JOSE MANUEL CUEVAS TORRIJOS
PDI-Titular d'Universitat
PDI-Titular d'Universitat
Knowledge area: GENETICS
Department: Genetics
Department: Genetics
Institute for Integrative Systems Biology
Floor 1, Office 1.1.2
(9635) 43667
(9635) 43667
Subjects taught and teaching methods
| 33047 - Genetics - Degree in Biology | Computer Classroom, Theory, Tutoring |
| 33159 - Degree final project in biochemistry and biomedical sciences - Degree in Biochemistry and Biomedical Sciences | Work end of studies |
| 33824 - Degree Final Project in Biologia - Degree in Biology | Work end of studies |
| 46467 - Virología General - Master’s Degree in Virology | Theory |
| 46472 - Métodos en Virología - Master’s Degree in Virology | Computer Classroom, Theory |
| 46474 - Master's final project - Master’s Degree in Virology | Work end of studies |
Tutorials
| Anual |
| Monday de 09:00 a 10:30. DESPATX 1.1.2. I2SYSBIO |
| Anual |
| Wednesday de 09:00 a 10:30. DESPATX 1.1.2. I2SYSBIO |
| Observations |
| You participate in the electronic tutoring program of the Universitat de València |
Academic training
- Biological Sciences (Biochemistry). Facultad de Ciencias Biológicas. 25/08/1997 (Diploma / Degree / Activities).
- Master Thesis. Facultad de Ciencias Biológicas (Universitat de València). 16/07/1999 (Diploma / Degree / Activities).
- Postgrade in Molecular and Evolutionary Genetics. Facultad de Ciencias Biológicas (Universitat de València). 10/2000 (Diploma / Degree / Activities).
- Postgrade in Statistics applied to health Sciences. Universidad Nacional de Educación a Distancia (UNED). 06/2005 (Diploma / Degree / Activities).
Journal Publications
- Hillung, J.; Elena, S.F.; Cuevas, J.M. (2013) Intra-specific variability and biological relevance of P3N-PIPO protein length in potyviruses. Bmc Evolutionary Biology, 13, p. 249 . ISSN: 1471-2148
- Hillung, J.; Cuevas, J.M.; Valverde, S.; Elena, S.F. (2014) Experimental evolution of an emerging plant virus in host genotypes that differ in their susceptibility to infection. Evolution, 68, pp. 2467 - 2480 . ISSN: 0014-3820
- Janzac, B.; Willemsen, A.; Cuevas, J.M.; Glais, L.; Tribodet, M.; Verrier, J-L:; Elena, S.F.; Jacquot, E (2015) Brazilian potato virus Y isolates identified as members of a new clade facilitate the reconstruction of evolutionary traits within this species. Plant Pathology, 64, pp. 799 - 807 . ISSN: 0032-0862
- Hillung, J.; Cuevas, J.M.; Elena, S.F (2015) Evaluating the within-host fitness effects of mutations fixed during virus adaptation to different ecotypes of a new host. Philosophical Transactions of the Royal Society of London Series B-Biological Sciences, 370, p. 20140292 . ISSN: 0962-8436
- Cuevas, J.M.; Willemsen, A.; Hillung, J.; Zwart, M.P.; Elena, S.F (2015) Temporal dynamics of intra-host molecular evolution for a plant RNA virus. Molecular Biology and Evolution, 32, pp. 1132 - 1147 . ISSN: 0737-4038
- Hernández-Alonso,P.; Garijo,R.; Cuevas,J.M.; Sanjuán, R (2015) Experimental evolution of an RNA virus in cells with innate immunity defects. Virus Evolution, 1, p. vev008 . ISSN: 2057-1577
- Cuevas, J.M.; Geller, R.; Garijo, R.; López-Aldeguer, J.; Sanjuán, R. (2015) Extremely high mutation rate of HIV-1 in vivo. Plos Biology, 13(9), p. e1002251 . ISSN: 1544-9173
- Geller, R.; Domingo-Calap, P.; Cuevas, J.M.; Rossolillo, P.; Negroni, M.; Sanjuán, R. (2015) The External domains of the HIV-1 envelope are a mutational cold spot. Nature Communications, 6, p. 8571 . ISSN: 2041-1723
- Combe, M.; Garijo, R.; Geller, R.; Cuevas, J.M.; Sanjuán, R. (2015) Single-cell analysis of RNA virus infection identifies multiple genetically diverse viral genomes within single infectious units. Cell Host & Microbe, 18, pp. 424 - 432 . ISSN: 1931-3128
