., Moya, A., Sanjuán, R. 2004. Fitness measures of single viral particles. . Second european congress of virology-Eurovirology 2004 Madrid. SPAIN.
- Cuevas, J.M., Sanjuán, R., Moya, A. 2004. Growth parameters of single RNA viral particles. . Experimental Evolution Workshop Friburgo. SWITZERLAND.
- Cuevas, J.M., Moya, A., Sanjuán, R. 2004. Componentes de eficacia en clones biológicos de virus de RNA. . XV Seminario de Genética de Poblaciones y Evolución Sigüenza. SPAIN.
- Cuevas J.M., Sanjuán R, Furió V y Moya A. 2005. Evidencia experimental de selección de grupo en virus de RNA. . Congreso de la Sociedad Española de Genética Roquetas de Mar. SPAIN.
- Carrillo,F.Y.;Sanjuán,R.;Moya,A.;Cuevas,J.M. 2005. Dinámicas de infección múltiple en virus de RNA. . Congreso de la Sociedad Española de Genética. SEG2005 Roquetas de Mar-Almería. SPAIN.
- Cuevas J.M., Sanjuán R., Furió V., Holmes E.C., Moya A. 2006. Replication of RNA virases at high mutation rates leads to survival of the flattest. . The 2006 Noble Foundation Workshop in Virus Evolution Ardmore. UNITED STATES.
- Cuevas J.M., Sanjuán R., Furió V., Holmes E.C., Moya A. 2006. La mutagéneis química favorece la robustez mutacional de un virus de RNA. . XVI Seminario de Genética de Poblaciones y Evolución Sant Feliu de Guíxols. SPAIN.
- Sanjuán R., Cuevas J.M., Furió V., Holmes E.C., Moya A. 2007. La mutagéneis química favorece la robustez mutacional en virus de RNA. . IX Congreso Nacional de Virología Zaragoza. SPAIN.
- Ruiz A., Cuevas J.M. 2007. The evolutionary effect of bottleneck and mass passage on RNA viral fitness. . 2007 Summer Symposium (Minority Science Programs, MSP) Irvine. UNITED STATES.
- Cuevas J.M., Carrillo F.Y.E., Sanjuán R., Moya A. 2007. Incremento en la capacidad adaptativa de un virus de ARN en presencia de un virus de ADN. . XXXVI Congreso de la Sociedad Española de Genética León. SPAIN.
- Cuevas J.M., Carrillo F.Y.E., Sanjuán R., Moya A. 2007. Evidencia experimental del incremento en la capacidad adaptativa de un virus de ARN en presencia de un virus de ADN. . I Congreso de la Sociedad Española de Biología Evolutiva Tarragona. SPAIN.
- Cuevas, J.M.; Torres-Puente, M.; Jiménez, N.; Bracho, M.A.; García-Robles, I.; Carnicer, F.; del Olmo, J.; Ortega, E.; Moya, A.; González-Candelas, F. 2007. Patrones de evolución molecular en un estudio epidemiológico del virus de la hepatitis C. . IX Congreso Nacional de Virología Zaragoza. SPAIN.
- Ruiz A., Cuevas J.M. 2007. The evolutionary effect of bottleneck and massive passages on RNA viral fitness. . Sigma Xi Annual Meeting and Student Research Conference Orlando. UNITED STATES.
- González-Candelas, F.; Sentandreu,V:; Cuevas,J.M.; Bracho, M.A.; Amadoz, A.; Torres-Puente, M.; Jimémez, N.; López-Labrador, F.X.; Moya, A. 2008. Genetic variation and evolution in the envelope genes of hepatitis C virus. . Workshop "Evolution in Health and Disease", Instituto Gulbenkian de Ciencia Oeiras. PORTUGAL.
