La Universitat de València posseeix un ric patrimoni científic i natural recollit en molt diverses col·leccions, que abasta des d'institucions museístiques reconegudes oficialment, a col·leccions creades i utilitzades essencialment en recerca i/o en docència. Aquest patrimoni està associat a la seva pròpia història i es troba dispers pels seus múltiples centres. No en va, el Gabinet d'Història Natural de la Universitat de València, fundat a mitjan segle XIX, va ser el segon centre patrimonial i científic (únicament darrere del Museu Nacional de Ciències Naturals de Madrid) d'importància en l'Estat espanyol. El Gabinet d'Història Natural estava situat en la planta principal de l'ala sud de l'edifici històric de la Universitat, actual Centre Cultural La Nau. Va estar actiu i va anar enriquint els seus fons fins que el 12 de maig de 1932 es va produir un devastador incendi que va devorar gran part de les seves col·leccions. D'aquella catàstrofe només pogueren rescatar-se alguns exemplars zoològics i botànics que la Universitat havia anat recopilant al llarg de cinc segles, però els fons geològics i paleontològics es van perdre quasi per complet. Els exemplars zoològics taxidermitzats s'exposen ara a la sala de zoologia del nou museu.
El compromís de la Universitat amb el seu patrimoni es veu reflectit en el reconeixement d'aquestes col·leccions. Eixe va ser el cas del Museu de Geologia de la Universitat de València, centre museístic reconegut oficialment tant per l'administració autonòmica competent (Resolució 26/02/1996, DOGV 2.742), com per la pròpia Universitat de València com a Museu Universitari. Va ser el primer Museu universitari reconegut amb aquestes categories a Espanya.
El Museu de Geologia de la Universitat de València, amb els anys s'ha anat convertint al Centre Oficial de dipòsit de Béns Mobles, tant en matèria de geologia i paleontologia com d'altres elements relacionats amb la Ciència i la Història Natural, de manera que el patrimoni científic i natural de la Universitat s'ha vist enriquit de manera continuada per fons cada vegada més heterogenis. És per això que, des de la Universitat de València, va sorgir la iniciativa de reunir totes aquestes col·leccions en un únic espai, aprofitant i optimitzant recursos. D'aquesta manera, el Museu de Geologia de la Universitat de València va quedar reconvertit en l'actual Museu de la Universitat de València d'Història Natural, tant per part de la Universitat de València (Acord Consell de Govern de la Universitat de València de 22 decembre de 2016) com per part de la Conselleria d'Educació, Investigació, Cultura i Esports de la Generalitat Valenciana (resolució de 12 d'abril de 2017).