- Cuevas, J.M.; Combe, M.; Torres-Puente, M.; Garijo, R.; Guix, S.; Buesa, J.; Rodríguez, J.; Sanjuán, R. (2016) Human norovirus hyper-mutation revealed by ultra-deep sequencing. Infection Genetics And Evolution, 41, pp. 233 - 239 . ISSN: 1567-1348
- Geller, R.; Estada, U.; Peris, J.B.; Andreu, I.; Bou, J.V.; Garijo, R.; Cuevas, J.M.; Sabariegos, R.; Mas, A.; Sanjuán, R. (2016) Highly heterogeneous mutation rates in the hepatitis C virus genome. Nature Microbiology, 1, p. 16045 . ISSN: 2058-5276
- Garijo, R.; Cuevas, J.M.; Briz, A.; Sanjuán, R. (2016) Constrained evolvability of interferon suppression in an RNA virus. Scientific Reports, 6, p. 24722 . ISSN: 2045-2322
- Hillung, J.; García-García, F.; Dopazo, J.; Cuevas, J.M.; Elena, S.F. (2016) The transcriptomics of an experimentally evolved plant-virus interaction. Scientific Reports, 6, p. 24901 . ISSN: 2045-2322
- Risso-Ballester, J.; Cuevas, J.M.; Sanjuán, R. (2016) Genome-wide estimation of the spontaneous mutation rate of human adenovirus 5 by high-fidelity deep sequencing. PLOS Pathogens, 12, p. e1006013 . ISSN: 1553-7366
- Cuevas, J.M.; Durán-Moreno, M.; Sanjuán, R. (2017) Multi-virion infectious units arise from free viral particles in an enveloped virus. Nature Microbiology, 2, p. 17078 . ISSN: 2058-5276
- Martín,S.; Cuevas,J.M.; Grande-Pérez,A.; Elena,S.F. (2017) A Putative antiviral role of plant cytidine deaminases [version 2; referees: 2 approved]. F1000Research, 6, p. 622 . ISSN: 2046-1402
- Patiño-Galindo,J.A.; Domínguez,F.; Cuevas,M.; Delgado,E.; Sánchez,M.; Pérez-Álvarez,L.; Thomson,M.M.; Sanjuán,R.; González-Candelas,F.; Cuevas,.J.M. (2018) Genome-scale analysis of evolutionary rate and selection in a fast-expanding Spanish cluster of HIV-1 subtype F. Infection Genetics And Evolution, 66, pp. 43 - 47 . ISSN: 1567-1348
- Benito JM; Hillung J; Restrepo C; Cuevas JM; León A.; Ruiz-Mateos E; Palacios-Muñoz R; Górgolas M; Sanjuán R; Rallón N; (2018) Role of APOBEC3H in the Viral Control of HIV Elite Controller Patients. International Journal Of Medical Sciences, 15, pp. 95 - 100 . ISSN: 1449-1907
- María Cebriá-Mendoza; Cristina Arbona; Luís Larrea; Wladimiro Díaz; Vicente Arnau; Carlos Peña; Juan Vicente Bou; Rafael Sanjuán; José M Cuevas (2021) Deep viral blood metagenomics reveals extensive anellovirus diversity in healthy humans. Scientific Reports, 11(6921), pp. 1 - 11 . ISSN: 2045-2322
- María Cebriá-Mendoza; María A. Bracho; Cristina Arbona; Luís Larrea; Wladimiro Díaz; Rafael Sanjuán; José M. Cuevas (2021) Exploring the diversity of the human blood virome. Viruses, 13, p. 2322 . ISSN: 1999-4915
- María Cebriá-Mendoza; Beatriz Beamud; Iván Andreu-Moreno; Cristina Arbona; Luís Larrea; Wladimiro Díaz, Rafael Sanjuán; José M. Cuevas (2023) Human Anelloviruses: influence of demographic factors, recombination, and worldwide diversity. Microbiology Spectrum, 11(3), p. e04928-22 . ISSN: 2165-0497
Participations in Conferences
- Hillung, J.; Cuevas, J.M.; Elena, S.F. (2013). Some Ecotypes of Arabidopsis thaliana favor local adaptation of Tobacco etch potyvirus while others select for generalist viruses. (Poster). XII Congreso Nacional de Virología Virología, Publicación Oficial de la Sociedad Española de Virología; Volumen 16, Núm 2/2013 . Burgos . SPAIN
- Hillung, J.; García-García, F.; Cuevas, J.M.; Elena, S.F. (2014). The effect of genetic diversity of the host species on the adaptation of an emerging plant RNA virus. (Poster). From emerging to pandemic viruses: interplay between host ecology and viral evolution . Roscoff . FRANCE
- Hillung, J.; García-García, F.; Cuevas, J.M.; Elena, S.F. (2014). The Role of genetic diversity of the host species on the adaptation of an emerging plant RNA virus. (Poster). 1st ASM Conference on Experimental Microbial Evolution . Washington . UNITED STATES