- Cuevas, J.M.; Torres-Puente, M.; Jiménez-Hernández, N.; Bracho, M.A.; García-Robles, I.; González-Candelas, F.; Moya A. 2008. Multiple adaptive strategies in the adaptation of hepatitis C virus to antiviral therapies. . XVII Seminario de Genética de Poblaciones y Evolución Ribadesella, Asturias. SPAIN.
- González-Candelas, F.; Sentandreu, V.; Cuevas, J.M.; Torres-Puente, M.; Bracho, M.A.; Moya A. 2008. Adaptive evolution of Hepatitis C virus within and between patients. . EPIDEMICS1, First International Conference on Infectious Disease Dynamics Asilomar, California. UNITED STATES.
- Ruiz A., Cuevas J.M. 2008. Bottleneck and massive passage dynamics promote drastic variations on RNA viral fitness. . 2008 AAAS Annual Meeting Boston. UNITED STATES.
- Cuevas J.M., Torres-Puente M., González-Candelas F., Moya A., Sanjuán R. 2008. In-vivo mutation rate of hepatitis C virus (HCV). . Annual Meeting of the Society for Molecular Biology and Evolution Barcelona. SPAIN.
- Gonzalez M., Cuevas J.M. 2008. The role of positive selection on hepatitis C virus (HCV). . Annual Biomedical Research Conference for Minority Students Orlando. UNITED STATES.
- Domingo P., Cuevas J.M., Sanjuán R. 2008. Diferencias de robustez entre virus de ADN y ARN. . XVII Seminario de Genética de Poblaciones y Evolución Ribadesella. SPAIN.
- Cuevas, J.M.; González-Candelas, F.; Moya, A.; Sanjuán, R. 2009. The contribution of RNA secondary structure to the genetic variability and evolution of Hepatitis C virus. . Conférences Jacques-Monod: Understanding Emergence of Infectious Diseases: Focus on New Experimental and Theoretical Approaches to Virus Evolution Roscoff. FRANCE.
- Cuevas J.M., González-Candelas F., Moya A., Sanjuán R. 2009. Contribución de la estructura secundaria del ARN a la variabilidad genética y evolución del virus de la hepatitis C (VHC). . II Congreso de la Sociedad Española de Biología Evolutiva Valencia. SPAIN.
- Lalic, J.; Pròsper, A.; Cuevas, J.M.; Elena, S.F. 2010. Evaluating the distribution of mutational fitness effects for Tobacco etch potyvirus across host species. . X Jornada de Virologia Barcelona. SPAIN.
- Cuevas, J.M.; Grande, A.; Martín, S.; de la Iglesia, F.; Elena, S.F. 2011. Importancia de las citidina-desaminasas como agente mutagénico en virus de plantas. . XI Congreso Nacional de Virología Granada. SPAIN.
- Lalic, J.; Pròsper, A.; Cuevas, J.M.; Elena, S.F. 2011. Evaluating the distributions of mutational fitness effects and epistasis for Tobacco etch potyvirus across host species. . XI Congreso Nacional de Virología Granada. SPAIN.
- Hillung, J.; de la Iglesia, F.; Cuevas, J.M.; Elena, S.F. 2011. Cuantificación de la infección primaria en un sistema experimental virus-planta. . XI Congreso Nacional de Virología Granada. SPAIN.
- Lalic, J.; Cuevas, J.M.; Elena, S.F. 2011. Evaluating the distribution of mutational fitness effects of a plant RNA virus across different host species. . 4th Congress of European Microbiologists (FEMS 2011) Ginebra. SWITZERLAND.
- Hillung, J.; Cuevas, J.M.; Elena, S.F. 2013. Some Ecotypes of Arabidopsis thaliana favor local adaptation of Tobacco etch potyvirus while others select for generalist viruses. . XII Congreso Nacional de Virología Burgos. SPAIN.
- Hillung, J.; García-García, F.; Cuevas, J.M.; Elena, S.F. 2014. The effect of genetic diversity of the host species on the adaptation of an emerging plant RNA virus. . From emerging to pandemic viruses: interplay between host ecology and viral evolution Roscoff. FRANCE.
