El grupo de investigación en Ecología y biogeografía de sistemas acuáticos trabaja desde hace más de 20 años en aspectos relacionados, fundamentalmente, con la ecología de comunidades de zooplancton (rotíferos, branquiópodos y copépodos) y zoobentos (macroinvertebrados y ostrácodos) de lagunas, embalses, humedales, fuentes y ríos. Estos aspectos se han investigado, tanto desde la perspectiva de ciencia básica, por ejemplo estudiando la relación entre los tipos de ambientes, los procesos dispersivos y la dinámica de las (meta-)comunidades acuáticas o de las redes tróficas del plancton; como desde una óptica más aplicada, incluyendo el estudio de especies exóticas invasoras (como el cangrejo de río americano, Procambarus clarkii y sus simbiontes), la utilización de índices bióticos para la determinación de la calidad del agua o el análisis paleoecológico de restos de organismos para identificar efectos del cambio climático i de las perturbaciones de origen antrópico.