- J.M. Cuevas Torrijos; R. Geller; R. Garijo Olmo; F. Parras Vázquez; I. Viciana; R. Pelazas; J. López-Aldeguer; R. Sanjuán (2015). Apobec es el principal determinante in vivo de la tasa de mutación de VIH-1. (Poster). VII Congreso Nacional GeSIDA Enfermedades infecciosas y microbiología clínica. 2015. vol. 33: 15 . Madrid . SPAIN
- Elena, S.F., Hillung, J., Cuevas, J.M., García-García, F., Dopazo, J. (2016). The Transcriptomics of an experimentally evolved plant-virus gene-for-gene interaction. (Paper). Evolutionary Systems Biology: From Model Organisms to Human Disease . Cambridge . UNITED KINGDOM
- Risso, J., Cuevas, J.M., Sanjuán, R. (2017). Genome-wide estimation of the spontaneous mutation rate of human adenovirus 5 by high-fidelity deep sequencing. (Poster). XIV Congreso Nacional de Virología Virología, Publicación Oficial de la Sociedad Española de Virología; Volumen 20, Núm 1/2017 EXTRAORDINARIO . Cádiz . SPAIN
- Patiño-Galindo, J.A., Domínguez, F., Cuevas, M.T., Delgado, E., Sánchez, M., Pérez-Álvarez, L., Thomson, M.M., Sanjuán, R., González-Candelas, F., Cuevas, J.M. (2017). Genome-scale analysis of evolutionary rate and selection in a fast-expanding Spanish cluster of HIV-1 subtype F. (Poster). XIV Congreso Nacional de Virología Virología, Publicación Oficial de la Sociedad Española de Virología; Volumen 20, Núm 1/2017 EXTRAORDINARIO . Cádiz . SPAIN
- Cuevas, J.M., Benito, J.M., Hillung, J., Restrepo, C., León, A., Ruiz-Mateos, E., Palacios-Muñoz, R., Górgolas, M., Sanjuán, R., Rallón, N. (2017). A3H member of APOBEC3 restriction factors family is not involved in the viral control observed in Elite controller subjects. (Poster). XIV Congreso Nacional de Virología Virología, Publicación Oficial de la Sociedad Española de Virología; Volumen 20, Núm 1/2017 EXTRAORDINARIO . Cádiz . SPAIN
- Cuevas, J.M., Durán-Moreno, M., Sanjuán, R. (2017). Emergence of multi-virion infectious units from free viral particles in an enveloped virus. (Poster). XIV Congreso Nacional de Virología Virología, Publicación Oficial de la Sociedad Española de Virología; Volumen 20, Núm 1/2017 EXTRAORDINARIO . Cádiz . SPAIN
- Benito, J.M., Hillung, J., Restrepo, C., Cuevas, J.M., León, A., Ruiz-Mateos, E., Palacios-Muñoz, R., Górgolas, M., Sanjuán, R., Rallón, N. (2017). Papel del APOBEC3H en el control viral de los pacientes infectados por VIH controladores de élite. (Poster). IX Congreso Nacional GeSIDA Enfermedades infecciosas y Microbiología Clínica Volumen 35, Especial Congreso 3, Noviembre 2017 . Vigo . SPAIN
- Pilar Domingo-Calap, Ernesto Segredo, María Durán, Iván Andreu, Jose Manuel Cuevas, Rafael Sanjuán (2018). Virus-virus interactions driven by innate immune responses. (Paper). Viruses 2018 - Breakthroughs in Viral Replication . Barcelona . SPAIN
- Cebriá-Mendoza, M.; Arbona, C.; Larrea, L.; Cuevas, J.M. (2019). Setting up blood virome characterization. (Poster). XV Congreso Nacional de Virología . Barcelona . SPAIN
- Cebriá-Mendoza, M.; Arbona, C.; Larrea, L.; Díaz, W.; Bracho, M.A.; Sanjuán, R.; Cuevas, J.M. (2021). Exploring the diversity of orphan viruses in human blood. (Poster). 23rd Annual Conference of the European Society for Clinical Virology . UNITED KINGDOM
- Cebriá-Mendoza, M.; Arbona, C.; Larrea, L.; Díaz, W.; Bracho, M.A.; Sanjuán, R.; Cuevas, J.M. (2021). Deciphering the healthy human blood virome. (Poster). Virus Genomics and Evolution . UNITED KINGDOM
Projects
- Variabilidad y evolución de las tasas de mutación en virus de RNA (Codi sense especificar). 2012 - 2013. Ministerio de Ciencia e Innovación. . PI: Rafael Sanjuán Verdeguer.