- Hillung, J.; García-García, F.; Cuevas, J.M.; Elena, S.F. 2014. The Role of genetic diversity of the host species on the adaptation of an emerging plant RNA virus. . 1st ASM Conference on Experimental Microbial Evolution Washington. UNITED STATES.
- J.M. Cuevas Torrijos; R. Geller; R. Garijo Olmo; F. Parras Vázquez; I. Viciana; R. Pelazas; J. López-Aldeguer; R. Sanjuán. 2015. Apobec es el principal determinante in vivo de la tasa de mutación de VIH-1. . VII Congreso Nacional GeSIDA Madrid. SPAIN.
- Elena, S.F., Hillung, J., Cuevas, J.M., García-García, F., Dopazo, J. 2016. The Transcriptomics of an experimentally evolved plant-virus gene-for-gene interaction. . Evolutionary Systems Biology: From Model Organisms to Human Disease Cambridge. UNITED KINGDOM.
- Risso, J., Cuevas, J.M., Sanjuán, R. 2017. Genome-wide estimation of the spontaneous mutation rate of human adenovirus 5 by high-fidelity deep sequencing. . XIV Congreso Nacional de Virología Cádiz. SPAIN.
- Patiño-Galindo, J.A., Domínguez, F., Cuevas, M.T., Delgado, E., Sánchez, M., Pérez-Álvarez, L., Thomson, M.M., Sanjuán, R., González-Candelas, F., Cuevas, J.M. 2017. Genome-scale analysis of evolutionary rate and selection in a fast-expanding Spanish cluster of HIV-1 subtype F. . XIV Congreso Nacional de Virología Cádiz. SPAIN.
- Cuevas, J.M., Benito, J.M., Hillung, J., Restrepo, C., León, A., Ruiz-Mateos, E., Palacios-Muñoz, R., Górgolas, M., Sanjuán, R., Rallón, N. 2017. A3H member of APOBEC3 restriction factors family is not involved in the viral control observed in Elite controller subjects. . XIV Congreso Nacional de Virología Cádiz. SPAIN.
- Cuevas, J.M., Durán-Moreno, M., Sanjuán, R. 2017. Emergence of multi-virion infectious units from free viral particles in an enveloped virus. . XIV Congreso Nacional de Virología Cádiz. SPAIN.
- Benito, J.M., Hillung, J., Restrepo, C., Cuevas, J.M., León, A., Ruiz-Mateos, E., Palacios-Muñoz, R., Górgolas, M., Sanjuán, R., Rallón, N. 2017. Papel del APOBEC3H en el control viral de los pacientes infectados por VIH controladores de élite. . IX Congreso Nacional GeSIDA Vigo. SPAIN.
- Pilar Domingo-Calap, Ernesto Segredo, María Durán, Iván Andreu, Jose Manuel Cuevas, Rafael Sanjuán. 2018. Virus-virus interactions driven by innate immune responses. . Viruses 2018 - Breakthroughs in Viral Replication Barcelona. SPAIN.
- Cebriá-Mendoza, M.; Arbona, C.; Larrea, L.; Cuevas, J.M. 2019. Setting up blood virome characterization. . XV Congreso Nacional de Virología Barcelona. SPAIN.
- Cebriá-Mendoza, M.; Arbona, C.; Larrea, L.; Díaz, W.; Bracho, M.A.; Sanjuán, R.; Cuevas, J.M. 2021. Exploring the diversity of orphan viruses in human blood. . 23rd Annual Conference of the European Society for Clinical Virology UNITED KINGDOM.
- Cebriá-Mendoza, M.; Arbona, C.; Larrea, L.; Díaz, W.; Bracho, M.A.; Sanjuán, R.; Cuevas, J.M. 2021. Deciphering the healthy human blood virome. . Virus Genomics and Evolution UNITED KINGDOM.
