Software LC-MS:

• Analyst 1.5.1: per al control i adquisició de dades de l'equip.
• Formula Finder e Isotopic pattern: per a determinar la fórmula molecular d'un compost desconegut.
• Peak View: per a la identificació de compostos de forma ràpida i eficaç (llibreries pròpies: pesticides, antibiotics-anthelmintics, organofosforats, nitrosamines, perfluorats, esteroids...).
• MultiQuant: per a realitzar treballs a nivell de triple quadrupolo.
• Markerview: metabonòmica per a l'anàlisi de components principals i estudi estadístics de resultats en identificació de compostos i metabòlits.
• MetabolitePilot: per a la identificació de metabòlits.
• Sciex OS; quantificació MRM.

GC-MS:

• MassHunter.
• Espectroteca Wiley, lllibreries RTL (pesticides) y Nist.