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  1. Fotobiontes de Líquenes: diversidad morfológica, genética y funcional. Respuestas moleculares frente a condiciones adversas. FOTOLIQUEN. Biodiversidad, Ciencias de la Tierra y Cambio Global objetivo prioritario: 02.04 - Ecología evolutiva y fisiológica.: MEC, CGL2006-12917-C02-00. 2006- 2009. IP: Eva Barreno.
  2. Usos de los Líquenes y su diversidad para la biodetección de manejos forestales sustentables. El caso de los pinares de Sª Juárez en Oaxaca (México)". MAEC, AECI. PCI. A/5622/06, A/012737/07, colaboración UVEG, UNAM y UA Morelos. 2006- 2008. IP: Eva Barreno
  3. Líquenes y fotobiontes: Identificación y función de genes NADH y del complejo Ndh plastidial. Biodiversidad, cambio global y conservación de Líquenes. LICHFOTO. MCYT REN2003-04465/GLO., 2003- 2006. IP: Eva Barreno
  4. Estudio de los efectos fisiológicos de los contaminantes atmosféricos sobre los cultivos de interés agrícola, en condiciones de campo y cámaras abiertas (OTC). GVA, Conselleria d'Agricultura. GV-CAPA 9711 y GV-CAPA 0023. 1997-2006. Asesoría Externa y Análisis en Estados Unidos: Dr. A. Bytnerowicz, y P. J. Temple, PSW Research Station, USDA Forest Service, Riverside, CA. IP: Eva Barreno.
  5. Nuevas tecnologías aplicadas a la caracterización de los corchos. GVA, Acciones de Articulación del Sistema Valenciano de Ciencia-Tecnología-Empresa (SVCTE), Conselleria d’Industria, GVA. IIARC0/2004/141. 2004- 2005. IP: Eva Barreno.
  6. Diversidad Liquénica de la Reserva “Bosque de Muniellos”, Asturias. Bases para un proyecto de gestión integral de espacios naturales. 2000-2003. Administración financiadora: Consejería de Medio Ambiente. Gobierno del Principado de Asturias. Gestionado por INDUROT, Universidad de Oviedo. IP: para Líquenes Eva Barreno. IP General toda la biodiversidad: J. A. Fernández Prieto.
  7. Estudio de seguimiento de la Calidad Atmosférica de Els Ports y Maestrazgo, mediante Bioindicadores Vegetales (Líquenes, Briofitos y Plantas vasculares).1989-1998. ENDESA, convenios con ADEIT- Universitat de València. IP: Eva Barreno.
  8. Impacto de la Contaminación Atmosférica sobre algunos parámetros fisiológicos en la Simbiosis Liquénica y relaciones de dosis-respuesta. 1994-1997. IMPIVA - ENDESA. Plan Tecnológico, I + D Precompetitiva. IP: Eva Barreno.
  9. Desarrollo de Técnicas de Química Analítica sobre la deposición y captación de contaminantes atmosféricos por parte de Bioindicadores Vegetales. Utilización en el control de la calidad del aire. 1995-1997. GVA, Conselleria de Cultura, Educació i Ciencia. IP: G. Ramis-Ramos & Eva Barreno . Proyecto coordinado para grupos de investigación consolidados.
  10. Caracterización y tipificación de Daños en Vegetales (Árboles y Líquenes) para el establecimiento de una Red Biológica de Calidad Ambiental en los Pinares de Tenerife, El Hierro y La Palma (Islas Canarias). UNELCO – ADEIT - Universitat de València, 1994- 1997. IP: Eva Barreno
  11. Evaluación de Impactos por Contaminantes Atmosféricos sobre Ecosistemas Forestales sensibles, en las Islas Canarias. Convenio Marco 1998-2002. Gobierno de Canarias, VC. de Medio Ambiente. IP en U. Valencia: Dra. Eva Barreno; en U. La Laguna, Lab. de Física de la Atmósfera, Dr. J. C. Guerra; en ICIA (Instituto Canario de Investigaciones Agrarias, Jardín Botánico de La Orotava): Dr. A. Santos. Asesoría Externa y Análisis en Estados Unidos: Dr. A. Bytnerowicz, y P. J. Temple, PSW Research Station, USDA Forest Service, Riverside, CA.
  12. Impacto de la Contaminación Atmosférica sobre Líquenes y Árboles, en la Península Ibérica, Canarias y Norte de Marruecos. 1995-1997 Entidad financiadora: Agencia Española de Cooperación Internacional. Instituto de Cooperación Mundo Árabe, Mediterráneo y P.D. IP: Eva Barreno.
  13. Elaboración del Programa de Conservación de Criptógamas Terrestres y dulceacuícolas de la Comunidad Valenciana. 1997-1998. GVA, Conselleria de Medi Ambient- Fondos LIFE Europeos. Universitat de València. IP: Eva Barreno
  14. "Sonoran Desert Lichen Flora Project”. National Science Foundation, BSR, 1990-2000NSF. IP: T. Nash III (Arizona State Univ., Tempe, USA). Eva Barreno, corresponsable para el área mediterránea y América del Norte, género Acarospora subgénero Xanthothallia.