- Buigues, J.; Viñals, A.; Martínez-Recio, R.; Monrós, J.S.; Sanjuán, R.; Cuevas, J.M. 2024. Viromics from bat faecal samples reveals a new viral sequence on the borderline between hepadnaviruses and nackednaviruses. . XVII Congreso Nacional de Virología Santiago de Compostela. SPAIN.
Projects
- Investigación de genes implicados en familias españolas con síndrome de Usher y relación con fenotipo. 1998 - 2000. Fondo de Investigaciones Sanitarias. . PI: María Magdalena Beneyto Juan.
- Variabilidad genética de virus de RNA: bases moleculares y cuantificación de ganancias de eficacia biológica. 1998 - 2000. Ministerio de Ciencia y Tecnología, Dirección General de Investigación. . PI: Andrés Moya Simarro.
- Epidemiología molecular de enfermedades de alta prevalencia: estudio a gran escala del virus de la hepatitis C en la Comunidad Valenciana. 2000 - 2002. fondos feder. . PI: Andrés Moya Simarro.
- Evolución adaptativa y variabilidad genética en las coinfecciones virales. 2001 - 2004. Ministerio de Ciencia y Tecnología. . PI: Andrés Moya Simarro.
- Efecto de las epistasias y la complejidad genómica en las dinámicas evolutivas virales. 2002 - 2003. Conselleria de Cultura, Educació i Ciència. Generalitat Valenciana. . PI: Santiago F. Elena Fito.
- Genética evolutiva. 2003 - 2005. Agencia Valenciana de Ciencia y Tecnología. . PI: Andrés Moya Simarro.
- An Experimental and phylogenetic approach to understanding RNA virus evolution. 2003 - 2006. The Wellcome Trust. . PI: Edward C. Holmes.
- Efecto de los compromisos sobre la eficacia biológica de los virus de RNA. 2006 - 2008. Ministerio de Educación y Ciencia. . PI: Andrés Moya Simarro.
- CIBER de epidemiología y salud pública. 2006 - 2010. Instituto de Salud Carlos III, Fondo de Investigación Sanitaria (FIS).. . PI: Andrés Moya Simarro.
- Efecto de los compromisos sobre la eficacia biológica de los virus de RNA: ayuda complementaria. 2007 - 2007. Conselleria d'Empresa, Universitat i Ciència. . PI: Andrés Moya Simarro.
- Métodos estadísticos para el análisis de la microbiota intestinal. 2008 - 2008. Generalitat Valenciana. . PI: Juan José Abellán.
- Importancia de la pleiotropía antagonista en la evolución de virus de ARN. 2008 - 2008. Generalitat Valenciana. . PI: José Manuel Cuevas Torrijos.
- Propiedades genómicas que influyen sobre la capacidad evolutiva de las poblaciones. 2009 - 2011. Ministerio de Ciencia e Innovación. . PI: Rafael Sánjuán Verdeguer.
- Epidemiología molecular y genómica de enfermedades infecciosas. 2006 - 2006. Conselleria de Sanitat. Generalitat Valenciana. . PI: Andrés Moya , Amparo Latorre, Fernando González.
- Epidemiología molecular y genómica de enfermedades infecciosas. 2007 - 2007. Conselleria de Sanitat. Generalitat Valenciana. . PI: Andrés Moya, Amparo Latorre, Fernando González.
- Estudio genético epidemiológico de enfermedades infecciosas y genética bacteriana. 2008 - 2008. Conselleria de Sanitat. Generalitat Valenciana. . PI: Andrés Moya, Amparo Latorre, Fernando González.
- Biología evolutiva y de sistemas de la emergencia de fitovirus de RNA. 2010 - 2012. Ministerio de Ciencia e Innovación. . PI: Santiago Francisco Elena Fito.