- Variability in the mutation rate of RNA viruses (Codi sense especificar). 2012 - 2016. European Research Council. . PI: Rafael Sanjuán Verdeguer.
- Regulación de la tasa de mutación en virus (). 2014 - 2016. Ministerio de Ciencia e Innovación. . PI: Rafael Sanjuán Verdeguer.
- Collective Infectious Units and the Social Evolution of Viruses (). 2017 - 2022. European Research Council. . PI: Rafael Sanjuán Verdeguer.
- Red de SIDA (Inmunopatogenia del VIH y desarrollo de vacunas) (). 2013 - 2016. Instituto de Salud Carlos III. . PI: Rafael Sanjuán Verdeguer.
- Evolución y Salud. Evolución experimental y resistencia a antibióticos y antivirales (). 2016 - 2019. Generalitat Valenciana. . PI: Fernando González Candelas.
- Caracterización del viroma de sangre mediante ultra-secuenciación en población española: una estrategia de vigilancia frente a potenciales virus emergentes (). 2018 - 2021. Ministerio de Economía, Industria y Competitividad. . PI: José Manuel Cuevas Torrijos.
- Influence of demographic variables on human blood virome (Proyectos de investigación para potenciar los grupos de investigación consolidados). 2021 - 2022. Generalitat Valenciana. Conselleria d´Innovació, Universitats, Ciència, i Societat Digital. . PI: José Manuel Cuevas Torrijos, Rafael Sanjuán Verdeguer.
- Zoonosis virales: virómica, evolución y análisis experimental (Programa Nacional de Promoción General del Conocimiento). 2021 - 2024. Ministerio de Ciencia e Innovación. . PI: Rafael Sanjuán Verdeguer, José Manuel Cuevas Torrijos.
- Investigation of potentially zoonotic RNA viruses: from viral discovery to functional characterization (). 2023 - 2025. Generalitat Valenciana. . PI: Rafael Sanjuán Verdeguer.
Thesis, minor thesis and research reports
- Hillung, J, (2015). La Emergencia viral como consecuencia de la interacción entre las variabilidades genética del virus y huésped. (Doctoral Thesis). Universitat de València..
- Noemí Daroqui Chafé, (2018). Optimización de un protocolo experimental para la caracterización del viroma en sangre mediante ultrasecuenciación. (Final Degree work). Universitat de València..
- Betlem Alcàntara Garrido, (2018). Ultrasecuenciación de viroma en plasma como herramienta de vigilancia epidemiológica frente a posibles virus emergentes en España. (Final Degree work). Universitat de València..
- Jon Ánder Vidal, (2018). Diseño de un protocolo experimental para análisis de viroma en plasma de donantes sanos. (Master Thesis). Universitat de València..
- María Cebriá Mendoza, (2022). Caracterización del viroma en plasma de donantes de sangre. (Doctoral Thesis). Universitat de València..
- Alfonso Sevillano Lozano, (2022). Estudio del potencial emergente y tropismo de miembros de la familia Arenaviridae. (Master Thesis). Universitat de València..
- Miguel Sánchez Sánchez, (2022). Estragegias de vigilancia frente a potenciales virus emergentes en pacientes con estado febril de etiología desconocida. (Final Degree work). Universitat de València..
- Vicente Mir Cerezo, (2022). Búsqueda de virus emergentes en la naturaleza como potencial origen de futuras pandemias. (Final Degree work). Universitat de València..
- Lucía Martín Gutiérrez, (2022). Prevención de pandemias. (Final Degree work). Universitat de València..
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