Las líneas de investigación del Programa de Doctorado se clasifican en los siguientes grupos:
· Prehistoria y Arqueología
· Arte y simbolismo de la Prehistoria Mediterránea Occidental
· Las transiciones en el Paleolítico Mediterráneo Occidental: aspectos culturales, económicos y paleoambientales
· La transición Neolítica en el Mediterráneo Occidental y sus consecuencias
· Arqueología del territorio/paisaje (en común con la arqueología)
· Bioarqueología
· Arqueología clásica
· Arqueología ibérica
· Arqueología Fenicia y Púnica
· Numismática antigua
· Historia antigua
· Etnia, identidad e imagen de los pueblos del Mediterráneo antiguo
· Mujeres y sociedad del Mediterráneo antiguo
· Literatura popular y maravillas en el Mediterráneo antiguo
· Vías de comunicación en la Antigüedad
· Ciencias y técnicas historiográficas
· Edición crítica de textos medievales
· Descripción y análisis de fondos bibliográficos y documentales
· Prácticas de escritura y lectura en el mundo occidental
· Las instituciones memoria de la cultura occidental
· Historia medieval
· Las redes económicas del Mediterráneo Occidental
· Proveer una capital. La centralidad económica y política de la ciudad de Valencia
· Transformación de los sistemas agrícolas en el mundo mediterráneo
· Inquisición y conversos en la Corona de Aragón
· Historia moderna
· Transformaciones económicas y relaciones sociales durante la Edad Moderna en el Mediterráneo Occidental
· Élites sociales y las relaciones de poder en el Mediterráneo Occidental en la Edad Moderna
· Corrientes intelectuales y manifestaciones culturales del Mediterráneo Occidental en la Edad Moderna
· Geografía
· Análisis del entorno físico y de sus procesos en ambientes mediterráneos
· Análisis, planificación y gestión de la tierra en les regiones mediterráneas
· Estudio de los paisajes naturales y culturales en la cuenca mediterránea
· Patrimonio natural y cultural del Mediterráneo
