El primer Programa de Doctorado en Dirección de Empresas se oferta ya a principios de los años 90, y ello como consecuencia de la necesidad de formar a personal tanto docente e investigador, como profesional dentro de las dos áreas de conocimiento que conforman el departamento. Durante esos años la participación del área de Comercialización e Investigación de Mercados en los diversos programas de doctorado ofertados por el departamento ha sido equitativa a la del área de Organización de Empresas. Dentro del ámbito de comercialización e investigación de mercados, los frutos de dicho programa se han traducido en numerosos doctores que en la actualidad pertenecen al cuerpo de profesores de las distintas universidades y centros universitarios de la Comunidad Valenciana.

El programa interuniversitario de marketing de cuatro universidades públicas valencianas nace en el curso 2003-04 obteniendo la mención de calidad durante los siguientes cuatro cursos. Este programa doctoral de carácter interuniversitario ha sido el resultado del esfuerzo conjunto de las universidades de Valencia (coordinadora), Jaume I de Castellón, Universidad de Alicante y Universidad Politécnica de Valencia. A lo largo de los cursos precedentes ha atraído el interés de dos públicos fundamentales: profesores en fase doctoral de los propios departamentos organizadores y de doctorandos de otros países, en particular, de hispanoamérica. Este programa formaba parte del Programa Oficial de Postgrado en Marketing, como continuación del Máster en Marketing e Investigación de Mercados (MIM) de la Universidad de Valencia, en su vertiente investigadora. El programa actualmente vigente, emana del RD 1393/2007. La misión de este programa de doctorado es la formación especializada de investigadores e investigadoras en el campo del marketing. Este programa de doctorado, también consiguió la Mención hacia la Excelencia del Ministerio de Educación en 2011, válida para los cursos 2011-2012 hasta el 2013-2014.