Les línies d´investigació del Programa de Doctorat es classifiquen en els següents grups:
· Prehistòria i Arqueologia
· Art i simbolisme de la Prehistòria Mediterrània Occidental
· Les transicions en el Paleolític Mediterrani Occidental: aspectes culturals, econòmics i paleoambientals
· La transició Neolítica en el Mediterrani Occidental i les seues conseqüències
· Arequeologia del territori/paisatge (en comú amb l´arqueologia)
· Bioarqueologia
· Arqueologia clàssica
· Arqueologia ibèrica
· Arqueologia Fenícia i Púnica
· Numismàtica antiga
· Historia Antiga
· Ètnia, identitat i imatge dels pobles del Mediterrani antic
· Dones i societat del Mediterrani antic
· Literatura popular i meravelles en el Mediterrani antic
· Vies de comunicació en l’antiguitat
· Ciències i tècniques historiogràfiques
· Edició crítica de textos medievals
· Descripció i anàlisi de fons bibliogràfics i documentals
· Pràctiques d’escriptura i lectura en el món occidental
· Les institucions memòria de la cultura occidental
· Historia Medieval
· Les xarxes econòmiques del Mediterrani Occidental
· Proveir una capital. Centralitat política i econòmica de la ciutat de València
· Transformació dels sistemes agrícoles en el món mediterrani
· Inquisició i conversos a la Corona de Aragó
· Història Moderna
· Transformacions econòmiques i relacions socials en l´Edat Moderna al Mediterrani Occidental
· Les elits socials i les relacions de poder en el Mediterrani Occidental en l´Edat Moderna
· Corrents intel·lectuals i manifestacions culturals del Mediterrani Occidental en l´Edat Moderna
· Geografia
· Anàlisi de l´entorn físic i dels seus processos en ambients mediterranis
· Anàlisi, planificació i gestió de la terra en les regions mediterrànies
· Estudi dels paisatges naturals i culturals a la conca mediterrània
· Patrimoni natural i cultural del Mediterrani