- Variabilidad y evolución de las tasas de mutación en virus de RNA. 2012 - 2013. Ministerio de Ciencia e Innovación. . PI: Rafael Sanjuán Verdeguer.
- Variability in the mutation rate of RNA viruses. 2012 - 2016. European Research Council. . PI: Rafael Sanjuán Verdeguer.
- Regulación de la tasa de mutación en virus. 2014 - 2016. Ministerio de Ciencia e Innovación. . PI: Rafael Sanjuán Verdeguer.
- Collective Infectious Units and the Social Evolution of Viruses. 2017 - 2022. European Research Council. . PI: Rafael Sanjuán Verdeguer.
- Red de SIDA (Inmunopatogenia del VIH y desarrollo de vacunas). 2013 - 2016. Instituto de Salud Carlos III. . PI: Rafael Sanjuán Verdeguer.
- Evolución y Salud. Evolución experimental y resistencia a antibióticos y antivirales. 2016 - 2019. Generalitat Valenciana. . PI: Fernando González Candelas.
- Caracterización del viroma de sangre mediante ultra-secuenciación en población española: una estrategia de vigilancia frente a potenciales virus emergentes. 2018 - 2021. Ministerio de Economía, Industria y Competitividad. . PI: José Manuel Cuevas Torrijos.
- Influence of demographic variables on human blood virome. 2021 - 2022. Generalitat Valenciana. Conselleria d´Innovació, Universitats, Ciència, i Societat Digital. . PI: José Manuel Cuevas Torrijos, Rafael Sanjuán Verdeguer.
- Zoonosis virales: virómica, evolución y análisis experimental. 2021 - 2024. Ministerio de Ciencia e Innovación. . PI: Rafael Sanjuán Verdeguer, José Manuel Cuevas Torrijos.
- Investigation of potentially zoonotic RNA viruses: from viral discovery to functional characterization. 2023 - 2025. Generalitat Valenciana. . PI: Rafael Sanjuán Verdeguer.
Thesis, minor thesis and research reports
- Carrillo Cruz, Francy Yolima Elizabeth, (2008). Dinámica experimental de infecciones múltiples del virus de la estomatitis vesicular (VSV). (Doctoral Thesis). Universitat de València..
- Peris Martínez, Joan Baptista, (2009). Efectos de las mutaciones puntuales en un virus de DNA. (Master Thesis). Universitat de València..
- Hillung, J, (2015). La Emergencia viral como consecuencia de la interacción entre las variabilidades genética del virus y huésped. (Doctoral Thesis). Universitat de València..
- Noemí Daroqui Chafé, (2018). Optimización de un protocolo experimental para la caracterización del viroma en sangre mediante ultrasecuenciación. (Final Degree work). Universitat de València..
- Betlem Alcàntara Garrido, (2018). Ultrasecuenciación de viroma en plasma como herramienta de vigilancia epidemiológica frente a posibles virus emergentes en España. (Final Degree work). Universitat de València..
- Jon Ánder Vidal, (2018). Diseño de un protocolo experimental para análisis de viroma en plasma de donantes sanos. (Master Thesis). Universitat de València..
- María Cebriá Mendoza, (2022). Caracterización del viroma en plasma de donantes de sangre. (Doctoral Thesis). Universitat de València..
- Alfonso Sevillano Lozano, (2022). Estudio del potencial emergente y tropismo de miembros de la familia Arenaviridae. (Master Thesis). Universitat de València..
- Miguel Sánchez Sánchez, (2022). Estragegias de vigilancia frente a potenciales virus emergentes en pacientes con estado febril de etiología desconocida. (Final Degree work). Universitat de València..
- Vicente Mir Cerezo, (2022). Búsqueda de virus emergentes en la naturaleza como potencial origen de futuras pandemias. (Final Degree work). Universitat de València..
- Lucía Martín Gutiérrez, (2022). Prevención de pandemias. (Final Degree work). Universitat de València..
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