El primer Programa de Doctorat en Direcció d'Empreses s'ofereix ja a principis dels anys 90, i això a conseqüència de la necessitat de formar a personal tant docent i investigador, com a professional dins de les dues àrees de coneixement que conformen el departament. Durant aqueixos anys la participació de l'àrea de Comercialització i Investigació de Mercats en els diversos programes de doctorat oferits pel departament ha sigut equitativa a la de l'àrea d'Organització d'Empreses. Dins de l'àmbit de comercialització i investigació de mercats, els fruits d'aquest programa s'han traduït en nombrosos doctors que en l'actualitat pertanyen al cos de professors de les diferents universitats i centres universitaris de la Comunitat Valenciana. 
El programa interuniversitari de màrqueting de quatre universitats públiques valencianes naix en el curs 2003-04 obtenint l'esment de qualitat durant els següents quatre cursos. Aquest programa doctoral de caràcter interuniversitari ha sigut el resultat de l'esforç conjunt de les universitats de València (coordinadora), Jaume I de Castelló, Universitat d'Alacant i Universitat Politècnica de València. Al llarg dels cursos precedents ha atret l'interés de dos públics fonamentals: professors en fase doctoral dels propis departaments organitzadors i de doctorands d'altres països, en particular, de *hispanoamérica. Aquest programa formava part del Programa Oficial de Postgrau en Màrqueting, com a continuació del Màster en Màrqueting i Investigació de Mercats (*MIM) de la Universitat de València, en el seu vessant investigador. El programa actualment vigent, emana del RD 1393/2007. La missió d'aquest programa de doctorat és la formació especialitzada d'investigadors i investigadores en el camp del màrqueting. Aquest programa de doctorat, també va aconseguir l'Esment cap a l'Excel·lència del Ministeri d'Educació en 2011, vàlida per als cursos 2011-2012 fins al 2013-2014.